본 발명은 수소 공급 시스템 및 이의 제어 방법에 관한 것으로, 본 발명의 실시 예에 따른 수소 공급 시스템은 전기 화학적 방식으로 수소를 압축하는 수소 압축기 및 수소 압축기를 예비 구동하고, 예비 구동 기간에서 수소 압축기의 셀 내에서 애노드 분리판과 캐소드 분리판 사이에 개재된 막전극접합체를 경유하는 수소 전달량을 추정하며, 수소 전달량이 임계값 미만인 것을 바탕으로 셀의 애노드 분리판 측의 수분을 감소시키도록 초기화 구동을 수행하는 제어기를 포함할 수 있다.