본 발명은 해수 원수가 DAF조로 유입되고, UF 막여과 공정으로부터의 여과수가 다시 SWRO/BWRO 막여과 공정을 거쳐 설정 시간에 따른 생산수량의 최종 생산수를 공급하는 역삼투 해수담수화 시스템의 운전 방법으로서, 매 설정시간마다 실시간으로 전력요금 정보를 수신하여, 상기 수신된 실시간 전력요금이 설정값 이하의 상태를 나타낼 경우, 생산수량은 설정값에 따라 그대로 생산되어 지며, 각 분리막 가압펌프 역시 기본 설정치에 따라 가동을 계속하는 기분운전을 행하고, 상기 수신된 실시간 전력요금이 설정값 이상의 상태를 나타낼 경우, 상기 역삼투 해수담수화 시스템은 전력요금을 절감하기 위하여 가동이 정지된다.