단백질-리간드 도킹 예측 장치에 있어서,단백질-리간드 도킹 예측 프로그램을 저장한 메모리; 및상기 단백질-리간드 도킹 예측 프로그램을 실행하는 프로세서를 포함하되,상기 단백질-리간드 도킹 예측 프로그램은, 헴단백질-리간드 복합체의 배위 결합 에너지를 나타내는 성분을 포함하는 스코어링 함수 및 헴단백질과 리간드 포즈간의 다양한 결합 모드를 나타내는 형태 공간으로부터 헴단백질-리간드 복합체 후보를 탐색하는 검색 알고리즘을 포함하고, 상기 스코어링 함수는 헴단백질-리간드 복합체를 데이터를 입력하여 단백질-리간드 도킹 스코어를 출력하는 것이되, 니어-네이티브(near-native) 포즈와 미끼(decoy)포즈를 포함하는 학습 데이터를 기초로 반복 학습되어 결정된 것이되,상기 스코어링 함수에서 상기 헴단백질-리간드 복합체의 배위 결합 에너지를 나타내는 성분은 철(Fe) 이온과 비 방향족 질소(non-aromatic nitrogen) 사이의 포텐셜을 나타내는 제 1 인자, 철(Fe)이온과 방향족 질소(aromatic nitrogen)사이의 포텐셜을 나타내는 제 2 인자, 철(Fe)이온과 황(sulfur)사이의 포텐셜을 나타내는 제 3 인자 및 철(Fe)이온과 산소 원자(oxygen atom) 사이의 포텐셜을 나타내는 제 4 인자 중 적어도 하나 이상을 포함하고, 각 인자에 결합되는 가중치를 포함하는 하기의 수학식에 의해 정의되는 것인, 단백질-리간드 도킹 예측 장치.[수학식]상기 수학식에서 제 1 인자()는 철(Fe) 이온과 비 방향족 질소(non-aromatic nitrogen) 사이의 포텐셜을 나타내고, 제 2 인자()는 철(Fe)이온과 방향족 질소(aromatic nitrogen)사이의 포텐셜을 나타내고, 제 3 인자()는 철(Fe)이온과 황(sulfur)사이의 포텐셜을 나타내고, 제 4 인자()는 철(Fe)이온과 산소 원자(oxygen atom) 사이의 포텐셜을 나타내고, w11, w12, w13, w14는 각각 가중치를 나타냄.

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제 1 항에 있어서, 상기 스코어링 함수는 (a) 상기 가중치로 이루어진 초기 파라미터를 기초로 복수의 도킹 포즈가 생성되도록 하는 단계;(b) 경사 하강법을 이용하여 미끼 포즈 구별을 최대화하는 최적 파라미터를 갱신하는 단계; 및(c) 성능 수렴 조건을 만족할때까지 상기 (b) 단계를 반복 수행하고, 상기 성능 수렴 조건을 만족하는 최적 파라미터를 결정하는 단계에 의해 생성된 것이고, 상기 성능 수렴 조건은 검증 세트에서의 도킹시 성공율이 포화상태에 해당하는 경우인 것인, 단백질-리간드 도킹 예측 장치.

단백질-리간드 도킹 예측 장치의 단백질-리간드 도킹 예측 방법에 있어서,헴단백질-리간드 복합체의 배위 결합 에너지를 나타내는 성분을 포함하는 스코어링 함수와 헴단백질과 리간드 포즈간의 다양한 결합 모드를 나타내는 형태 공간으로부터 헴단백질-리간드 복합체 후보를 탐색하는 검색 알고리즘을 포함하는 단백질-리간드 도킹 예측 프로그램이 제공되는 단계; 및상기 스코어링 함수에 헴단백질-리간드 복합체를 데이터를 입력하여 단백질-리간드 도킹 스코어를 출력하는 단계를 포함하되,상기 스코어링 함수는 니어-네이티브(near-native) 포즈와 미끼(decoy)포즈를 포함하는 학습 데이터를 기초로 반복 학습되어 결정된 것이되,상기 스코어링 함수에서 상기 헴단백질-리간드 복합체의 배위 결합 에너지를 나타내는 성분은 철(Fe) 이온과 비 방향족 질소(non-aromatic nitrogen) 사이의 포텐셜을 나타내는 제 1 인자, 철(Fe)이온과 방향족 질소(aromatic nitrogen)사이의 포텐셜을 나타내는 제 2 인자, 철(Fe)이온과 황(sulfur)사이의 포텐셜을 나타내는 제 3 인자 및 철(Fe)이온과 산소 원자(oxygen atom) 사이의 포텐셜을 나타내는 제 4 인자 중 적어도 하나 이상을 포함하고, 각 인자에 결합되는 가중치를 포함하는 하기의 수학식에 의해 정의되는 것인, 단백질-리간드 도킹 예측 방법.[수학식]상기 수학식에서 제 1 인자()는 철(Fe) 이온과 비 방향족 질소(non-aromatic nitrogen) 사이의 포텐셜을 나타내고, 제 2 인자()는 철(Fe)이온과 방향족 질소(aromatic nitrogen)사이의 포텐셜을 나타내고, 제 3 인자()는 철(Fe)이온과 황(sulfur)사이의 포텐셜을 나타내고, 제 4 인자()는 철(Fe)이온과 산소 원자(oxygen atom) 사이의 포텐셜을 나타내고, w11, w12, w13, w14는 각각 가중치를 나타냄.

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제 4 항에 있어서,상기 스코어링 함수는 (a) 상기 가중치로 이루어진 초기 파라미터를 기초로 복수의 도킹 포즈가 생성되도록 하는 단계;(b) 경사 하강법을 이용하여 미끼 포즈 구별을 최대화하는 최적 파라미터를 갱신하는 단계; 및(c) 성능 수렴 조건을 만족할때까지 상기 (b) 단계를 반복 수행하고, 상기 성능 수렴 조건을 만족하는 최적 파라미터를 결정하는 단계에 의해 생성된 것이고, 상기 성능 수렴 조건은 검증 세트에서의 도킹시 성공율이 포화상태에 해당하는 경우인 것인, 단백질-리간드 도킹 예측 방법.

제 4 항 및 제 6 항 중 어느 한 항에 따르는 단백질-리간드 도킹 예측 방법을 수행하기 위한 컴퓨터 프로그램이 기록된 비일시적 컴퓨터 판독가능 기록매체.