재배 작물 종의 계통도(패디그리)는 육성된 계통 간의 계보학적 관계를 반영하며, 육종 설계에 있어 중요한 자원이다. 최근 들어 방대한 속도로 축적되고 있는 유전체 및 표현형 데이터에 비추어 볼 때, 잘 조직된 계통도와 데이터베이스 연계 시스템의 중요성은 더욱 커지고 있다. 향후 육종 과학의 전망에 대응하기 위해, 본 연구는 대두 [Glycine max (L.) Merr.] 품종의 표현형 정보를 검색하기 위한 계통도 중심의 웹 인터페이스인 SoyPedi를 개발하는 것을 목표로 하였다. SoyPedi는 178개의 잘 정의된 대두 품종과 표현형 데이터를 통합한 계통도로 구성되었다. 이 시스템은 SQLite3, PHP, JavaScript와 같은 다양한 생물정보학 도구를 사용하여 구축하였다. SoyPedi는 주로 계통도 지도(pedigree map), 표 형식 데이터베이스(tabular format database), 그리고 개별 품종 전용 웹 페이지의 세 가지 하위 모듈로 구성된다. 계통도 데이터베이스와 표 데이터베이스는 단일 페이지 애플리케이션 시스템을 통해 상호 연결되어 있어, 사용자는 이 두 모듈 간을 신속하게 전환할 수 있다. 또한 전(全) 유전체 재시퀀싱으로부터 도출된 계통발생(phylogeny)과 계통도 사이의 비교 분석을 통해 두 자료 간에 일정 수준의 병행 상관성이 있음을 시사하였다. SoyPedi는 잡종화 계획에서 교배 친친(부모) 계통을 선택하는 데 육종가를 지원하기 위한 목적으로 개발되었으며, 사용자가 쉽게 조작하고 직관적으로 활용할 수 있도록 설계되었다. 본 시스템은 향후 더 많은 데이터를 통합함으로써 잠재적으로 확장 가능하며, https://tgil.donga.ac.kr/SoyPedi/index.html 에서 이용할 수 있다.
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