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·2024
Cytogenomic evaluation of regenerated Aralia elata using PLOP-FISH and flow cytometry
Eliazar Alumbro Peniton, Nguyễn Thị Hồng, Nomar Espinosa Waminal, Tae‐Jin Yang, Hyun Hee Kim
IF 3.9 (2024) Scientific Reports
초록

Aralia elata는 Panax ginseng과 밀접한 관련이 있으며, 높은 수준의 사포닌과 기타 의약 화합물을 함유한다. A. elata의 성공적인 기내미세번식은 상업적으로 중요한 의미를 지니지만, 조직배양 유래 재생식물의 유전체 안정성은 불명확하다. 본 연구에서는 캘러스 유래 재생 A. elata 식물을 얻고, 이들의 세포유전-유전체 구성(cytogenomic constitutions)을 평가하였다. RepeatExplorer를 이용하여 < 1× NGS 전장(whole-genome) 단독( short reads)으로부터 새롭게 발굴한 tandem repeat를 기반으로 사전 표지 올리고뉴클레오타이드 탐침(PLOPs)을 개발하였으며, 3개의 범용 PLOPs를 포함한 6개의 반복 프로브를 사용하여 형광 제자리 혼성화(FISH)를 수행하고, 유전체 DNA 함량은 유세포분석(flow cytometry)으로 추정하였다. 재생된 A. elata 식물(50주)은 모식물에서 나타난 것과 비교하여 일관된 배수성(ploidy), 반복 분포, 및 유전체 크기를 보였다. FISH를 통해 6개의 반복 프로브가 검출되었다. tandem repeat인 AeTR49는 상동염색체에 대한 우수한 세포유전학적 표지자로 확인되었고, AeTR161과 AeTR178은 각각 중심절(centromeric) 및 말단절(telomeric) 구역에 위치하는 것으로 나타났다. 유전체 DNA 함량(2C)은 모식물에서 2.46 ± 0.04 pg, 재생식물에서 2.41 ± 0.05 pg으로 추정되었으며, 유전체 크기 또는 염색체 길이에서 유의한 변이는 관찰되지 않았다. 이러한 결과는 세포유전-유전체학(cytogenomics)이 재생 A. elata 식물에서 염색체 수준의 유전체 안정성을 효과적으로 평가하는 데 활용될 수 있음을 보여준다.

*본 초록은 AI를 통해 원문을 번역한 내용입니다. 정확한 내용은 하기 원문에서 확인해주세요.

키워드
BiologyPloidygenomic DNAGenomeFluorescence in situ hybridizationChromosomeMicropropagationFlow cytometryTandem repeatAraliaceae
타입
Article
IF / 인용수
3.9 / 0
게재 연도
2024