본 발명은 버섯 폐배지에 산삼배양근 배양여액 및 복합균주를 넣고 혼합하여 발효하는 식물 조직배양 부산물을 이용한 유기질 비료의 제조방법 및 상기 제조방법에 의해 제조된 식물 조직배양 부산물을 이용한 유기질 비료에 관한 것으로, 본 발명의 산삼배양여액 및 버섯 배지 부산물을 이용한 유기질 비료는 화학 농약 및 비료를 대체하여 농작물 재배에 사용하게 되면 충분한 영양분을 작물에 공급하여 상품성이 좋은 농산물을 생산할 수 있을 뿐만 아니라 작물 재배 토지를 개량하는 효과를 얻을 수 있고, 농작물의 병해나 병충으로부터 보호할 수 있음에 따라 환경오염을 방지하고 생태계가 파괴되는 것을 방지할 수 있어, 친환경적인 유기질 농업에 널리 사용될 수 있다.