전기 차량에 전기 냉동기가 탑재된 전기 냉동탑차의 충전을 제어하는 시스템 및 그 방법이 개시된다. 이 시스템은 전기 차량에 전기 냉동기가 탑재된 전기 냉동탑차의 충전을 제어하는 시스템으로서, 상기 전기 차량 및 상기 전기 냉동기와 연결된 커넥터들을 통하여 전기 차량 배터리 및 전기 냉동기 배터리에 충전 전력을 공급하는 전기차 충전기, 그리고 상기 전기 차량이 연결된 커넥터와 상기 전기 냉동기가 연결된 커넥터를 구분하여 인식하고, 상기 전기 차량 배터리 및 상기 전기 냉동기 배터리의 동시 충전을 위한 전력 제어 최적값을 생성하여, 상기 전력 제어 최적값을 상기 전기차 충전기로 전송하는 충전 제어 서버를 포함하고, 상기 전기차 충전기는, 상기 전력 제어 최적값을 이용하여 상기 전기 차량 배터리 또는 상기 전기 냉동기 배터리의 전력 공급량을 조절한다.