Biocomputing Lab
인하대학교 본교(제1캠퍼스)한경숙 교수 인공지능공학과
Biological Science
생명과학
연구실 소개
Biocomputing Lab은 인공지능공학과에 소속된 연구실로, RNA 구조 예측, 단백질-단백질 상호작용, RNA-단백질 결합 예측, 암 예후 바이오마커 등의 연구를 활발히 진행하고 있습니다. 특히 RNA pseudoknot과 frameshifting에 관련된 유전자 발현 조절 연구와 RNA 구조 모델링 시스템 개발에서 뛰어난 성과를 보이고 있습니다. 최근 3년간 다수의 논문과 특허를 통해 신약 개발과 질병 예측에 기여하고 있으며, 웹 애플리케이션 개발 알고리즘과 시각화 알고리즘을 통해 연구 결과를 실질적으로 활용할 수 있도록 지원하고 있습니다. 또한, 단백질 상호작용 데이터베이스 구축과 예측 시스템 개발을 통해 다양한 생물학적 데이터를 통합 분석하고 있습니다.
RNA 구조 예측
단백질-단백질 상호작용
RNA-단백질 결합 예측
암 예후 바이오마커
생물정보학 알고리즘
연구 분야
암 예후 및 전이 예측을 위한 유전자 네트워크 연구
생물정보학과 인공지능 기술을 융합하여 암 환자의 유전자 네트워크를 구축하고 예후와 전이 예측을 위한 바이오마커를 발견하는 연구를 진행하고 있습니다. 특히 miRNA와 경쟁적 내재 RNA(ceRNA) 간의 상호작용을 분석하여 유전자의 발현 패턴을 정밀하게 파악하고, 이를 기반으로 개별 환자 맞춤형 예후 예측 모델을 개발합니다. 이러한 연구는 암의 조기 발견과 치료 전략 수립에 중요한 정보를 제공할 수 있습니다.
심층 학습을 통한 RNA-단백질 결합 예측
심층 신경망과 기계 학습 알고리즘을 활용하여 RNA와 단백질 간의 결합 구조를 예측하는 연구를 수행하고 있습니다. 특히, Hierarchical LSTM과 Attention Network를 결합하여 RNA-단백질 결합 선호도를 예측하는 모델을 개발하고, 이를 통해 신약 개발 및 유전자 발현 조절 메커니즘을 연구합니다. 이와 같은 연구는 생명과학 분야에서 RNA 기반 치료제 개발에 기여할 수 있습니다.
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주요 논문
1
Constructing Integrative ceRNA Networks and Finding Prognostic Biomarkers in Renal Cell Carcinoma
S. Lee, W. Lee, S. Ren, B. Park, K. Han
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
2023
2
Prediction of Cancer Metastasis using Correlations between miRNAs and Competing Endogenous RNAs
M. Cho, S. Lee, B. Park, K. Han
IEEE Transactions on NanoBioscience
2023
3
Finding miRNA-RNA Network Biomarkers for Predicting Metastasis and Prognosis in Cancer
S. Lee, M. Cho, B. Park, K. Han
International Journal of Molecular Sciences
2023
4
Constructing a Cancer Patient-Specific Network Based on Second-Order Partial Correlations of Gene Expression and DNA Methylation
W. Lee, S. Lee, K. Han
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
2023
5
DLoopCaller: A deep learning approach for predicting genome-wide chromatin loops by integrating accessible chromatin landscapes
S. Wang, Q. Zhang, Y. He, Z. Cui, Z. Guo, K. Han, D.-S. Huang
PLoS Computational Biology
2022
6
두 가지 유형의 바이오마커를 이용한 파킨슨병의 진단과 신경섬유 경로의 특징 분석
강신태, 이욱, 박병규, 한경숙
정보처리학회논문지: 소프트웨어 및 데이터 공학
2014
7
상호작용 상대방을 고려한 단백질-결합 RNA 염기 예측 기법
이현진, 한경숙
정보과학회논문지: 컴퓨팅의 실제 및 레터
2013
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