본 발명은, 다수의 태양전지용 기판을 적재한 트레이가 놓여지는 트레이 안치수단을 내부에 구비하는 공정챔버; 상기 공정챔버의 일 측에 제1 출입구를 사이에 두고 연결되며, 내부에 제1 트레이 이송수단을 구비하는 반입용 로드락챔버; 상기 공정챔버의 타 측에 제2 출입구를 사이에 두고 연결되며, 내부에 제2 트레이 이송수단을 구비하는 반출용 로드락챔버를 포함하는 기판처리시스템 및 이를 이용한 기판처리방법에 관한 것이다. 본 발명에 따르면, 태양전지제조용 기판처리시스템에서 기판을 반입, 처리 및 반출하는 과정이 수십 내지 수백 개의 기판을 적재하는 트레이 단위로 자동으로 이루어지므로 이를 통해 기판처리의 생산성이 크게 향상된다. 또한 전체 시스템의 설치면적을 줄임으로써 단위 면적당 생산성을 크게 향상시킬 수 있다. 태양전지, 기판처리시스템