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Article|
인용수 3
·2025
Assessment of Free Energies From Electrostatic Embedding Density Functional Tight Binding‐Based/Molecular Mechanics in Periodic Boundary Conditions
Simone Bonfrate, Woojin Park, Dulce Trejo‐Zamora, Nicolas Ferré, Cheol Ho Choi, Miquel Huix‐Rotllant
IF 4.8 (2025) Journal of Computational Chemistry
초록

주기적 경계 조건(PBC) 하에서 전기정적 임베딩 양자역학/분자역학(QM/MM) 방법을 적용하면, QM 수준에서 처리되는 단편을 MM 수준에서 원자 수준의 정전기 환경에 대한 기술과 결합하여 응집상 반응성을 성공적으로 설명할 수 있다. 제1원리 ab initio QM 방법의 계산 비용은 위상 공간 샘플링을 제한하여, 자유에너지와 같은 통계량에 영향을 미친다. 여기서는 GAMESS-US 양자 패키지 내의 반경험적 밀도범함수 기반 타이트바인딩(semi-empirical density-functional based tight-binding, DFTB) 방법을 기반으로 하고 Tinker와 연동한 PBC-적응형 QM/MM 모델의 구현을 기술한다. 또한 PLUMED 플러그인과의 새로 개발된 인터페이스에서 제공하는 자유에너지 방법을 활용한다. 구현의 범용성은 용액에서 서로 다른 세 가지 계열의 반응에 대한 자유에너지 프로파일 예측을 통해 입증된다. 전반적으로 DFTB/MM을 사용함으로써, 실험 데이터 또는 고수준 ab initio 시뮬레이션과 관련하여 적어도 질적으로 일치하는 결과를 얻을 수 있었다.

*본 초록은 AI를 통해 원문을 번역한 내용입니다. 정확한 내용은 하기 원문에서 확인해주세요.

키워드
Periodic boundary conditionsAb initioEmbeddingMolecular mechanicsTight bindingQM/MMStatistical physicsQuantumBoundary (topology)Chemistry
타입
Article
IF / 인용수
4.8 / 3
게재 연도
2025