MHV-A59는 마우스에서 탈수초성 뇌염과 간염을 유발하는 베타코로나바이러스이다. 최근 MHV-A59의 마우스 감염 모델은 SARS-CoV 및 SARS-CoV-2에 대한 대체 동물 감염 모델로 사용되어 새로운 항바이러스제 개발에 기여해 왔다. 본 연구에서는 SARS-CoV-2 UTR이 새로운 항바이러스제 표적이 될 가능성을 탐색하기 위해 MHV-A59 모델을 사용하였다. shRNA 및 siRNA 설계 도구를 활용하여 UTR 내 RNA 이차 구조의 줄기-고리(stem-loop, SL) 구조에 초점을 맞추어 MHV-A59 UTR에서의 최적 표적을 확인하였다. 이후 설계된 RNAi 구성물이 MHV-A59의 복제를 억제할 수 있는지 검토하였다. 5'UTR에서는 줄기-고리 1(SL1)이 가장 효과적인 표적으로 확인되었으며, 3'UTR에서는 음성가닥 RNA 합성 개시를 위한 최소 요소(minimal element for the initiation of negative-strand RNA synthesis, MIN)가 가장 효과적인 것으로 나타났다. 중요하게도, SL1 및 MIN 구조를 표적하는 siRNA는 대조군에 비해 전체 RNA 합성, 음성가닥 유전체 RNA 합성, 부분유전체(subgenomic, sg) RNA 합성, 바이러스 역가, 그리고 MHV-A59의 플라크 크기를 유의하게 감소시켰다. 통계적으로 유의하지는 않았지만, siSL1과 siMIN의 병용은 어느 한 가지 siRNA 단독치료보다 MHV-A59 복제 억제에 더 강한 효과를 보였다. 흥미롭게도 SL1 구조는 MHV와 SARS-CoV-2 모두에 존재하는 반면, MIN 구조는 MHV에만 고유하다. 따라서 SARS-CoV-2의 SL1은 RNAi 기반 항바이러스 약물의 새로운 유망 표적을 대표할 수 있을 것으로 보인다.

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