단일세포 전사체 통합 및 해석 기반 기능 세포 상태 규명 연구
Functional cell-state discovery via integrated single-cell transcriptomics analysis
연구 내용
단일세포 RNA-seq 데이터의 배치 효과를 고려한 통합 분석 방법을 정리하고, 세포 상태의 공간·기능적 이질성을 규명하는 연구
단일세포 RNA sequencing 데이터를 서로 다른 전처리·라이브러리·장비 조건에서 통합하기 위한 개념과 절차를 정리하고, 배치 효과 제거 후 세포 아형과 마커 유전자의 재현성을 평가하는 분석 틀을 구축합니다. 이후 angiogenesis-on-a-chip 같은 3D 분무 구조에서 세포 군집별 자가포식 활성의 공간 분포를 단일세포 전사체로 해석합니다. 또한 종양 미세환경에서 CD244 신호가 단핵구/대식세포 성숙과 항종양 기능에 미치는 영향을 단일세포 전사체로 기계적으로 연결합니다.
관련 연구 성과
관련 논문
5편
관련 특허
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관련 프로젝트
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연구 흐름
초기에는 공개 scRNA-seq 데이터의 증가에 맞춰 데이터 통합 과정에서의 배치 효과 문제와 평가 지표를 정리하는 방향으로 연구를 수행했습니다. 2022년에는 대사·세포주기 변화를 시간에 따라 추적하는 전사체 관점의 기전 연구가 축적되었습니다. 2023년에는 단일세포 분석 전반에 대한 기술·데이터 분석 관점을 정리하며 기반을 강화했습니다. 이후 2024년에는 3D in vitro 모델과 종양 면역 미세환경에서 단일세포 RNA-seq을 적용해 공간적 자가포식 활성과 CD244-연관 대식세포 기능 변화를 도출하는 흐름으로 확장되었습니다.
활용 가능성
활용 가능성은 알앤디써클 특화 AI 에이전트가 생성한 내용으로, 실제 연구 가능 여부는 연구실과의 논의가 필요합니다.
- scRNA-seq 배치 효과 보정 파이프라인
- 세포 아형 및 마커 유전자 판별
- 장기 온 칩 단일세포 기능 해석
- 면역세포 상태 전이 모델링
- 전사체 기반 병리 아틀라스 구축
- 세포 분화 궤적 추정
- 공간 이질성 분석 프레임워크
- 약물 반응 단일세포 서명 도출
- 질병 특이 전사 프로그램 비교
- 단일세포 기반 치료 타겟 탐색
관련 논문
구분
제목
Integration of Single-Cell RNA-Seq Datasets: A Review of Computational Methods
Single-Cell Analysis: Technology, Data Analysis, and Applications
Angiogenesis-on-a-chip coupled with single-cell RNA sequencing reveals spatially differential activations of autophagy along angiogenic sprouts
Targeted deletion of CD244 on monocytes promotes differentiation into anti-tumorigenic macrophages and potentiates PD-L1 blockade in melanoma
Co-inhibition of ATM and ROCK synergistically improves cell proliferation in replicative senescence by activating FOXM1 and E2F1