본 발명은 자기터널접합소자(Magnetic Tunnel Junction cell, MTJ)의 제조방법에 관한 것으로, 이를 위한 본 발명의 자기터널접합소자 제조방법은 제1자성막, 절연막, 제2자성막 및 캡핑막을 순차적으로 적층하는 단계; 상기 캡핑막 및 상기 제2자성막을 선택적으로 식각하여 제1패턴을 형성하는 단계; 상기 제1패턴의 측벽에 쇼트방지막을 형성하는 단계 및 상기 캡핑막 및 상기 쇼트방지막을 식각장벽으로 상기 절연막 및 상기 제1자성막을 식각하여 제2패턴을 형성하는 단계를 포함하고 있으며, 본 발명에 따르면, 제1강자성막 측벽에 쇼트방지막을 형성함으로써, 도전성 식각부산물로 인하여 제1강자성막과 제2강자성막이 전기적으로 쇼트되는 것을 방지하여 자기터널접합소자의 전기적인 특성이 열화되는 것을 방지할 수 있는 효과가 있다. 자기터널접합, 식각부산물, 쇼트