세균 및 박테리오파지 RNA 중합효소(RNAP)는 서로 다르게 진화했음에도 불구하고, RNA hairpin 의존적 내재적 전사 종결을 공유한다. 여기서는 우리가 세균 종결을 위해 개발한 단일 분자 형광 분석법을 활용하여 파지 T7, T3 및 SP6 RNAP의 종결을 조사하였다. 그 결과, 파지의 종결 양상 또는 결과는 사실상 단일하며, 종결의 분해(decomposing)를 통해 나타남을 발견하였다. 즉, RNAP는 DNA를 따라 전방으로 이동한 뒤, 한 단계의 분해 과정에서 RNA와 DNA 모두에서 이탈하며, 3차원 확산과 함께 임의의 프로모터에서 재개시가 일어난다. 이러한 파지의 변위-매개 분해 종결은 전사(읽고 통과, readthrough)보다 훨씬 느리며, 세균의 종결과 상동적인 것으로 보인다. 그러나 파지의 단일 종결 양상은 세균의 이중 종결 양상과는 대조적이는데, 세균에서는 분해 종결과 재활용(recycling) 종결이 어떤 단일 hairpin- 또는 Rho 의존적 종결인자에서도 양립 가능하게 나타난다. 세균의 재활용 종결에서는 RNA가 RNA·DNA 하이브리드에서 절단(shearing)되고, RNAP는 DNA에 결합한 채 1차원 확산을 통해 인접한 방향의 하류 또는 상류에 위치한 가장 가까운 프로모터에서 재개시를 촉진하는 재활용이 가능해진다. 세균 유전체에서 대부분의 종결인자가 인접 프로모터와의 근접성을 갖는다는 점에 비추어 볼 때, 절단-매개 재활용 종결은 가까운 프로모터에서 반복적인 재개시를 통해 가속된 발현을 가능하게 하고, 인접한 프로모터들에서 결합된(coupled) 조절을 가능하게 하는 세균의 적응일 수 있다.

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