발암 유전자 유도 노화 유전자를 식별하는 방법 및 장치
Method for identifying oncogene-induced senescence(OIS) genes and device thereof
특허 요약
본 발명의 일 실시예에 따른 전자장치에 의해 수행되는 발암 유전자 유도 노화(Oncogene-Induced Senescence, OIS) 유전자 식별 방법에 있어서, 복수의 OIS 데이터 셋으로부터 복수의 메타 분석 상 공통적으로 OIS 세포에서 특이적으로 발현하는 제1그룹의 유전자를 식별하는 단계; 상기 제1그룹의 유전자 중 정지 세포(quiescence cell) 관련 유전자를 배제하고, 비지도 학습을 통해 노화 바이패스(senescence bypass) 관련 유전자를 활용하여 OIS 세포에 특이적으로 발현하는 나머지 유전자에 대한 OIS 시계열 데이터로부터 시간에 따라 발현이 증가하거나 감소하는 제2그룹의 유전자를 식별하는 단계; 상기 제2그룹의 유전자 중 벌점 회귀를 적용하여 체내에서 OIS를 식별할 수 있는 적어도 하나의 OIS 유전자를 식별하는 단계를 포함한다.
청구항
번호청구항
1

전자장치에 의해 수행되는 발암 유전자 유도 노화(Oncogene-Induced Senescence, OIS) 유전자 식별 방법에 있어서,복수의 OIS 데이터 셋으로부터 복수의 메타 분석 상 공통적으로 OIS 세포에서 특이적으로 발현하는 제1그룹의 유전자를 식별하는 단계;상기 제1그룹의 유전자 중 정지 세포(quiescence cell) 관련 유전자를 배제하고, 노화 바이패스(senescence bypass) 관련 유전자를 활용하여 OIS 세포에 특이적으로 발현하는 나머지 유전자를 식별하는 단계;비지도 학습을 통해 상기 나머지 유전자에 대한 OIS 시계열 데이터로부터 시간에 따라 발현이 증가하거나 감소하는 제2그룹의 유전자를 식별하는 단계;상기 제2그룹의 유전자 중 벌점 회귀를 적용하여 체내에서 OIS를 식별할 수 있는 적어도 하나의 OIS 유전자를 식별하는 단계를 포함하는 OIS 유전자 식별 방법.

2

제1항에 있어서,상기 나머지 유전자를 식별하는 단계는,상기 제1그룹의 유전자 중 상기 복수의 메타 분석 상 공통적으로 정지 세포에서만 특이적으로 발현하는 상기 정지 세포 관련 유전자를 식별하는 단계를 포함하는 OIS 유전자 식별 방법.

3

제1항에 있어서,상기 나머지 유전자를 식별하는 단계는,상기 노화 바이패스 관련 유전자 및 대조군의 유전자 발현 양상과 상이하게 발현되는 상기 나머지 유전자를 식별하는 단계를 포함하는 OIS 유전자 식별 방법.

4

제1항에 있어서,상기 제2그룹의 유전자를 식별하는 단계는,상기 제1그룹의 유전자 중 분비체(secretome)를 포함하는 유전자를 기초로 제2그룹의 유전자를 식별하는 단계를 포함하는 OIS 유전자 식별 방법.

5

제1항에 있어서,상기 제1그룹의 유전자를 식별하는 단계는,상기 복수의 OIS 데이터 셋에 대해 Stouffer, Fisher, RP(Rank Product), REM(Random Effects Model), FEM(Fixed Effects Model) 중 2이상의 메타 분석 기법을 이용하여 메타 분석을 수행하는 단계를 포함하는 OIS 유전자 식별 방법.

6

제1항에 있어서,상기 적어도 하나의 OIS 유전자는 Fibulin 1(FBLN1), C-X-C motif chemokine ligand 12(CXCL12), Epiregulin (EREG), CST1 및 matrix metallopeptidase(MMP1) 중 적어도 하나를 포함하는 것을 특징으로 하는 OIS 유전자 식별 방법.

7

발암 유전자 유도 노화(Oncogene-Induced Senescence, OIS) 유전자를 식별하는 전자장치에 있어서,복수의 OIS 데이터 셋으로부터 복수의 메타 분석 상 공통적으로 OIS 세포에서 특이적으로 발현하는 제1그룹의 유전자를 식별하고, 상기 제1그룹의 유전자 중 정지 세포(quiescence cell) 관련 유전자를 배제하고, 노화 바이패스(senescence bypass) 관련 유전자를 활용하여 OIS 세포에 특이적으로 발현하는 나머지 유전자를 식별하고.비지도 학습을 통해 상기 나머지 유전자에 대한 OIS 시계열 데이터로부터 시간에 따라 발현이 증가하거나 감소하는 제2그룹의 유전자를 식별하고,상기 제2그룹의 유전자 중 벌점 회귀를 적용하여 체내에서 OIS를 식별할 수 있는 적어도 하나의 OIS 유전자를 식별하는 프로세서를 포함하는 전자장치.

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제7항에 있어서,상기 프로세서는,상기 제1그룹의 유전자 중 상기 복수의 메타 분석 상 공통적으로 정지 세포에서만 특이적으로 발현하는 상기 정지 세포 관련 유전자를 식별하는 전자장치.

9

제7항에 있어서,상기 프로세서는,상기 노화 바이패스 관련 유전자 및 대조군의 유전자 발현 양상과 상이하게 발현되는 상기 나머지 유전자를 식별하는 전자장치.

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제7항에 있어서,상기 프로세서는,상기 제1그룹의 유전자 중 분비체(secretome)를 포함하는 유전자를 기초로 제2그룹의 유전자를 식별하는 전자장치.

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제7항에 있어서,상기 프로세서는,상기 복수의 OIS 데이터 셋에 대해 Stouffer, Fisher, RP(Rank Product), REM(Random Effects Model), FEM(Fixed Effects Model) 중 2이상의 메타 분석 기법을 이용하여 메타 분석을 수행하는 전자장치.

12

제7항에 있어서,상기 적어도 하나의 OIS 유전자는 Fibulin 1(FBLN1), C-X-C motif chemokine ligand 12(CXCL12), Epiregulin (EREG), CST1 및 matrix metallopeptidase(MMP1) 중 적어도 하나를 포함하는 것을 특징으로 하는 전자장치.