서론 전사인자(TFs)는 특정 DNA 서열에 결합함으로써 전사 수준에서 유전자 발현을 조절한다. 따라서 전사인자의 DNA 결합 모티프를 예측하는 일은 포스트게놈 시대에서 전사인자의 기능적 분석과 관련된 가장 중요한 분야 중 하나이다. 이러한 과제에 대해 많은 방법이 개발되었음에도 불구하고, DNA 결합 모티프가 알려지지 않은 전사인자들은 여전히 다수 존재한다. 결과 본 논문에서는 벼(Oryza sativa) 특이 단백질 결합 마이크로어레이(RPBM)를 설계하였으며, 그 프로브는 40 bp 길이로 20 bp가 중첩되도록 구성하였다. 각 유전자에 대한 번역 개시 시작 부위 이전 1 kb 프로모터 영역을 포괄하는 총 49개의 프로브가 포함된다. RPBM 기술의 효율을 확인하기 위해 두 개의 전사인자 OsWOX13 및 OsSMF1을 선택하였다. 우리는 OsWOX13의 DNA 결합 서열로 ATTGATTG를 확인하였고, 635개의 추정 표적 유전자를 동정하였다. OsSMF1은 GCTGACTCA 및 GGATGCC 서열에 결합하였으며, 특히 CCACGTCA에 매우 강하게 결합하였다. OsSMF1에 대해 총 932개의 추정 표적 유전자가 확인되었다. 결론 RPBM은 결합이 연장된 자연 프로모터 영역에서 평가되는 전사인자의 DNA 결합 모티프 분석에 적용될 수 있다. 또한 분석은 단일 또는 다중 결합 모티프를 갖는 전사인자에도 적용 가능하다. 이 기술은 더 나아가 이종이합체 또는 더 상위 차수의 복합체를 형성하는 전사인자에 대한 적용으로까지 확장될 수 있을 것이다.

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