다중 키나아제 억제제인 소라페닙은 진행성 간세포암종(HCC)에 대한 표준 1차 치료이지만, 많은 환자에서 소라페닙 내성이 발생한다(SR). 본 연구에서는 2차 치료로서 또 다른 키나아제 억제제인 레고라페닙(regorafenib, Rego)의 효능을 조사하였다. 우리는 PI3K-Akt, TNF, cAMP 및 TGF-beta 신호전달 경로가 영향을 받은 SR HCC 세포를 제작하였다. 이 세포에 대한 급성 Rego 처치는 TGF-beta 신호전달에 관여하는 유전자들의 발현을 역전시켰으나, PI3K-Akt 신호전달에 관여하는 유전자들의 발현은 추가로 증가시켰다. 또한 Rego는 뉴클레오좀 조립과 후성유전적 유전자 발현에 관여하는 유전자들의 발현을 역전시켰다. 가중치 유전자 공발현 네트워크 분석(Weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)은 SR 세포에 대한 Rego의 효과와 연관된 4개의 서로 다른 발현 장쇄 비암호화 RNA(DElncRNA) 모듈을 밝혀냈다. 서로 다른 발현 양상을 보이는 11개의 추정 DElncRNA를 확인하였다. 우리는 각 모듈을 동일한 양상의 DEmRNA와 연관시켜, DElncRNA/DEmRNA 공발현 모듈을 도출하였다. 각 모듈의 잠재적 중요성에 대하여 논의한다. 이러한 결과는 SR HCC 세포의 Rego에 대한 반응과 관련된 잠재적 기전들을 추가로 규명하기 위한 통찰과 자원을 제공한다.
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