수박 품종 식별용 SNP 마커 및 이의 이용
SNP marker for identifying watermelon cultivars and use thereof
특허 요약
본 발명은 수박 품종 식별용 SNP 마커 및 이를 이용한 수박 품종 식별 방법에 관한 것으로, 우리나라에서 대표적인 수박 품종들에 대한 유전체 분석을 실시함으로써 품종별 SNP의 분포 양상 파악이 가능하고, 본 발명에 따른 SNP 마커를 이용하여 기존에 알려진 방법과 대비하였을 때 92가지의 매우 다양한 수박 품종들에 대해 식별이 가능하다. 또한, 본 발명에 따른 SNP를 이용할 경우, 품종권 침해방지를 위한 품종보호출원 과정과 종자분쟁 해소 방안으로 효율적인 품종 식별 기술을 확보할 수 있을 것으로 기대된다.
청구항
번호청구항
1

서열번호 14, 6, 7, 9, 10, 1315, 17, 19, 22, 24, 26, 28, 30, 31, 33, 35, 36, 38, 40, 42, 4451, 55, 58, 60, 6265, 67, 7076, 78, 79, 81, 82, 8489, 9193, 95101, 103106, 108, 112, 114, 116118, 120, 121, 123, 125128, 130, 131, 및 133141의 염기서열로 표시되는 96개의 폴리뉴클레오티드에 있어서,각각의 염기서열 내에서 301번째 염기에 위치하는 SNP(single nucleotide polymorphism)를 포함한 8 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 96개의 폴리뉴클레오티드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드 서열을 포함하는, 수박 품종 식별용 SNP 마커 조성물로서,상기 수박 품종은 리코후레쉬2호, 감수꿀, 산타꿀, 일이월, 기가찬꿀, 써니주니어, 에이플, 애홍, 참조은, 스피드플러스꿀, 원더풀꿀, 강타, 환희꿀, 진한삼복꿀, 흑동자, 엘리트꿀, 블랙보스, 단단한블랙옐로우, 레나플러스, 씨저근, 에이스꿀, 적토마, 설강, 스파크플러스, 허니큐알파, 더블유엠38, 미니골드, 잘난꿀, 굿초이스, 축복, 팔리오, 오렌지슈가, 지존꿀, 온세상, 흑미, 크림슨웨이브, 블랙베타, 블랙인레드, 블랙인옐로우, 다이나믹꿀, 스윗봉봉, 여름엔, 러키플러스, 당당한, 세미꿀, 함박꿀, 황룡포, 케이디617, 성보꿀, 슈퍼볼골드, 만나꿀, 단단한블랙레드, 베이비복스, 스몰허니, 녹보석, 맘에든, 만복꿀, 하모꿀, 미니블랙콜, 히어로, 엄지척꿀, 온리유, 춘상록꿀, 단단한미니플러스, 미니미, 로얄블랙, 바캉스꿀, 씨너스, 강력삼복꿀, 메가스피드꿀, 신설강102, 백마골드, 이편한레드, 히든카드, 제일블랙, 벨로체꿀, 흑옥, 베이비레몬, 누네띠네꿀, 우리꿀, 블랙킹, 크림스타, 설화꿀, 생농복, 참한복, 조은흑꿀, 굿찬스, 에이더블유1508, 및 아롱복으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상인 것을 특징으로 하는, 조성물.

2

제1항에 있어서,상기 SNP 마커 조성물은 서열번호 5, 8, 11, 12, 16, 18, 20, 21, 23, 25, 27, 29, 32, 34, 37, 39, 41, 43, 5254, 56, 57, 59, 61, 66, 68, 69, 77, 80, 83, 90, 94, 102, 107, 109111, 113, 115, 119, 122, 124, 129, 및 132의 염기서열로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 각각의 염기서열 내에서 301번째 염기에 위치하는 SNP를 포함한 8 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드 서열을 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는, 조성물.

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제1항에 있어서,상기 SNP 마커 조성물은 달고나꿀, 환상꿀, 및 조생흑미로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 수박 품종을 추가로 식별하는 것을 특징으로 하는, 조성물.

