차세대 염기서열 분석법을 이용한 감악 바이러스 서열 라이브러리 제조 방법 및 전장 게놈 서열 확인 방법
METHOD FOR PREAPRING GAMAK VIRUS SEQUENCE LIBRARY USING NEXT-GENERATION SEQUENCING AND METHOD FOR CONFIRMING FULL-LENGTH GENOME SEQUENCE OF GAMAK VIRUS
특허 요약
본 발명은 차세대 염기서열 분석법을 이용한 감악 바이러스 서열 라이브러리 제조 방법 및 전장 게놈 서열 확인 방법에 관한 것이다. 본 발명은 (a) 서로 다른 450~550 bp 길이의 감악 바이러스의 게놈 서열 단편들을 증폭하는 다수의 정방향 및 역방향 프라이머 쌍들로 이루어진 서로 다른 멀티플렉스 프라이머 세트들을 포함하는 멀티플렉스 프라이머 세트 풀을 제조하는 단계; 및 (b) 감악 바이러스 감염 시료에서 상기 제조된 프라이머 세트 풀을 이용하여 차세대 시퀀싱(next generation sequencing)을 사용하기 위한 시료 전처리(sample pre-processing) 과정으로서 멀티플렉스 중합 효소 연쇄반응(multiplex polymerase chain reaction, mPCR)을 실시하는 단계;를 포함하고, 상기 멀티플렉스 프라이머 세트 풀은 서열번호 1 내지 52로 이루어진 정방향 프라이머 및 역방향 프라이머 쌍을 포함하는 것인, 감악 바이러스(Gamak virus)의 서열 라이브러리 제작 방법을 제공한다.
청구항
번호청구항
1

(a) 서로 다른 500~1200 bp 길이의 감악 바이러스의 게놈 서열 단편들을 증폭하는 다수의 정방향 및 역방향 프라이머 쌍들로 이루어진 서로 다른 멀티플렉스 프라이머 세트들을 포함하는 멀티플렉스 프라이머 세트 풀을 제조하는 단계; 및(b) 감악 바이러스 감염 시료에서 상기 제조된 프라이머 세트 풀을 이용하여 차세대 시퀀싱(next generation sequencing)을 사용하기 위한 시료 전처리(sample pre-processing) 과정으로서 멀티플렉스 중합 효소 연쇄반응(multiplex polymerase chain reaction, mPCR)을 실시하는 단계;를 포함하고,상기 멀티플렉스 프라이머 세트 풀은 서열번호 1 내지 40으로 이루어진 정방향 프라이머 및 역방향 프라이머 쌍을 포함하는 것인, 감악 바이러스(Gamak virus)의 서열 라이브러리 제작 방법.

2

제1항에 있어서,(a) 단계는, 상기 멀티플렉스 프라이머 세트에 의해 증폭되는 감악 바이러스 게놈 서열 단편들 중 5'에서 3' 방향으로 서로 인접하는 2개의 단편들은 중첩 서열(overlapping sequence)을 포함하고, 상기 중첩 서열은 30 내지 80 bp의 길이로 선행하는 단편의 3'-말단 및 후행하는 단편의 5'-말단에 공통적으로 존재하며, 상기 멀티플렉스 프라이머 세트 풀에 의해 증폭되는 모든 단편들을 5'에서 3' 방향으로 서로 중첩하는 경우 감악 바이러스의 전장 게놈 서열을 포함하는 것인, 감악 바이러스(Gamak virus)의 서열 라이브러리 제작 방법.

3

(a) 서로 다른 500~1200 bp 길이의 감악 바이러스의 게놈 서열 단편들을 증폭하는 다수의 정방향 및 역방향 프라이머 쌍들로 이루어진 서로 다른 멀티플렉스 프라이머 세트들을 포함하는 멀티플렉스 프라이머 세트 풀을 제조하는 단계;(b) 감악 바이러스 감염 시료에서 상기 제조된 프라이머 세트 풀을 이용하여 차세대 시퀀싱(next generation sequencing)을 사용하기 위한 시료 전처리(sample pre-processing) 과정으로서 멀티플렉스 중합 효소 연쇄반응(multiplex polymerase chain reaction, mPCR)을 실시하는 단계; 및 (c) 상기 증폭된 mPCR 산물들을 포함하는 감악 바이러스 서열 라이브러리를 차세대 시퀀싱(next generation sequencing, NGS)으로 분석하는 단계를 포함하고, 상기 멀티플렉스 프라이머 세트 풀은 서열번호 1 내지 40으로 이루어진 정방향 프라이머 및 역방향 프라이머 쌍을 포함하는 것인, 시료 내 감악 바이러스(Gamak virus)의 전장 게놈 서열 확인 방법.

4

제3항에 있어서,(a) 단계는, 상기 멀티플렉스 프라이머 세트에 의해 증폭되는 감악 바이러스 게놈 서열 단편들 중 5'에서 3' 방향으로 서로 인접하는 2개의 단편들은 중첩 서열(overlapping sequence)을 포함하고, 상기 중첩 서열은 30 내지 80 bp의 길이로 선행하는 단편의 3'-말단 및 후행하는 단편의 5'-말단에 공통적으로 존재하며, 상기 멀티플렉스 프라이머 세트 풀에 의해 증폭되는 모든 단편들을 5'에서 3' 방향으로 서로 중첩하는 경우 감악 바이러스의 전장 게놈 서열을 포함하는 것인, 시료 내 감악 바이러스(Gamak virus)의 전장 게놈 서열 확인 방법.

5

제3항에 있어서, 상기 시료는 혈액, 혈청, 객담, 소변 또는 생체 조직으로부터 얻는 것인, 시료 내 감악 바이러스(Gamak virus)의 전장 게놈 서열 확인 방법.

6

제3항에 있어서, 상기 시료는 RNA 또는 cDNA인 것인, 시료 내 감악 바이러스(Gamak virus)의 전장 게놈 서열 확인 방법.

7

멀티플렉스 프라이머 세트 풀을 포함하는 시료 내 감악 바이러스 진단용 키트로서, 상기 멀티플렉스 프라이머 세트 풀은 서열번호 1 내지 서열번호 40으로 이루어진 정방향 프라이머 및 역방향 프라이머 쌍을 포함하는 것인 키트.

8

제7항에 있어서,상기 시료는 혈액, 혈청, 객담, 소변 또는 생체 조직으로부터 얻는 것인 키트.

9

제7항에 있어서,상기 시료는 RNA 또는 cDNA인 것인 키트.

10

제7항에 있어서,상기 키트는 PCR에 따라 실시되는 것인 키트.

11

멀티플렉스 프라이머 세트 풀을 포함하는 시료 내 감악 바이러스 유래 질환용 조성물로서, 상기 멀티플렉스 프라이머 세트 풀은 서열번호 1 내지 서열번호 40으로 이루어진 정방향 프라이머 및 역방향 프라이머 쌍을 포함하는 것인 조성물.

12

제11항에 있어서,상기 시료는 혈액, 혈청, 객담, 소변 또는 생체 조직으로부터 얻는 것인 조성물.

13

제11항에 있어서,상기 감악 바이러스 유래 질환은 만성 신장 질환, 만성 폐 질환인 조성물.