발 발명은 일본 뇌염 바이러스에서 유래한 항원 및 합성 지질 기반 리포좀을 포함하고, 상기 항원은 리포좀에 포집된 것을 특징으로 하는, 일본 뇌염 바이러스 감염증 예방용 백신 조성물이 및 백신 제조방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 리포좀 기반의 일본 뇌염 백신은 안정된 크기와 형태의 입자 분포를 갖는 백신 조성물로서, 세포독성이 없이 효과적으로 세포 침투가 가능한 것으로 확인되었다. 이에 따라, 본 발명의 리포좀 백신은 주사 투여 뿐 아니라 경구 투여시에도 효과적으로 면역 반응을 유도할 수 있어, 안전하고 효과적인 일본 뇌염 백신으로 유용하게 활용될 수 있다.