Epstein-Barr 바이러스(EBV) LMP2A와 Nedd4 계열 E3 유비퀴틴-단백질 리가아제 사이의 상호작용은 LMP2A 연관 단백질의 유비퀴틴화(ubiquitination)를 촉진하며, 그 결과 정상적인 B-세포 신호전달의 교란을 초래한다. 여기에서 우리는 hAIP4의 WW2 도메인의 용액 구조를 규명하고, LMP2A의 N-말단 도메인과 WW2 도메인이 관여하는 결합 양상을 조사하였다. WW2 도메인은 3가닥의 반평행 β-시트(anti-parallel β-sheet)로 이루어진 보존적인 WW 도메인 골격을 제시했으며, 서로 다른 결합 기전을 통해 두 개의 PY 모티프를 결합하였다. NMR 적정과 ITC 자료는 LMP2A의 PY 모티프가 WW2 도메인의 XP 홈(XP groove; 세 번째 β-시트 주변에 위치한 잔기)과 약하게 인식하고 상호작용할 수 있음을 보여주었고, 이어서 두 PY 모티프 사이의 잔기들이 WW2 도메인의 루프 1(loop 1) 영역과의 상호작용을 통해 결합을 최적화한다는 점을 밝혔다. 특히, WW2 도메인의 β1과 β2 사이 헤어핀 고리(hairpin loop) 영역에 위치한 Val15 잔기는 PY 모티프의 말단 잔기에 따라 독특한 변화 양상을 보였다. 이러한 결과는 헤어핀 고리가 XP 홈 외부에서의 추가 상호작용을 담당한다는 것을 시사했으며, 이 가설은 중수소 교환(deuterium exchange) 실험에서 확인되었다. 이러한 약하지만 광범위한 상호작용은 PY 도메인과 WW 도메인 간에 형성되는 복합체를 안정화할 수 있다.
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