| 번호 | 청구항 |
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| 9 | 제 5 항 내지 제 8 항 중 어느 한 항에 따르는 단백질-리간드 도킹 방법을 수행하기 위한 컴퓨터 프로그램이 기록된 비일시적 컴퓨터 판독가능 기록매체. |
| 1 | 단백질-리간드 도킹 장치에 있어서,단백질-리간드 도킹 프로그램을 저장한 메모리; 및상기 단백질-리간드 도킹 프로그램을 실행하는 프로세서를 포함하고,상기 단백질-리간드 도킹 프로그램은, 질의된 화합물과 도킹될 수 있는 단백질-리간드 복합체 후보를 탐색하는 검색 알고리즘과 탐색된 단백질-리간드 복합체의 에너지 점수를 산출하는 스코어링 함수를 포함하되,상기 검색 알고리즘은, 질의 화합물 정보가 입력되면, 단백질-리간드 복합체에 대한 정보를 포함하는 템플릿을 참조하여, 상기 질의 화합물과 이에 대응되는 기준 화합물을 탐색하고, 상기 질의 화합물이 상기 기준 화합물과 가장 유사한 포즈를 갖도록 상기 질의 화합물을 정렬시키는 CSA(conformational space annealing) 정렬 방법을 사용하고,상기 스코어링 함수는, 상기 템플릿을 참조하는 CSA 정렬 방법에 따라 정렬된 질의 화합물을 대상으로, 상기 질의 화합물 및 기준이 되는 단백질-리간드 복합체에 대한 정보를 기초로, 상기 질의 화합물에 대한 도킹 결과로서 단백질-리간드 복합체 구조를 반환하는 CSA 도킹 방법을 사용하는 것인, 단백질-리간드 도킹 장치. |
| 2 | 제 1 항에 있어서,상기 CSA 정렬 방법과 CSA 도킹 방법은,서로 다른 두 구조의 정렬 상태를 평가하는 평가 함수로서 형태 매칭 점수를 기반으로하는 하기의 수학식 1을 사용하여 정렬 에너지(Ealign)를 산출하는 것인, 단백질-리간드 도킹 장치.[수학식 1]rQ: 질의된 화합물의 구조rR: 기준 화합물의 구조VA / VB: 반데르발스 반경을 0.8만큼 축소한 구로 표현된 원자 A 또는 원자 B의 부피를 나타냄 VA,B: 원자 A와 B가 겹쳐진 중첩 부피를 나타냄E: 에너지 |
| 3 | 제 2 항에 있어서,질의된 화합물에 대한 에너지(E(rQ))는 하기의 수학식 2와 수학식 3에 의해 산출되는 것이되,상기 CSA 정렬 방법에 대해서는 수학식 3에 기반한 에너지를 이용하고,상기 CSA 도킹 방법에 대해서는 수학식 2및 수학식 3에 기반한 에너지를 이용하는 것인, 단백질-리간드 도킹 장치.[수학식 2][수학식 3] |
| 4 | 제 2 항에 있어서,상기 검색 알고리즘은 복수의 리간드 구조를 포함하는 초기 뱅크에 대하여 교차 및 돌연변이를 적용하여 새로운 시도 형태를 생성하고, 각 시도 형태에 대한 상기 정렬 에너지의 로컬 최소화를 통해 최적화를 수행하는 것인, 단백질-리간드 도킹 장치. |
| 5 | 단백질-리간드 도킹 장치의 단백질-리간드 도킹 방법에 있어서,질의된 화합물과 도킹될 수 있는 단백질-리간드 복합체 후보를 탐색하는 검색 알고리즘과 탐색된 단백질-리간드 복합체의 에너지 점수를 산출하는 스코어링 함수를 포함하는 단백질-리간드 도킹 프로그램이 제공되는 단계; 상기 검색 알고리즘에 질의 화합물 정보가 입력되면, 단백질-리간드 복합체에 대한 정보를 포함하는 템플릿을 참조하여, 상기 질의 화합물과 이에 대응되는 기준 화합물을 탐색하고, 상기 질의 화합물이 상기 기준 화합물과 가장 유사한 포즈를 갖도록 상기 질의 화합물을 정렬시키는 CSA(conformational space annealing) 정렬 방법을 수행하는 단계; 및 상기 스코어링 함수에 상기 템플릿을 참조하는 CSA 정렬 방법에 따라 정렬된 질의 화합물의 정보가 입력되면, 상기 질의 화합물 및 기준이 되는 단백질-리간드 복합체에 대한 정보를 기초로, 상기 질의 화합물에 대한 도킹 결과로서 단백질-리간드 복합체 구조를 반환하는 CSA 도킹 방법을 수행하는 단계를 포함하는 것인, 단백질-리간드 도킹 방법. |
| 6 | 제 5 항에 있어서,상기 CSA 정렬 방법을 수행하는 단계 또는 상기 CSA 도킹 방법을 수행하는 단계는,서로 다른 두 구조의 정렬 상태를 평가하는 평가 함수로서 형태 매칭 점수를 기반으로하는 하기의 수학식 1을 사용하여 정렬 에너지(Ealign)를 산출하는 것인, 단백질-리간드 도킹 방법.[수학식 1]rQ: 질의된 화합물의 구조rR: 기준 화합물의 구조VA / VB: 반데르발스 반경을 0.8만큼 축소한 구로 표현된 원자 A 또는 원자 B의 부피를 나타냄 VA,B: 원자 A와 B가 겹쳐진 중첩 부피를 나타냄E: 에너지 |
| 7 | 제 6 항에 있어서,질의된 화합물에 대한 에너지(E(rQ))는 하기의 수학식 2와 수학식 3에 의해 산출되는 것이되,상기 CSA 정렬 방법에 대해서는 수학식 3에 기반한 에너지를 이용하고,상기 CSA 도킹 방법에 대해서는 수학식 2및 수학식 3에 기반한 에너지를 이용하는 것인, 단백질-리간드 도킹 방법.[수학식 2][수학식 3] |
| 8 | 제 6 항에 있어서,상기 검색 알고리즘은 복수의 리간드 구조를 포함하는 초기 뱅크에 대하여 교차 및 돌연변이를 적용하여 새로운 시도 형태를 생성하고, 각 시도 형태에 대한 상기 정렬 에너지의 로컬 최소화를 통해 최적화를 수행하는 것인, 단백질-리간드 도킹 방법. |
