폐형광등 유리가루 등의 파쇄된 수은함유 폐기물(700)을 수은 제거 하우징(800)에서 원수(760)로 세척해 수은 분리된 파쇄물(730)을 수은 분리된 파쇄물 수거함(864)으로 이송시켜 수거함과 동시에 수은함유 세척수를 필터부(880)로 통과시켜 수은을 걸러 분리 제거하는 수은함유 폐기물 처리시스템을 이용한 수은 제거방법에 있어서, 상기 수은 함유 폐기물(700)이 원수(760)로 채워진 수은 제거 하우징(800)의 투입관(820)을 통해 수은이 대기중에 노출되지 않게 내부로 공급되고; 상기 수은 함유 폐기물(700)이 수은함유 세척수가 원수(760)로 세척되는 과정에서 수은이 원수(760)로 씻겨져 분리된 수은함유 세척수는 상기 필터부(880)의 수은함유 세척수 투입펌프(881)가 작동됨에 따라 전처리필터(882)로 투입 공급되며, 동시에 슬러지(710)가 슬러지 여과부재(844)에 걸러져 슬러지 수거함(840)에 침전 수거되고; 상기 수은 분리된 파쇄물(730)의 파우더(720)가 파우더 여과부재(854)에 걸러져 파우더 수거함(850)에 수거되고; 상기 수은 제거 하우징(800) 일측의 배출관(860)에 연결된 송풍관(940)을 통해 에어블로어(900)의 송풍팬(920)의 작동에 따라 분사되는 에어에 의해 수은 분리된 파쇄물(730)이 건조된 상태로 수은 분리된 파쇄물 수거함(864)에 분리 수거되고; 상기 전처리필터(882)로 투입 공급되는 수은함유 세척수는 순차적으로 수은함유 세척수의 여과 처리량을 조절하는 세척수 유량조정조(883)와, 잔존 찌거기는 여과하고 수은함유 세척수만 순차 통과시키는 압력여과기(884) 및 후처리필터(885)와, 수은함유 세척수에서 수은을 흡착 제거하는 활성탄필터(886) 및 수은제거 레진필터(887)를 통과하면서 수은이 대기중으로 누출되는 사고가 원천적으로 방지되는 방식으로 제거되고; 상기 수은제거 레진필터(887)의 배출구 쪽에 배치된 원수 역세펌프(888)를 작동시켜 원수(760)를 수은제거 레진필터(887)로 통과시켜 활성탄필터(886)로 배출되도록 역방향으로 토출해 막히지 않도록 청소하고, 이러한 청소에 따라 수은이 함유된 역세 원수를 수은제거 레진필터(887)의 배출구로 배출된 세척수와 함께 다시 전처리필터(882)로 재순환 투입 공급해 잔존 수은이 흡착 제거된 상태의 활성탄필터(886) 및 수은제거 레진필터(887)를 분리해 별도의 폐기처리장에서 폐기 처리하는 것을 특징으로 하는 수은함유 폐기물 처리시스템을 이용한 수은 제거방법.