세포유리 DNA를 이용한 관상동맥 측부순환 예측용 바이오마커 조성물, 키트 및 정보제공방법
BIOMARKER COMPOSITION, KIT AND INFORMATION PROVISION METHOD FOR PREDICTING CORONARY COLLATERAL CIRCULATION BY USING CELL-FREE DNA
특허 요약
본 발명은 심장질환 환자의 차등적으로 메틸화되는 부위의 메틸화 수준을 파악하여 세포유리 DNA를 이용한 관상동맥 측부 순환을 예측하기 위한 조성물, 키트 및 정보제공 방법에 관한 발명이다. 구체적으로는 ST7, EPN1, LOC101927914, SENP3, TCERG1L, LINC02233, MAGI2-AS3, TEX51, ALG10B, C10orf71-AS1, SKI, FREM1, SMURF2, NTRK3, RAB11FIP3, HLTF, MYH3, SKIV2L, GUSBP10 및 STAB1로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나 이상의 유전자에서 DMR의 메틸화 수준을 측정하여 저메틸화 되는 경우, 양호한 관상동맥 측부 순환으로 예측할 수 있어, 심장질환 환자에서의 관상동맥 측부 순환 예측에 있어 우수한 맞춤 의학으로 활용 가능하다.
청구항
번호청구항
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ST7, EPN1, LOC101927914, SENP3, TCERG1L, LINC02233, MAGI2-AS3, TEX51, ALG10B, C10orf71-AS1, SKI, FREM1, SMURF2, NTRK3, RAB11FIP3, HLTF, MYH3, SKIV2L, GUSBP10 및 STAB1로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나 이상의 유전자에서 차등적으로 메틸화된 영역(Differentially methylated Region, DMR)의 메틸화 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 관상동맥 측부 순환 예측용 조성물.

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제1항에 있어서,상기 DMR의 메틸화 수준을 측정하는 제제는,비메틸화 사이토신 염기를 변형시키는 화합물; 또는상기 DMR의 메틸화된 서열에 특이적인 프라이머 및 DMR의 비메틸화된 서열에 특이적인 프라이머를 포함하는, 관상동맥 측부 순환 예측용 조성물.

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제2항에 있어서,상기 DMR의 비메틸화 사이토신 염기를 변형시키는 화합물은 바이설파이트(bisulfite) 또는 이의 염인, 관상동맥 측부 순환 예측용 조성물.

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제1항 내지 제3항 중 어느 한 항의 조성물을 포함하는, 관상동맥 측부 순환 예측용 키트.

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a) 개체로부터 분리된 시료로부터 cfDNA(cell free DNA)를 추출하는 단계; 및b) 상기 cfDNA의 ST7, EPN1, LOC101927914, SENP3, TCERG1L, LINC02233, MAGI2-AS3, TEX51, ALG10B, C10orf71-AS1, SKI, FREM1, SMURF2, NTRK3, RAB11FIP3, HLTF, MYH3, SKIV2L, GUSBP10 및 STAB1로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나 이상의 유전자에서 DMR의 메틸화 수준을 측정하는 단계;를 포함하는, 관상동맥 측부 순환의 예측을 위한 정보를 제공하는 방법.

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제5항에 있어서,상기 개체는 허혈성 심장질환 환자인, 관상동맥 측부 순환의 예측을 위한 정보를 제공하는 방법.

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제5항에 있어서,상기 시료는 혈액, 혈장 또는 혈청인, 관상동맥 측부 순환의 예측을 위한 정보를 제공하는 방법.

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제5항에 있어서,c) 상기 b) 단계 이후 상기 메틸화 수준을 관상동맥 측부 순환의 예후가 불량한 대조군 시료의 해당 유전자의 메틸화 수준과 비교한 결과 더 낮은 경우, 관상동맥 측부 순환이 양호할 것으로 예측하는 단계를 추가로 포함하는, 관상동맥 측부 순환의 예측을 위한 정보를 제공하는 방법.

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제5항에 있어서,상기 메틸화 수준을 측정하는 방법은 메틸화 특이적 중합효소반응(methylation-specific polymerase chain reaction), 실시간 메틸화 특이적 중합효소반응(real time methylation-specific polymerase chain reaction), 메틸화 민감성 제한 효소를 사용한 메틸화 여부 측정, 메틸화 DNA 특이적 결합 단백질을 이용한 PCR, 정량 PCR, DNA 칩, 파이로시퀀싱 및 바이설파이트 시퀀싱으로 이루어진 군에서 선택되는 것인, 관상동맥 측부 순환의 예측을 위한 정보를 제공하는 방법.

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제5항에 있어서,c') 상기 b) 단계에서 측정된 메틸화 수준을 데이터화하는 단계를 추가로 포함하는, 관상동맥 측부 순환의 예측을 위한 정보를 제공하는 방법.

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제10항에 있어서,d') 상기 메틸화 데이터를 이용해 평균 메틸화 분율(Average methylation fraction,A MF)을 구하는 단계; 및 e') 상기 AMF이 1에 가까운 경우 관상동맥 측부 순환의 예후가 불량한 것으로 판단하고, AMF이 1보다 낮은 경우 관상동맥 측부 순환의 예후가 양호한 것으로 판단하는 단계;를 추가로 포함하는, 관상동맥 측부 순환의 예측을 위한 정보를 제공하는 방법.

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a) 허혈성 심장질환 환자로부터 분리된 시료로부터 cfDNA(cell free DNA)를 추출하는 단계;b) 상기 cfDNA의 ST7, EPN1, LOC101927914, SENP3, TCERG1L, LINC02233, MAGI2-AS3, TEX51, ALG10B, C10orf71-AS1, SKI, FREM1, SMURF2, NTRK3, RAB11FIP3, HLTF, MYH3, SKIV2L, GUSBP10 및 STAB1로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나 이상의 유전자에서 DMR의 메틸화 수준을 측정하는 단계; 및c) 상기 b) 단계 이후 상기 메틸화 수준을 관상동맥 측부 순환의 예후가 양호한 대조군 시료의 해당 유전자의 메틸화 수준과 비교한 결과 더 높은 경우, 추가의 치료법을 적용하는 것으로 판단하는 단계;를 포함하는, 허혈성 심장질환 환자의 치료방법 결정을 위한 정보 제공 방법.

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제12항에 있어서,상기 시료는 혈액, 혈장 또는 혈청인, 허혈성 심장질환 환자의 치료방법 결정을 위한 정보 제공 방법.

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제12항에 있어서,상기 DMR의 메틸화 수준을 측정하는 제제는,비메틸화 사이토신 염기를 변형시키는 화합물; 또는상기 DMR의 메틸화된 서열에 특이적인 프라이머 및 DMR의 비메틸화된 서열에 특이적인 프라이머를 포함하는, 허혈성 심장질환 환자의 치료방법 결정을 위한 정보 제공 방법.

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제14항에 있어서,상기 DMR의 비메틸화 사이토신 염기를 변형시키는 화합물은 바이설파이트(bisulfite) 또는 이의 염인, 허혈성 심장질환 환자의 치료방법 결정을 위한 정보 제공 방법.

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제12항에 있어서,상기 추가의 치료법은 관상동맥 중재술 또는 관상동맥 우회술인, 허혈성 심장질환 환자의 치료방법 결정을 위한 정보 제공 방법.