DNA methylation and epigenome differential regulation analysis pipeline based on WGBS
연구 내용
WGBS 원시 데이터에서 메틸화 호출·프로파일링·차등 분석을 end-to-end로 자동화하고 기능 영역 애노테이션까지 제공하는 연구
DNA 메틸화는 유전자 발현 조절과 연결되는 주요 후성유전 표지입니다. 본 연구는 whole-genome bisulfite sequencing(WGBS) 원시 읽기에서 전처리부터 메틸화 프로파일 생성, 기능 영역 기준 메틸화 수준 산출, 통계 요약 및 차등 메틸화 분석까지 한 흐름으로 연결하는 파이프라인을 개발합니다. 특히 결과를 출판용 시각화로 정리해 샘플 간 비교와 해석 가능성을 높이는 데 차별성이 있습니다. 또한 크로모좀 수준 변이와 결합한 멀티오믹스 해석으로 에피게놈 기반 규제 잠재성을 평가합니다.
관련 연구 성과
관련 논문
2편
관련 특허
0건
관련 프로젝트
0건
연구 흐름
초기에는 WGBS 원시 읽기에서 메틸화 패턴을 얻기 위해 필요한 세부 도구와 전처리 단계를 통합하는 방향으로 연구를 수행했습니다. 이후에는 기능 영역 애노테이션을 포함한 메틸화 수준 계산과 통계 요약, 차등 메틸화 결과의 정형화된 시각화를 구축하는 방향으로 확장했습니다. 최근에는 크로모좀 수준 유전체 조립과 구조 변이 분석 결과를 바탕으로 전사체 및 에피게놈 기반 해석을 결합해 조직·조건에서의 규제 잠재성을 추정하는 연구 흐름을 강화했습니다.
활용 가능성
활용 가능성은 알앤디써클 특화 AI 에이전트가 생성한 내용으로, 실제 연구 가능 여부는 연구실과의 논의가 필요합니다.
관련 논문
구분
제목
msPIPE: a pipeline for the analysis and visualization of whole-genome bisulfite sequencing data
Identification and characterization of structural variants related to meat quality in pigs using chromosome-level genome assemblies