장비종양 장기 비암호화 RNA(long non-coding RNAs, lncRNAs)는 고등급 장액성 난소암(High-grade serous carcinoma, HGSC)의 진행과 전이를 조절한다. 그러나 HGSC는 이러한 전사체(transcripts)를 기반으로 아직 분류되지 않았다. 또한, 주요 전사 조절인자(master transcriptional factors, MTFs)와 lncRNA 간의 상호작용(crosstalk)은 명확하지 않다. 따라서 본 연구는 lncRNA 발현을 기반으로 HGSC를 분류하고, 고도로 상관된 mRNA와 lncRNA를 위한 통합 MTF를 확인하고자 하였다. 비지도 클러스터링은 The Cancer Genome Atlas에서 확보한 367개 HGSC 샘플에서 유래한 고발현 lncRNA를 사용하여 수행하였다. 비지도 클러스터링에 영향을 미치는 유전적 및 후성유전학적 요인을 확인하기 위해 DNA 돌연변이, 체세포 복제수 변이(somatic copy number alterations), microRNA 발현, DNA 메틸롬(dna methylome)을 분석하였다. 각 클러스터에서 lncRNA와 mRNA에 대해 동시에 양(+)의 상관을 보이는 전사 인자를 확인하기 위해 Multiple Sample Virtual Inference of Protein-activity by Enriched Regulon 분석(msViper)을 수행하였다. 또한, 이 lncRNA들이 MTF와 표적 유전자(target genes)를 모두 조절하는지 여부를 확인하기 위해 체외(in vitro) 분석을 수행하였다. 기능 분석을 통해 lncRNA 기반으로 HGSC를 다섯 그룹(‘Immune,’ ‘EMT,’ ‘Estrogen response,’ ‘EMT-Androgen response,’ ‘Differentiation’)으로 분류할 수 있었다. ‘EMT-Androgen response’ 그룹은 종양학적 예후에서 불량한 예후를 보였다. 이 그룹에서 선별된 전사 조절인자 중, 고유벡터 중심성(eigenvector centrality) 점수가 가장 높은 3개의 MTF(MSC, AEBP1, CREB3L1)가 확인되었다. 그러나 선택된 MTF보다 더 높은 중심성(centrality)을 나타낸 lncRNA는 7개였다. 본 연구 결과는 HGSC가 lncRNA 발현을 기반으로 분류될 수 있으며 분자적 특징으로 특성화될 수 있음을 시사한다. 따라서 lncRNA와 MTF는 개인맞춤 의학의 지표가 될 수 있는 HGSC의 분자적 특징에 대해 상호 시너지적으로 기여할 수 있다.

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