❍ 연구비 / 연구기간: 0.48억원 / 1년 ❍ 전장 유전체 분석 대상 IBV 분리 및 확보 - 생가축 유통 재래시장에서 다양한 축종으로부터 IBV 검출 - IBV 감염 의심 농장 시료 확보 - 현재 개발된 약독화 생독 백신 확보 - 기존 Spike 유전자 대상 phylogenetic tree 분석을 기준으로 NGS 분석 대상 바이러스 선별 (최근 5년 이내 분리주 20개 이상 목표) ❍ NGS 활용 IBV 전장 유전체 분석 - Sequence-Independent, Single-Primer-Amplification (SISPA) 방법을 이용하여 바이러스 유전체를 증폭시키고 이를 이용하여 NGS 분석 진행 (Chrzastek et al., Virology, 2017) - 두 가지 이상의 바이러스 혼합감염 여부, SNP 정보 등 기초 분석 후 최종 전장 유전체 확보 ❍ Phylogenetic tree 분석 및 재조합 분석 - 각 유전체 CDS별 phylogenetic tree 분석 진행 - 전장 유전체를 대상으로 변이 밀집 부위를 탐색하고, 변이 밀집 부위를 재조합 의심 부위로 특정 후 분석 진행 - phylogenetic tree 분석 결과, 변이 밀집 부위 탐색 결과를 기반으로 RDP4 프로그램을 이용하여 바이러스 재조합 여부 분석 진행 - 재조합 바이러스 제외 후 BEAST 프로그램 이용 Time-scaled phylogenetic 분석 진행 및 유입시점 분석 진행 - 각 lineage별 phylodynamic 분석 연구를 통해 국내 발생 현황 및 우점종 확인