마이크로바이옴을 이용한 비결핵항산균 감염성 질환의 치료 반응성 예측을 위한 조성물
Composition for Predicting responsiveness to treatment of Nontuberculous mycobacteria infectious diseases using Microbiome
특허 요약
본 발명은 마이크로바이옴(Microbiome)을 이용한 비결핵항산균 (Nontuberculous mycobacteria) 감염성 질환의 치료 반응을 예측하기 위한 조성물에 관한 것으로, 비결핵항산균 (Nontuberculous mycobacteria) 감염성 질환으로 진단받은 환자의 치료를 위한 항생제 투여시, 치료 반응성 및 불응성을 나타내는 환자군을 분류하고, 각각의 환자군의 대변 및 객담의 마이크로바이옴(Microbiome)의 변화를 분석한 결과 치료 전에 분리된 대변의 마이크로바이옴(Microbiome)에서 유박테리움 할리(Eubacterium hallii) 그룹에 속하는 미생물의 상대적 풍부도가 증가할수록 치료 반응성이 낮고, 치료 후 분리된 대변의 마이크로바이옴(Microbiome)에서 엔테로코커스(Enterococcus) 속에 속하는 미생물의 상대적 풍부도가 증가할수록 치료 반응성이 높고, 치료 전 분리된 객담의 마이크로바이옴(Microbiome)에서 버크홀데리아(Burkholderia) 속, 카발레로니아(Caballeronia) 속, 및 파라버크홀데리아(Paraburkholderia) 속으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상에 속하는 미생물의 상대적 풍부도가 증가할수록 치료 반응성이 높은 것을 확인함으로써, 환자의 대변 또는 객담의 마이크로바이옴(Microbiome)에서의 상기 ...(이하생략)
청구항
번호청구항
14

제10항에 있어서, 상기 (4) 단계 이후에,(5-1) 상기 생물학적 시료는 비결핵항산균의 감염에 대한 치료 전에 분리된 대변이고, 상기 마이크로바이옴(Microbiome)에서 상기 유박테리움 할리(Eubacterium hallii) 그룹에 속하는 미생물의 상대적 풍부도가 대조군에 비하여 증가하면 치료 반응성이 낮은 것으로 예측하는 단계를 더 포함하는 것을 특징으로 하는, 방법.

15

제14항에 있어서, 상기 생물학적 시료의 상기 마이크로바이옴(Microbiome)에서 상기 유박테리움 할리(Eubacterium hallii) 그룹에 속하는 미생물의 비중은 2.23% 내지 2.83%인 것을 특징으로 하는, 방법.

16

제10항에 있어서, 상기 (4) 단계 이후에,(5-2) 상기 생물학적 시료는 비결핵항산균의 감염에 대한 치료 후에 분리된 대변이고, 상기 마이크로바이옴(Microbiome)에서 엔테로코커스(Enterococcus) 속에 속하는 미생물의 상대적 풍부도가 대조군에 비하여 증가하면 치료 반응성이 높은 것으로 예측하는 단계를 더 포함하는 것을 특징으로 하는, 방법.

1

유박테리움 할리(Eubacterium hallii) 그룹, 엔테로코커스(Enterococcus) 속, 버크홀데리아(Burkholderia) 속, 카발레로니아(Caballeronia) 속, 및 파라버크홀데리아(Paraburkholderia) 속으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상에 속하는 미생물을 검출하는 제제를 포함하는,마이코박테리움 압세수스 복합체(Mycobacterium abscessus complex)로 인한 폐질환에 대한 항생제 치료 반응성 예측용 조성물.

2

제1항에 있어서, 상기 미생물을 검출하는 제제는 상기 미생물의 16S rRNA에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브, 안티센스 올리고 뉴클레오티드, 압타머, 또는 항체를 포함하는 것을 특징으로 하는, 조성물.

3

삭제

4

삭제

5

제1항에 있어서, 상기 미생물은 목적하는 개체의 대변 또는 객담에서 유래한 것을 특징으로 하는, 조성물.