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서열번호 14, 6, 7, 9, 10, 1315, 17, 19, 22, 24, 26, 28, 30, 31, 33, 35, 36, 38, 40, 42, 4451, 55, 58, 60, 6265, 67, 7076, 78, 79, 81, 82, 8489, 9193, 95101, 103106, 108, 112, 114, 116118, 120, 121, 123, 125128, 130, 131, 및 133141의 염기서열로 표시되는 96개의 폴리뉴클레오티드 각각의 염기서열 내에서 301번째 염기에 위치하는 SNP(single nucleotide polymorphism)를 포함한 8 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 96개의 폴리뉴클레오티드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에 각각 특이적으로 결합하는 384개의 프라이머를 포함하는, 수박 품종 식별용 프라이머 세트로서,상기 수박 품종은 리코후레쉬2호, 감수꿀, 산타꿀, 일이월, 기가찬꿀, 써니주니어, 에이플, 애홍, 참조은, 스피드플러스꿀, 원더풀꿀, 강타, 환희꿀, 진한삼복꿀, 흑동자, 엘리트꿀, 블랙보스, 단단한블랙옐로우, 레나플러스, 씨저근, 에이스꿀, 적토마, 설강, 스파크플러스, 허니큐알파, 더블유엠38, 미니골드, 잘난꿀, 굿초이스, 축복, 팔리오, 오렌지슈가, 지존꿀, 온세상, 흑미, 크림슨웨이브, 블랙베타, 블랙인레드, 블랙인옐로우, 다이나믹꿀, 스윗봉봉, 여름엔, 러키플러스, 당당한, 세미꿀, 함박꿀, 황룡포, 케이디617, 성보꿀, 슈퍼볼골드, 만나꿀, 단단한블랙레드, 베이비복스, 스몰허니, 녹보석, 맘에든, 만복꿀, 하모꿀, 미니블랙콜, 히어로, 엄지척꿀, 온리유, 춘상록꿀, 단단한미니플러스, 미니미, 로얄블랙, 바캉스꿀, 씨너스, 강력삼복꿀, 메가스피드꿀, 신설강102, 백마골드, 이편한레드, 히든카드, 제일블랙, 벨로체꿀, 흑옥, 베이비레몬, 누네띠네꿀, 우리꿀, 블랙킹, 크림스타, 설화꿀, 생농복, 참한복, 조은흑꿀, 굿찬스, 에이더블유1508, 및 아롱복으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상인 것을 특징으로 하는, 프라이머 세트.

5

제4항에 있어서,상기 프라이머 세트는 서열번호 142 내지 157, 162 내지 169, 174 내지 181, 190 내지 201, 206 내지 209, 214 내지 217, 226 내지 229, 234 내지 237, 242 내지 245, 250 내지 253, 258 내지 265, 270 내지 273, 278 내지 285, 290 내지 293, 298 내지 301, 306 내지 309, 314 내지 345, 358 내지 361, 370 내지 373, 378 내지 381, 386 내지 401, 406 내지 409, 418 내지 445, 450 내지 457, 462 내지 469, 474 내지 497, 502 내지 513, 518 내지 545, 550 내지 565, 570 내지 573, 586 내지 589, 594 내지 597, 602 내지 613, 618 내지 625, 630 내지 633, 638 내지 653, 658 내지 665, 및 670 내지 705의 염기서열로 표시되는 384개의 프라이머를 포함하는 것을 특징으로 하는, 프라이머 세트.

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제4항 또는 제5항의 프라이머 세트를 포함하는, 수박 품종 식별용 키트로서,상기 수박 품종은 리코후레쉬2호, 감수꿀, 산타꿀, 일이월, 기가찬꿀, 써니주니어, 에이플, 애홍, 참조은, 스피드플러스꿀, 원더풀꿀, 강타, 환희꿀, 진한삼복꿀, 흑동자, 엘리트꿀, 블랙보스, 단단한블랙옐로우, 레나플러스, 씨저근, 에이스꿀, 적토마, 설강, 스파크플러스, 허니큐알파, 더블유엠38, 미니골드, 잘난꿀, 굿초이스, 축복, 팔리오, 오렌지슈가, 지존꿀, 온세상, 흑미, 크림슨웨이브, 블랙베타, 블랙인레드, 블랙인옐로우, 다이나믹꿀, 스윗봉봉, 여름엔, 러키플러스, 당당한, 세미꿀, 함박꿀, 황룡포, 케이디617, 성보꿀, 슈퍼볼골드, 만나꿀, 단단한블랙레드, 베이비복스, 스몰허니, 녹보석, 맘에든, 만복꿀, 하모꿀, 미니블랙콜, 히어로, 엄지척꿀, 온리유, 춘상록꿀, 단단한미니플러스, 미니미, 로얄블랙, 바캉스꿀, 씨너스, 강력삼복꿀, 메가스피드꿀, 신설강102, 백마골드, 이편한레드, 히든카드, 제일블랙, 벨로체꿀, 흑옥, 베이비레몬, 누네띠네꿀, 우리꿀, 블랙킹, 크림스타, 설화꿀, 생농복, 참한복, 조은흑꿀, 굿찬스, 에이더블유1508, 및 아롱복으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상인 것을 특징으로 하는, 키트.

