비소세포폐암의 종양미세환경 (Tumor microenvironment: TME)에서 암세포 및 간질세포간의 상호작용 (cellular interaction)을 선행연구에서 확보된 단세포 전사체 데이터 (single cell RNA sequencing data)의 모델링을 통해 탐구하고 생체 유래물로 검증하고자 한다. 이를 통해 조절이 가능한 치료 표적물 (...

비소세포폐암의 종양미세환경 (Tumor microenvironment: TME)에서 암세포 및 간질세포간의 상호작용 (cellular interaction)을 선행연구에서 확보된 단세포 전사체 데이터 (single cell RNA sequencing data)의 모델링을 통해 탐구하고 생체 유래물로 검증하고자 한다. 이를 통해 조절이 가능한 치료 표적물 (...

비소세포폐암의 종양미세환경 (Tumor microenvironment: TME)에서 암세포 및 간질세포간의 상호작용 (cellular interaction)을 선행연구에서 확보된 단세포 전사체 데이터 (single cell RNA sequencing data)의 모델링을 통해 탐구하고 생체 유래물로 검증하고자 한다. 이를 통해 조절이 가능한 치료 표적물 (...

1차년도: 암 돌연변이 유전자의 대립형질의 발현빈도를 이용한 클론성 추정법 으로 비소세포폐암의 종양내 이종성 증대와 파급기전의 탐구 내용: - Whole exome sequencing (WES) 으로부터 얻어진 암 돌연변이 대립형질 빈도가 명기된 .maf 또는 .vcf 파일, copy number variation (CNV) 파일, RNA sequencing 파일 및 기본 인적사항 파일이 모두 가용한 폐선암과 편평상피세포폐암의 공개된 자료 데이터셋을 확보. - 폐선암 dataset과 편평상피세포암 dataset에서 암 돌연변이 유전자의 대립형질의 발현빈도를 이용하여 개개 종양을 구성하는 클론성을 추정. - 각 dataset에서 클론성 증가기전은 확보된 dataset의 RNA seqeuncing (HTseq-Count)자료를 DESeq2로 차등 유전자 분석 및 gene ontology 분석법 등으로 조사함. § 발굴된 유의미한 유전자 등의 바이오마커는 연구자 소속 기관으로부터 확보된 인체유래물을 이용 면역화학염색법 등으로 추가 검증하고, 임상적 자료 등을 이용하여 함의를 확인. 2차년도: 초기 생성단계의 폐암 조직에서 단세포 분석을 이용한 종양내 이종성의 파급 기전의 탐구와 바이오 마커 발굴 내용: - 폐선암 생성의 초기 형태인 부분고형결절 형태의 폐암 검체를 확보하고 단세포 전사체 분석으로 초기 폐선암의 생성과 성장에서 종양내 이종성의 기전을 탐구 - 주성분 분석 기법을 이용한 군집분석과 군집을 대표하는 마커를 발굴하고, 차등유전자발현 분석을 이용한 이종성 파급기전 규명 - 궤적분석 (Trajectory analysis)를 통한 종양의 점진적 성장과 진행에 관련된 마커 유전자 발견 3차년도: 고형결절형태의 완성된 모양의 폐암 조직에 단세포 전사체 분석법을 적용하여 폐암의 성장에 따른 종양내 이종성 파급의 기전 탐구 내용: - 폐암으로 성장하여 구체적인 모양을 갖춘 고형결절의 폐암 조직을 이용하여 폐암의 성장에서 종양내 이종성의 기전을 탐구 - 주성분 분석 기법을 이용한 군집분석과 군집을 대표하는 마커를 발굴하고, 차등유전자발현 분석을 이용한 이종성 파급기전 규명 - 궤적분석 (Trajectory analysis)를 통한 종양의 점진적 성장과 진행에 관련된 마커 유전자 발견