구강암의 시스플라틴 내성 예측용 바이오마커 및 이의 용도
Biomarker for predicting Cisplatin Resistance for Oral Cancer and Uses thereof
특허 요약
본 발명은 구강암의 시스플라틴 내성을 예측하기 위한 바이오마커 등에 관한 것으로, 본 발명에 따른 AREL1, HIST3H2A, HIST3H2BB, JMY, MAP3K9, NAP1L2, RMI1, SLIT2, SPTLC3, HAT1, HIST1H3D, 및 MTMR6로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 단백질; 또는 이를 코딩하는 mRNA의 발현 또는 활성 수준을 측정함으로써 구강암 환자의 시스플라틴에 대한 내성을 미리 평가할 수 있어 구강암 환자에 보다 적절한 치료를 적용하여 치료 효율성을 높일 수 있으며, 치료방향을 결정하는데 유용하게 활용할 수 있다. 또한, 시스플라틴 내성을 갖는 구강암 세포주를 제공하여 시스플라틴의 약제 내성 기전을 연구하는데 유용하게 사용될 수 있을 뿐만 아니라, 시스플라틴에 대한 내성을 갖는 구강암을 치료할 수 있는 새로운 치료제의 스크리닝을 위해서도 유용하게 이용될 수 있을 것으로 기대된다.
청구항
번호청구항
1

HIST1H3D (histone cluster 1, H3d) 단백질; 또는 이를 코딩하는 mRNA의 발현 또는 활성 수준을 측정하는 제제를 유효성분으로 포함하는 구강암의 시스플라틴(cisplatin) 내성 예측용 조성물.

2

제1항에 있어서, 상기 시스플라틴 내성 예측용 조성물은 JMY (junction mediating and regulatory protein, p53 cofactor), MAP3K9 (mitogen-activated protein kinase kinase kinase 9), SLIT2 (slit guidance ligand 2), HAT1 (histone acetyltransferase 1), SPTLC3 (serine palmitoyltransferase, long chain base subunit 3), AREL1 (Apoptosis-resistant E3 ubiquitin protein ligase 1), HIST3H2A (histone cluster 3, H2a), HIST3H2BB (histone cluster 3, H2bb), NAP1L2 (nucleosome assembly protein 1 like 2), 및 RMI1 (RecQ-mediated genome instability protein 1)로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 단백질; 또는 이를 코딩하는 mRNA의 발현 또는 활성 수준을 측정하는 제제를 유효성분으로 더 포함하는 것을 특징으로 하는, 구강암의 시스플라틴 내성 예측용 조성물.

3

제1항에 있어서,상기 mRNA 수준을 측정하는 제제는 상기 mRNA에 특이적으로 결합하는 프라이머 세트 또는 프로브인 것을 특징으로 하는, 구강암의 시스플라틴 내성 예측용 조성물.

4

제1항에 있어서,상기 단백질 수준을 측정하는 제제는 상기 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 앱타머인 것을 특징으로 하는, 구강암의 시스플라틴 내성 예측용 조성물.

5

제1항 내지 제4항 중 어느 한 항의 조성물을 포함하는, 구강암의 시스플라틴 내성 예측용 키트.

6

(S1) 피검체로부터 분리된 생물학적 시료에서 HIST1H3D (histone cluster 1, H3d) 단백질; 또는 이를 코딩하는 mRNA의 발현 또는 활성 수준을 측정하는 단계; 및(S2) 상기 (S1) 단계에서 측정된 단백질 또는 mRNA의 발현 또는 활성 수준이 대조군과 비교하여 감소한 경우, 시스플라틴에 내성을 가진 것으로 판정하는 단계를 포함하는, 구강암의 시스플라틴 내성 예측에 필요한 정보를 제공하는 방법.

7

제6항에 있어서,상기 방법은, 상기 (S1) 단계에서 JMY (junction mediating and regulatory protein, p53 cofactor), MAP3K9 (mitogen-activated protein kinase kinase kinase 9), SLIT2 (slit guidance ligand 2), HAT1 (histone acetyltransferase 1), SPTLC3 (serine palmitoyltransferase, long chain base subunit 3), AREL1 (Apoptosis-resistant E3 ubiquitin protein ligase 1), HIST3H2A (histone cluster 3, H2a), HIST3H2BB (histone cluster 3, H2bb), NAP1L2 (nucleosome assembly protein 1 like 2), 및 RMI1 (RecQ-mediated genome instability protein 1)로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 단백질; 또는 이를 코딩하는 mRNA의 발현 또는 활성 수준을 더 측정하는 것을 특징으로 하는, 방법.

8

제7항에 있어서,상기 (S2) 단계에서 상기 AREL1, HIST3H2A, HIST3H2BB, JMY, MAP3K9, NAP1L2, RMI1, SLIT2, 및 SPTLC3로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 단백질; 또는 이를 코딩하는 mRNA의 발현 또는 활성 수준이 대조군과 비교하여 증가; 또는HAT1 단백질; 또는 이를 코딩하는 mRNA의 발현 또는 활성 수준이 대조군과 비교하여 감소한 경우, 시스플라틴에 내성을 가진 것으로 판정하는 것을 특징으로 하는, 방법.

