정밀의료를 위한 개인 맞춤형 면역 CD4+/CD8+ T-세포간 공유 클로노타입 분석 파이프라인
Analysis pipeline of shared clonotypes between CD4+ and CD8+ T-cells for precision medicine
특허 요약
본 발명은, CD4+ T세포 및 CD8+ T세포의 공유 클로노타입(clonotype)을 이용한, 암, SARS, MERS, 인플루엔자 감염 및 COVID-19 등을 포함한 질병의 분류 방법 및 질병 의심 개체의 질병 정보 제공 방법이 제공된다. 본 발명에 따르면, 기존 분석법으로는 측정할 수 없는 새로운 유전체 특성을 파악하는 것이 가능하며, 다양한 질병에서 기존 분석법이 제시하지 못한 새로운 유전체 바이오 마커를 제시하는 것이 가능하다. 또한, 암 치료제, COVID-19 등 면역 반응과 관계된 다양한 신약 개발에 사용될 수 있다는 장점이 있다.
청구항
번호청구항
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a) COVID-19 질병을 갖는 개체들로부터 분리한 말초혈액 단핵세포(PBMC)를 대상으로 단일세포 RNA 시퀀싱(scRNA sequencing)을 수행하여 CD4+ T세포 및 CD8+ T세포의 세포 바코드를 추출하는 단계;b) COVID-19 질병을 갖는 개체들로부터 분리한 BALF(Bronchoalveolar Lavage Fluid) 조직을 대상으로 단일세포 T세포 수용체 시퀀싱(scTCR sequencing)을 수행하고, 단일세포 T세포 수용체의 바코드와 상기 단계 a) 에서의 CD4+ T세포 및 CD8+ T세포의 세포 바코드를 비교하여, 서로 일치하는 바코드를 검출한 후, T세포 수용체(TCR) 서열을 추출하는 단계;c) 추출된 CD4+ T세포 및 CD8+ T세포의 TCR 서열 중 제3 상보성 결정 부위(CDR3) 서열을 비교하고, CD4+ T세포 및 CD8+ T세포의 공유 클로노타입(clonotype)을 도출하는 단계; 및d) 도출된 공유 클로노타입을 분류하여 이들 간의 세포 내 공유 클로노타입의 빈도 분포를 측정하는 단계; 그리고e) 상기 측정한 빈도 분포를 정상 대조군의 것과 비교하여 CD8+ T세포의 공유 클로노타입 발생 빈도가 대조군보다 높은 경우, 중증 COVID-19로 분류하는 단계;를 포함하는, CD4+ T세포 및 CD8+ T세포의 공유 클로노타입을 이용한 COVID-19 질병의 분류 방법.

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제3항에 있어서,상기 단계 c) 이후, 단계 c) 에서 도출된 공유 클로노타입이 만들어내는 아미노산의 분포를 분석하여 공유 클로노타입의 특성을 파악하는 과정을 시행하는 단계를 포함하는, 질병 분류 방법.

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A) COVID-19 질병 의심 개체로부터 분리한 말초혈액 단핵세포(PBMC)를 대상으로 단일세포 RNA 시퀀싱(scRNA sequencing)을 수행하여 CD4+ T세포 및 CD8+ T세포의 세포 바코드를 추출하는 단계;B) COVID-19 질병을 갖는 개체들로부터 분리한 BALF(Bronchoalveolar Lavage Fluid) 조직을 대상으로 단일세포 T세포 수용체 시퀀싱(scTCR sequencing)을 수행하고, 단일세포 T세포 수용체의 바코드와 상기 단계 A) 에서의 CD4+ T세포 및 CD8+ T세포의 세포 바코드를 비교하여, 서로 일치하는 바코드를 검출한 후, T세포 수용체(TCR) 서열을 추출하는 단계;C) 추출된 CD4+ T세포 및 CD8+ T세포의 TCR 서열 중 제3 상보성 결정 부위(CDR3) 서열을 비교하고, CD4+ T세포 및 CD8+ T세포의 공유 클로노타입(clonotype)을 도출하는 단계;D) COVID-19 질병 의심 개체의 상기 도출된 공유 클로노타입의 빈도를 측정하는 단계; 그리고E) 상기 측정한 빈도를 정상 대조군의 것과 비교하여 CD8+ T세포의 공유 클로노타입 발생 빈도가 대조군보다 높은 경우, 중증 COVID-19로 판정하는 단계;를 포함하는, CD4+ T세포 및 CD8+ T세포의 공유 클로노타입을 이용한 COVID-19 진단을 위한 정보 제공 방법.