지난 10년 동안, 질량분석 기반 bottom-up 프로테오믹스(BUP)는 세포, 조직 또는 생물체와 같은 생물학적 시스템에서 완전한 프로테옴을 동정하고 정량하기 위해 널리 사용되어 왔다. 그러나 단백질 추론(protein inference) 문제로 인해 BUP 접근법은 생물학에서 복잡한 형질 및 분자적 기제를 뒷받침하는 온전한 단백질을 동정하고 특성화하는 데 있어 본질적인 한계를 지닌다. BUP과 달리, 즉 단백질로부터 단백질분해 소화(proteolytic digestion)를 통해 생성된 펩타이드를 측정하는 방식과 대비하여, top-down 프로테오믹스(TDP)는 단백질분해 없이 온전한 단백질을 측정할 수 있게 해 주는 강력한 기술이며, 따라서 분자적 기제에 대한 새로운 통찰을 제공하는 프로테o폼(proteoforms)을 동정하고 정량하는 데 활용된다. 프로테오폼은 단일 유전자로부터 생성되는 단백질 생성물의 정의된 형태로서, 동일 분자에 대한 조합적 코딩 다형성, 대안적 RNA 스플라이싱 사건, 그리고 번역후 수정(post-translational modifications, PTMs)을 포함한다. 본 총설에서는 온전한 단백질의 분리, 이온화 및 단편화, 그리고 TDP를 위한 데이터 처리에 관한 일부 진전과, 임상 및 전환연구(translation research) 및 생명공학에서 프로테오폼 해상 측정의 증가하는 활용 잠재력에 대해 개관한다.

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