표적 특이적 비항체 단백질 및 이의 제조 방법
Target specific non-antibody protein scaffold and method for producing thereof
특허 요약
본 발명은 표적 특이적 비항체 단백질의 제조 방법에 관한 것으로, 보다 구체적으로, 비항체 단백질의 라이브러리에서 표적 단백질의 표적 부위와 구조적 상보성을 가지는 비항체 단백질을 선별하고, 선별된 비항체 단백질과 표적 단백질의 결합에너지를 계산하여, 선별된 비항체 단백질 중에서 안정적인 결합에너지를 갖는 비항체 단백질을 선별하고, 선정된 비항체 단백질과 표적 단백질이 직접 접촉하는 아미노산 잔기 중 결합에너지가 높은 아미노산 잔기를 선택하여, 선택된 아미노산 잔기를 결합에너지가 낮은 아미노산 잔기로 치환하는 단계를 포함하는 표적 특이적 비항체 단백질의 제조 방법에 관한 것이다. 또한 본 발명은 상기 방법에 의해 제조된 EGFR (Epidermal Growth Factor Receptor) 도메인 2에 특이적으로 결합하는 표적 특이적 비항체 및 이를 포함하는 암치료용 조성물에 관한 것이다.
청구항
번호청구항
1

(a) 비항체 단백질의 라이브러리에서 표적 단백질의 표적 부위와 구조적 상보성을 가지는 비항체 단백질을 도킹 시뮬레이션을 통해 선별하는 단계;(b) 상기 선별된 비항체 단백질과 표적 단백질의 결합에너지를 계산하는 단계;(c) 상기 선별된 비항체 단백질 중에서 가장 낮은 결합에너지를 갖는 비항체 단백질을 선별하는 단계;(d) 선정된 비항체 단백질과 표적 단백질이 직접 접촉하는 아미노산 잔기 중 결합에너지가 가장 높은 순서대로 1개 내지 6개의 아미노산 잔기를 선택하는 단계; 및(e) 상기 (d) 단계에서 선택된 아미노산 잔기를 결합에너지가 (d) 단계에서 선택된 아미노산 잔기의 결합에너지보다 낮은 아미노산 잔기로 치환하는 단계를 포함하는, 표적 특이적 비항체 단백질의 제조 방법.

2

제1항에 있어서, 상기 (a) 단계 및 (b) 단계는 순차적으로, 또는 동시에 수행될 수 있는 것인 표적 특이적 비항체 단백질의 제조 방법.

3

제1항에 있어서, 상기 (a) 단계의 비항체 단백질 라이브러리는 인간 단백질 중 10 내지 40kDa의 분자량의 가지고, 단량체 (monomer), 동종이량체 (homodimer), 및 동종삼량체 (homotrimer) 중 어느 하나 이상을 형성할 수 있는 비항체 단백질을 포함하는 것인 표적 특이적 비항체 단백질의 제조 방법.

4

제1항에 있어서, 상기 (a) 단계의 라이브러리는 (i) 인간 단백질 중 10 내지 40kDa의 분자량을 갖는 단백질을 선택하는 단계;(ii) 상기 (i) 단계에서 선택된 단백질에서 막 단백질 및 항체 단백질을 제거하는 단계;(iii) 상기 (ii) 단계에서 제거하고 남은 단백질 중에서 공지의 데이터 베이스에서 알려진 단백질의 기능과 관련한 상호작용 파트너가 10개 이하인 단백질을 선택하는 단계; 및(iv) 상기 (iii) 단계에서 선택된 단백질에 단량체 (monomer), 동종이량체 (homodimer), 및 동종삼량체 (homotrimer) 중 어느 하나 이상을 형성할 수 있는 단백질을 선택하는 단계를 포함하는 방법으로 제조하는 것인, 표적 특이적 비항체 단백질의 제조 방법.

5

삭제

6

제1항에 있어서, 상기 (a) 단계의 도킹 시뮬레이션은 상기 표적 단백질의 표적 부위 아미노산 잔기들 중 30% 이상에 결합하는 비항체 단백질을 선택하는 단계인 표적 특이적 비항체 단백질의 제조 방법.

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제1항에 있어서, 상기 (e) 단계는 파지 디스플레이 및 바이오 패닝 (biopanning)을 수행하여 이루어지는 것인 표적 특이적 비항체 단백질의 제조 방법.

8

제1항에 있어서, 상기 (a) 단계의 표적 단백질은 EGFR (Epidermal Growth Factor Receptor) 도메인 2인 것인 표적 특이적 비항체 단백질의 제조 방법.

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서열번호 3, 4 또는 5의 아미노산 서열을 갖는 EGFR 도메인 2에 특이적으로 결합하는 표적 특이적 비항체 단백질.

13

제12항의 표적 특이적 비항체 단백질을 코딩하는 핵산.

14

제13항에 있어서, 상기 핵산은 서열번호 7, 8 또는 9의 핵산 서열을 갖는 것인 핵산.

15

제13항의 핵산을 포함하는 벡터.

16

제15항의 벡터로 형질전환된 형질전환체.

17

제12항의 표적 특이적 비항체 단백질을 포함하는 암치료용 조성물.