김재범 교수 연구실
기본 정보
연구 분야
논문
구성원
article|
인용수 1
·2022
Reference-based read clustering improves the de novo genome assembly of microbial strains
Mikang Sim, Jongin Lee, Daehong Kwon, Daehwan Lee, Nayoung Park, Suyeon Wy, Younhee Ko, Jaebum Kim
IF 6 (2022) Computational and Structural Biotechnology Journal
초록

다중의 참조 유전체를 사용하여 서열 읽기 간 근접성을 정확히 추정함으로써 미생물 유전체 어셈블리를 수행한다. RBRC의 성능은 시뮬레이션 기반 평가를 통해 어셈블리 연속성과 오어셈블리(misassemblies) 수 측면에서 확인되었으며, 추가적인 시퀀싱 데이터 없이 어셈블리의 품질을 향상시켜 기존의 진균 및 세균 유전체에 성공적으로 적용되었다. RBRC는 (i) 관련 균주의 유전체 어셈블리가 이용 가능한 경우 미생물 균주의 고품질 유전체 어셈블리를 생성하는 데, 그리고 (ii) 장독서(long reads)와 같은 추가 시퀀싱 데이터의 생성이 어려운 경우 기존 미생물 유전체 어셈블리를 업그레이드하는 데 사용할 수 있는 매우 유용한 읽기 클러스터링(read-clustering) 알고리즘이다.

*본 초록은 AI를 통해 원문을 번역한 내용입니다. 정확한 내용은 하기 원문에서 확인해주세요.

키워드
GenomeSequence assemblyCluster analysisComputational biologyDNA sequencingBacterial genome sizeBiologyHybrid genome assemblyReference genomeComputer science
타입
article
IF / 인용수
6 / 1
게재 연도
2022

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