NGS 기반 집단유전·메타지노믹·전사체 분석 파이프라인 연구

NGS-based population genetics, metagenome pseudo-long read, and transcriptomic lncRNA analysis pipeline

연구 내용

집단유전 분석 자동화, 메타지노믹 조립을 위한 pseudo-long read 생성, 전사체 기반 lncRNA 규제 기전을 통합 분석하는 연구

본 연구는 NGS 데이터로부터 생물학적 해석에 필요한 분석 단계를 자동화하고 입력 장벽을 낮추는 데 초점을 둡니다. 첫째, 다양한 포맷과 파라미터로 인해 분절된 집단유전 분석을 단일 워크플로로 연결하기 위해 read trimming부터 매핑, variant calling, 데이터 필터링 및 형식 변환을 직렬화한 PAPipe를 개발합니다. 둘째, 메타지노믹에서 short read의 한계를 보완하기 위해 reference 정보를 활용해 pseudo-long reads를 생성하고, 이를 조립과 종·유전자 예측 정확도 향상에 활용합니다. 셋째, 크로스브리드 및 크로스타입 transcriptomic 비교를 통해 lncRNA의 발현 패턴과 연관 유전자 경로를 규명합니다.

관련 프로젝트

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연구 흐름

집단유전 쪽에서는 기존 도구들이 요구하는 실행 환경과 입력 조건의 차이를 줄이기 위해, 여러 분석 단계와 결과 생성을 한 파이프라인으로 묶는 연구를 진행했습니다. 이후에는 메타지노믹 조립에서 long read 생성의 비용 부담을 줄이기 위해, reference 기반 변이 양상을 고려한 pseudo-long read 생성 아이디어로 확장했습니다. 최근에는 전사체 분석 연구로 이동하여 여러 조직과 품종을 비교하는 프레임에서 lncRNA의 조절 역할을 추정하는 방향으로 연구를 수행하고 있습니다.

활용 가능성

활용 가능성은 알앤디써클 특화 AI 에이전트가 생성한 내용으로, 실제 연구 가능 여부는 연구실과의 논의가 필요합니다.

집단유전 자동 분석 웹 도구
Population structure 분석 워크플로
선택적 스위프 탐지 모듈
Linkage disequilibrium decay 분석
Pseudo-long read 생성 체계
메타지노믹 조립 고도화
종 및 유전자 예측 보정
크로스브리드 transcriptomic 비교
lncRNA 발현 패턴 분석
조직 특이 규제 경로 도출