7

하기의 단계를 포함하는, 수박 품종을 식별하는 방법:(a) 식별하고자 하는 수박으로부터 유전체(genomic) DNA를 분리하는 단계;(b) 분리된 상기 유전체 DNA에서, 서열번호 14, 6, 7, 9, 10, 1315, 17, 19, 22, 24, 26, 28, 30, 31, 33, 35, 36, 38, 40, 42, 4451, 55, 58, 60, 6265, 67, 7076, 78, 79, 81, 82, 8489, 9193, 95101, 103106, 108, 112, 114, 116118, 120, 121, 123, 125128, 130, 131, 및 133141의 염기서열로 표시되는 96개의 폴리뉴클레오티드 각각의 염기서열 내에서 301번째 염기 타입을 검출하는 단계; 및(c) 상기 검출한 염기 타입으로부터 리코후레쉬2호, 감수꿀, 산타꿀, 일이월, 기가찬꿀, 써니주니어, 에이플, 애홍, 참조은, 스피드플러스꿀, 원더풀꿀, 강타, 환희꿀, 진한삼복꿀, 흑동자, 엘리트꿀, 블랙보스, 단단한블랙옐로우, 레나플러스, 씨저근, 에이스꿀, 적토마, 설강, 스파크플러스, 허니큐알파, 더블유엠38, 미니골드, 잘난꿀, 굿초이스, 축복, 팔리오, 오렌지슈가, 지존꿀, 온세상, 흑미, 크림슨웨이브, 블랙베타, 블랙인레드, 블랙인옐로우, 다이나믹꿀, 스윗봉봉, 여름엔, 러키플러스, 당당한, 세미꿀, 함박꿀, 황룡포, 케이디617, 성보꿀, 슈퍼볼골드, 만나꿀, 단단한블랙레드, 베이비복스, 스몰허니, 녹보석, 맘에든, 만복꿀, 하모꿀, 미니블랙콜, 히어로, 엄지척꿀, 온리유, 춘상록꿀, 단단한미니플러스, 미니미, 로얄블랙, 바캉스꿀, 씨너스, 강력삼복꿀, 메가스피드꿀, 신설강102, 백마골드, 이편한레드, 히든카드, 제일블랙, 벨로체꿀, 흑옥, 베이비레몬, 누네띠네꿀, 우리꿀, 블랙킹, 크림스타, 설화꿀, 생농복, 참한복, 조은흑꿀, 굿찬스, 에이더블유1508, 및 아롱복으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 수박 품종을 식별하는 단계.

8

제7항에 있어서,상기 (b) 단계는 제4항의 프라이머 세트를 이용하여 Fluidigm 분석을 통해 염기 타입을 검출하는 것을 특징으로 하는, 방법.

9

제4항에 있어서,상기 프라이머 세트는 서열번호 5, 8, 11, 12, 16, 18, 20, 21, 23, 25, 27, 29, 32, 34, 37, 39, 41, 43, 5254, 56, 57, 59, 61, 66, 68, 69, 77, 80, 83, 90, 94, 102, 107, 109111, 113, 115, 119, 122, 124, 129, 및 132의 염기서열로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 각각의 염기서열 내에서 301번째 염기에 위치하는 SNP(single nucleotide polymorphism)를 포함한 8 내지 100개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 서열 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드에 각각 특이적으로 결합하는 프라이머를 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는, 프라이머 세트.

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제7항에 있어서,상기 (b) 단계는 서열번호 5, 8, 11, 12, 16, 18, 20, 21, 23, 25, 27, 29, 32, 34, 37, 39, 41, 43, 5254, 56, 57, 59, 61, 66, 68, 69, 77, 80, 83, 90, 94, 102, 107, 109111, 113, 115, 119, 122, 124, 129, 및 132의 염기서열로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 각각의 염기서열 내에서 301번째 염기 타입을 검출하는 단계를 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는, 방법.