수청바이러스 검출용 프라이머 세트 및 이의 용도
PRIMER SETS FOR DETECTING SOOCHONG VIRUS AND USES THEROF
특허 요약
본 발명은 수청바이러스의 검출을 위한 프라이머 세트 및 이를 이용한 전장 유전체 서열 분석 방법에 관한 것으로, 본 발명에서는 L, M 및 S 세그먼트를 포함하는 수청바이러스의 전체 유전체에 특이적인 다중 프라이머(multiplex primer) 세트를 설계하였으며, 이를 이용하여 수청바이러스의 전체 유전체를 완벽하게 포함하는 라이브러리를 제작하였고, 이를 이용하여 NGS 분석을 통해 설치류 유래 수청바이러스들의 전장 유전체 서열을 해독하였으므로, 본 발명의 프라이머 세트를 활용한 서열분석 방법은 종래의 NGS와 달리 결과물의 추가 작업이 필요없고, 정확성이 높아, 전체 유전체 해독 속도, 정확도 및 신뢰도를 증대시킬 수 있는 효과가 있다.
청구항
번호청구항
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제 1항에 있어서, 서열번호 1 내지 7로 이루어진 군에서 선택되는 염기서열을 포함하는 정방향 프라이머 및 서열번호 8 내지 14로 이루어진 군에서 선택되는 염기서열을 포함하는 역방향 프라이머를 포함하는 프라이머 세트; 서열번호 15 내지 26으로 이루어진 군에서 선택되는 정방향 프라이머 및 서열번호 27 내지 38로 이루어진 군에서 선택되는 역방향 프라이머를 포함하는 프라이머 세트; 또는 서열번호 39 내지 59로 이루어진 군에서 선택되는 정방향 프라이머 및 서열번호 60 내지 79로 이루어진 군에서 선택되는 역방향 프라이머

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제 1항에 있어서, 상기 프라이머 세트는 수청바이러스의 S(small) 유전체 세그먼트(segment), M(medium) 유전체 세그먼트 또는 L(large) 유전체 세그먼트에 상보적인, 수청바이러스의 검출용 프라이머 세트.

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서열번호 1 내지 79로 이루어진 군에서 선택되는 2종 이상의 프라이머 세트를 포함하는 수청바이러스의 검출용 프라이머 세트.

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제 1항에 있어서, 서열번호 1 내지 14로 이루어진 군에서 선택되는 2종의 프라이머 세트; 서열번호 15 내지 38로 이루어진 군에서 선택되는 2종의 프라이머 세트; 또는 서열번호 39 내지 79로 이루어진 군에서 선택되는 2종의 프라이머 세트를 포함하는 수청바이러스의 검출용 프라이머 세트.

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제 1항에 있어서, 중합효소연쇄반응(polymerase chain reaction; PCR), 리가아제 연쇄반응(ligase chain reaction; LCR), Gap-LCR, 복구 연쇄반응(repair chain reaction), 전사-중재 증폭(transcription-mediated amplification; TMA), 자가 유지 염기서열 복제(self sustained sequence replication), 표적 폴리뉴클레오티드 염기서열의 선택적 증폭(selective amplification of target polynucleotide sequences), 컨센서스 서열 프라이밍 PCR(consensus sequence primed PCR; CP-PCR), 임의적 프라이밍 PCR(arbitrarily primed PCR; AP-PCR), 핵산 서열 기반 증폭(nucleic acid sequence based amplification; NASBA), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification), 고리-중재 항온성 증폭(loop-mediated isothermal amplification; LAMP), 다중 PCR(multiplex PCR), 차세대염기서열분석(Next-generation sequencing, NGS), 다중 PCR 기반-차세대염기서열분석(multiplex PCR-based NGS), 나노포어 기반-차세대염기서열분석(nanopore-based NGS), 이중 PCR(nested-PCR), 단일 튜브 이중 PCR(single tube nested-PCR), 역전사-PCR(reverse transcription PCR; RT-PCR), 역 PCR(inverse PCR), 실시간 PCR(real-time PCR), 및 실시간 정량적 PCR(real-time quantitative PCR; RQ-PCR), dPCR(Digital PCR) 또는 TaqMan 기반 실시간 정량 중합효소연쇄반응(TaqMan-based real-time qPCR)용인, 수청바이러스의 검출용 프라이머 세트.

