본 발명은 돌연변이 유전자의 검출 방법에 관한 것으로, 돌연변이 유전자 및 이의 야생형 유전자를 타겟하는 핵산을 사용하여 검출 속도 및 효율은 높이고 위양성률은 감소시킬 수 있으며, 저농도, 저빈도 돌연변이에 대한 다중 검출이 가능하다.