전자 라이브러리로부터 시뮬레이션을 통해 표적 분자 저해를 위한 최적의 단백질 구조를 검색하는 방법
Method for searching ideal protein structures for inhibition of target molecules with simulation from electronic library
특허 요약
본 발명은 정보기록 수단에 저장된 전자 라이브러리로부터 특히 시뮬레이션을 수행함으로써 단백질을 검색하는 방법에 관한 것으로서, 본 발명에 의한 전자 라이브러리로부터 시뮬레이션을 통해 단백질을 검색하는 방법은 전자 라이브러리로부터 표적에 특이적인 비항체 단백질을 검색하는 방법에 있어서, 상기 전자 라이브러리는 비항체 단백질로 구성되며, (a) 상기 전자 라이브러리에 포함된 상기 비항체 단백질과 상기 표적의 도킹 시뮬레이션을 수행하여 상기 표적의 잔기들 중 기 설정된 개수 이상 결합되는 상기 비항체 단백질을 선택하는 단계; (b) 상기 (a)단계에서 선택된 상기 비항체 단백질과 상기 표적의 결합에너지를 계산하고, 상기 결합에너지가 낮은 순서에 따라 기 설정된 개수만큼 상기 비항체 단백질을 정렬하는 단계; (c) 상기 (b)단계에서 선택된 상기 비항체 단백질 중 구조적 상보성 점수가 기설정된 점수 이하인 상기 비항체 단백질을 제거하는 단계를 포함하고, 상기 (c)단계에서 제거하고 남은 상기 비항체 단백질이 표적에 특이적인 비항체 단백질인 것을 특징으로 한다.
청구항
번호청구항
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제 6 항에 있어서,상기 (a)단계는,상기 표적의 잔기는 28개이고,상기 기 설정된 개수는 10개인 것을 특징으로 하는,표적 특이적 비항체 단백질의 검색 방법.

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전자 라이브러리로부터 표적에 특이적인 비항체 단백질을 검색하는 방법에 있어서,상기 전자 라이브러리는 비항체 단백질로 구성되며,(a) 상기 전자 라이브러리에 포함된 상기 비항체 단백질과 상기 표적의 도킹 시뮬레이션을 수행하여 상기 표적의 잔기들 중 기 설정된 개수 이상 결합되는 상기 비항체 단백질을 선택하는 단계;(b) 상기 (a)단계에서 선택된 상기 비항체 단백질과 상기 표적의 결합에너지를 계산하고, 상기 결합에너지가 낮은 순서에 따라 기 설정된 개수만큼 상기 비항체 단백질을 정렬하는 단계; 및,(c) 상기 (b)단계에서 선택된 상기 비항체 단백질 중 구조적 상보성 점수가 기설정된 점수 이하인 상기 비항체 단백질을 제거하는 단계를 포함하고,상기 (c)단계에서 제거하고 남은 상기 비항체 단백질이 표적에 특이적인 비항체 단백질이고, 상기 전자 라이브러리는,인간 단백질 중 10 내지 40kDa의 분자량을 가지고, 10개 이하의 상호작용을 가지고, 단량체(monomer), 동종이량체(homodimer), 및 동종삼량체(homotrimer) 중 어느 하나 이상을 형성할 수 있는 비항체 단백질을 포함하는 것을 특징으로 하는, 표적 특이적 비항체 단백질의 검색 방법.

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제 1 항에 있어서,상기 전자 라이브러리는,(ㄱ) 인간 단백질 중 10 내지 40kDa의 분자량을 갖는 단백질을 선택하는 단계;(ㄴ) 상기 (ㄱ)단계에서 선택된 단백질에서 막 단백질 및 항체 단백질을 제거하는 단계;(ㄷ) 상기 (ㄴ)단계에서 제거하고 남은 단백질에서 10개 이하의 상호작용이 알려진 단백질을 선택하는 단계; 및,(ㄹ) 상기 (ㄷ)단계에서 선택된 단백질에서 단량체(monomer), 동종이량체(homodimer), 및 동종삼량체(homotrimer) 중 어느 하나 이상을 형성할 수 있는 단백질을 선택하는 단계를 포함하는 방법으로 제조하는 것을 특징으로 하는,표적 특이적 비항체 단백질의 검색 방법.

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제 3 항에 있어서,상기 (ㄱ)단계에서,인간 단백질은 복수의 그룹으로 이루어져 있고, 상기 복수의 그룹에서 각각 10 내지 40kDa의 분자량을 갖는 단백질을 5개 이하로 선택하는 것을 특징으로 하는,표적 특이적 비항체 단백질의 검색 방법.

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제 1 항에 있어서,(d) 상기 표적과 상기 비항체 단백질의 상기 잔기의 결합에너지를 계산하는 단계; 및(e) 상기 잔기의 결합에너지 중 기 설정된 값보다 큰 값을 가지는 잔기를 표시하는 단계를 더 포함하는,표적 특이적 비항체 단백질의 검색 방법.

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제 1 항에 있어서,상기 표적은, 표피세포성장인자수용체(Epidermal Growth Factor Receptor, EGFR)의 제 2 도메인인 것을 특징으로 하는,표적 특이적 비항체 단백질의 검색 방법.