9

제6항에 있어서,상기 생물학적 시료는 혈액, 전혈, 혈장, 소변, 타액, 조직, 세포, 기관, 골수, 미세침흡인 검체, 중심부바늘생검(core needle biopsy) 검체 및 진공흡입생검 검체로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상인 것을 특징으로 하는, 방법.

10

제6항에 있어서,상기 대조군은 시스플라틴 내성이 없는 구강암 환자로부터 분리된 생물학적 시료인 것을 특징으로 하는, 방법.

11

제6항에 있어서,상기 단백질 수준은 웨스턴 블랏, ELISA, 방사선면역분석, 방사선 면역 확산법, 오우크테로니 면역 확산법(Ouchterlony immunodiffusion), 로케트 면역전기영동(Rocket immunoelectrophoresis), 면역염색법, 면역침전 분석법, 보체 고정 분석법, 질량분석법(Mass spectrometry), FACS, 및 단백질칩으로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 방법으로 측정되는 것을 특징으로 하는, 방법.

12

제6항에 있어서,상기 mRNA 수준은 PCR, RNase 보호 분석법, 노던 블랏팅(northern blotting), 서던 블랏팅(southern blotting), In situ 교잡법, DNA 칩, 및 RNA 칩으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 방법으로 측정되는 것을 특징으로 하는, 방법.

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시스플라틴 내성 구강암 세포주로서,상기 세포주는 HIST1H3D (histone cluster 1, H3d) 단백질; 또는 이를 코딩하는 mRNA의 발현 또는 활성 수준이 감소되어 있는 것을 특징으로 하는, 세포주.

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제13항에 있어서,상기 세포주는 JMY (junction mediating and regulatory protein, p53 cofactor), MAP3K9 (mitogen-activated protein kinase kinase kinase 9), SLIT2 (slit guidance ligand 2), SPTLC3 (serine palmitoyltransferase, long chain base subunit 3), AREL1 (Apoptosis-resistant E3 ubiquitin protein ligase 1), HIST3H2A (histone cluster 3, H2a), HIST3H2BB (histone cluster 3, H2bb), NAP1L2 (nucleosome assembly protein 1 like 2), 및 RMI1 (RecQ-mediated genome instability protein 1)로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 단백질; 또는 이를 코딩하는 mNRA의 발현 또는 활성 수준이 증가되어 있거나; 또는 HAT1 (histone acetyltransferase 1) 단백질; 또는 이를 코딩하는 mRNA의 발현 또는 활성 수준이 감소되어 있는 것을 특징으로 하는, 세포주.

15

제13항에 있어서, 상기 세포주는 COL4A1(collagen type IV alpha 1), 및 CDH1(Cadherin 1)로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 단백질 또는 이를 코딩하는 mRNA의 발현 또는 활성 수준이 감소되어 있는 것을 특징으로 하는, 세포주.

16

제13항에 있어서, 상기 세포주는 상피-간엽 전환 (epithelial-mesenchymal transition; EMT)이 발생된 것을 특징으로 하는, 세포주.

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(a) 제13항 내지 제16항 중 어느 한 항의 시스플라틴 내성 구강암 세포주에 후보 물질을 처리하는 단계; (b) 상기 (a) 단계의 후보 물질이 처리된 시스플라틴 내성 구강암 세포주의 세포 생존율을 측정하는 단계; 및(c) 상기 (b) 단계에서 측정한 세포 생존율 수준을 상기 후보 물질을 처리하지 않은 시스플라틴 내성 구강암 세포주의 세포 생존율 수준과 비교하는 단계를 포함하는, 시스플라틴 내성 구강암 치료제의 스크리닝 방법.

18

(a) 제13항 내지 제16항 중 어느 한 항의 시스플라틴 내성 구강암 세포주에 후보 물질을 처리하는 단계; (b) 상기 (a) 단계의 후보 물질이 처리된 시스플라틴 내성 구강암 세포주에서 HIST1H3D (histone cluster 1, H3d) 단백질; 또는 이를 코딩하는 mRNA의 발현 또는 활성 수준을 측정하는 단계; 및(c) 상기 (b) 단계에서 측정한 단백질; 또는 이를 코딩하는 mRNA의 발현 또는 활성 수준을 상기 후보 물질을 처리하지 않은 시스플라틴 내성 구강암 세포주의 단백질; 또는 이를 코딩하는 mRNA의 발현 또는 활성 수준과 비교하는 단계를 포함하는, 시스플라틴 내성 구강암 치료제의 스크리닝 방법.

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제18항에 있어서,상기 방법은, 상기 (b) 단계에서 JMY (junction mediating and regulatory protein, p53 cofactor), MAP3K9 (mitogen-activated protein kinase kinase kinase 9), SLIT2 (slit guidance ligand 2), HAT1 (histone acetyltransferase 1), SPTLC3 (serine palmitoyltransferase, long chain base subunit 3), AREL1 (Apoptosis-resistant E3 ubiquitin protein ligase 1), HIST3H2A (histone cluster 3, H2a), HIST3H2BB (histone cluster 3, H2bb), NAP1L2 (nucleosome assembly protein 1 like 2), 및 RMI1 (RecQ-mediated genome instability protein 1)로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 단백질; 또는 이를 코딩하는 mRNA의 발현 또는 활성 수준을 더 측정하는 것을 특징으로 하는, 방법.