6

유박테리움 할리(Eubacterium hallii) 그룹, 엔테로코커스(Enterococcus) 속, 버크홀데리아(Burkholderia) 속, 카발레로니아(Caballeronia) 속, 및 파라버크홀데리아(Paraburkholderia) 속으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상에 속하는 미생물을 검출하는 제제를 포함하는,마이코박테리움 압세수스 복합체(Mycobacterium abscessus complex)로 인한 폐질환에 대한 항생제 치료 반응성 예측용 키트.

7

제6항에 있어서, 상기 미생물을 검출하는 제제는 상기 미생물의 16S rRNA에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브, 안티센스 올리고 뉴클레오티드, 압타머, 또는 항체를 포함하는 것을 특징으로 하는, 키트.

8

제6항에 있어서, 상기 키트는 객체에서 유래된 생물학적 시료의 마이크로바이옴(Microbiome)에서,유박테리움 할리(Eubacterium hallii) 그룹에 속하는 미생물의 상대적 풍부도가 대조군에 비하여 증가하면 치료 반응성이 낮고,엔테로코커스(Enterococcus) 속, 버크홀데리아(Burkholderia) 속, 카발레로니아(Caballeronia) 속, 및 파라버크홀데리아(Paraburkholderia) 속으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상에 속하는 미생물의 상대적 풍부도가 대조군에 비하여 증가하면 치료 반응성이 높은 것으로 예측하는 것을 특징으로 하는, 키트.

9

제8항에 있어서, 상기 생물학적 시료는 대변 또는 객담인 것을 특징으로 하는, 키트.

10

(1) 객체의 생물학적 시료에서 DNA를 추출하는 단계;(2) 상기 추출된 DNA에 대하여 PCR을 수행하여 PCR 산물을 수집하는 단계;(3) 상기 PCR 산물의 서열분석을 통하여 상기 생물학적 시료의 마이크로바이옴(Microbiome)을 분석하는 단계; 및(4) 상기 마이크로바이옴(Microbiome)에서 유박테리움 할리(Eubacterium hallii) 그룹, 엔테로코커스(Enterococcus) 속, 버크홀데리아(Burkholderia) 속, 카발레로니아(Caballeronia) 속, 및 파라버크홀데리아(Paraburkholderia) 속으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상에 속하는 미생물의 상대적 풍부도를 분석하는 단계;를 포함하는, 마이코박테리움 압세수스 복합체(Mycobacterium abscessus complex)로 인한 폐질환에 대한 항생제 치료 반응성 예측을 위한 정보 제공 방법.

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제10항에 있어서, 상기 생물학적 시료는 대변 또는 객담인 것을 특징으로 하는, 방법.

12

제10항에 있어서, 상기 생물학적 시료는 비결핵항산균의 감염에 대한 치료 전 또는 치료 후에 분리된 것을 특징으로 하는, 방법.

13

제10항에 있어서, 상기 (2) 단계에서 상기 PCR은 16S rRNA에 대한 PCR을 수행하는 것을 특징으로 하는, 방법.

17

제16항에 있어서, 상기 생물학적 시료의 상기 마이크로바이옴(Microbiome)에서 상기 엔테로코커스(Enterococcus) 속에 속하는 미생물의 비중은 7.6% 내지 21.38%인 것을 특징으로 하는, 방법.

18

제10항에 있어서, 상기 (4) 단계 이후에,(5-3) 상기 생물학적 시료는 비결핵항산균의 감염에 대한 치료 전에 분리된 객담이고, 상기 마이크로바이옴(Microbiome)에서 버크홀데리아(Burkholderia) 속, 카발레로니아(Caballeronia) 속, 및 파라버크홀데리아(Paraburkholderia) 속으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상에 속하는 미생물의 상대적 풍부도가 대조군에 비하여 증가하면 치료 반응성이 높은 것으로 예측하는 단계를 더 포함하는 것을 특징으로 하는, 방법.

19

제18항에 있어서, 상기 생물학적 시료의 상기 마이크로바이옴(Microbiome)에서 상기 버크홀데리아(Burkholderia) 속, 카발레로니아(Caballeronia) 속, 및 파라버크홀데리아(Paraburkholderia) 속으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상에 속하는 미생물의 비중은 0.16% 내지 0.34%인 것을 특징으로 하는, 방법.