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제 1항의 프라이머 세트를 포함하는 수청바이러스의 검출용 조성물.

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서열번호 1 내지 79로 이루어진 군에서 선택되는 2종 이상의 프라이머 세트를 포함하는 수청바이러스의 전장 유전체 분석용 프라이머 세트.

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제 7항에 있어서, 서열번호 1 내지 14로 이루어진 군에서 선택되는 2종의 프라이머 세트; 서열번호 15 내지 38로 이루어진 군에서 선택되는 2종의 프라이머 세트; 또는 서열번호 39 내지 79로 이루어진 군에서 선택되는 2종의 프라이머 세트를 포함하는 수청바이러스의 전장 유전체 분석용 프라이머 세트.

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제 7항에 있어서, 서열번호 1 내지 7로 이루어진 군에서 선택되는 염기서열을 포함하는 정방향 프라이머 및 서열번호 8 내지 14로 이루어진 군에서 선택되는 염기서열을 포함하는 역방향 프라이머를 포함하는 프라이머 세트; 서열번호 15 내지 26으로 이루어진 군에서 선택되는 정방향 프라이머 및 서열번호 27 내지 38로 이루어진 군에서 선택되는 역방향 프라이머를 포함하는 프라이머 세트; 및 서열번호 39 내지 59로 이루어진 군에서 선택되는 정방향 프라이머 및 서열번호 60 내지 79로 이루어진 군에서 선택되는 역방향 프라이머를 포함하는 프라이머 세트를 포함하는 수청바이러스의 전장 유전체 분석용 프라이머 세트.

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제 7항에 있어서, 다중 PCR(multiplex PCR), 차세대염기서열분석(Next-generation sequencing, NGS), 다중 PCR 기반-차세대염기서열분석(multiplex PCR-based NGS) 또는 나노포어 기반-차세대염기서열분석(nanopore-based NGS)용인, 수청바이러스의 전장 유전체 분석용 프라이머 세트.

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제 7항의 프라이머 세트를 포함하는 수청바이러스의 전장 유전체 분석용 조성물.

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제 1항 또는 제 7항의 프라이머 세트를 포함하는 한타바이러스(Hantaviridae) 감염 질환 진단용 조성물.

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제 12항에 있어서, 한타바이러스 감염 질환은 신증후군출혈열(Hemorrhagic fever with renal syndrome, HFRS), 한타바이러스 심폐증후군(Hantavirus cardiopulmonary syndrome, HCPS) 또는 한타바이러스 폐증후군(Hantavirus pulmonary syndrome, HPS)인, 한타바이러스 감염 질환 진단용 조성물.

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제 1항 또는 제 7항의 프라이머 세트; 및 중합효소연쇄반응에 필요한 시약을 포함하는, 수청바이러스 검출 또는 감염 진단 키트.

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(a) 검체로부터 채취한 시료에서 RNA를 추출하는 단계;(b) cDNA를 합성하는 단계;(c) 제 7항의 프라이머 세트를 이용하여 다중 PCR(multiplex PCR)을 수행하는 단계;(d) 라이브러리를 제작하는 단계; 및(e) 차세대염기서열분석을 수행하는 단계를 포함하는, 수청바이러스의 전장 유전체 분석 방법.

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제 15항에 있어서, 차세대염기서열분석은 다중 PCR 기반-차세대염기서열분석 또는 나노포어 기반-차세대염기서열분석인, 수청바이러스의 전장 유전체 분석 방법.