SNP 데이터를 이용하여 유전형을 예측하는 방법이 개시된다. 실시예는 분석 대상 SNP 데이터 및 참조 데이터를 입력받는 단계, 참조 데이터에 포함된 각각의 SNP 데이터에 대응하여, 해당하는 SNP 데이터에 포함된 미리 정해진 복수의 영역들 각각에 해당하는 SNP 데이터의 유전형에 대응하는 마커를 삽입하여 참조 데이터를 갱신하는 단계 및 분석 대상 SNP 데이터 및 갱신된 참조 데이터에 기초하여, 분석 대상 SNP 데이터의 유전형을 예측하는 단계를 포함한다.