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제1항의 재조합 미생물을 배양하는 단계; 및 제1 및 제2 표적유전자의 mRNA 발현을 억제하는 단계를 포함하는 표적유전자의 동시다중 발현억제 방법.

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제1항생제 내성 유전자; 제1복제원점; 제1 표적유전자 발현을 억제하는 합성 sRNA 암호화 영역을 포함하는 제1벡터; 및 제2항생제 내성 유전자; 제2복제원점; 제2 표적유전자 발현을 억제하는 합성 sRNA 암호화영역을 포함하는 제2벡터;를 포함하는 원핵생물의 동시다중 표적유전자 발현억제 시스템이 숙주세포에 도입되어 있는 재조합 미생물로, 상기 제1항생제 내성 유전자와 제2항생제 내성 유전자, 제1복제원점과 제2복제원점 및 제1표적 유전자와 제2표적 유전자는 서로 각각 상이하며, 상기 항생제는 앰피실린(ampicillin), 카나마이신(Kanamycin), 클로로암페니콜(chloramphenicol), 아프라마이신(apramycin), 스트렙토마이신(streptomycin), 스펙티도마이신(spectinomycin), 테트라사이클린(tetracyclin), 에리트로마이신(erythromycin), 네오마이신(neomycin), 페니실린(penicillin), 액시노마이신(actinomycin), 가베니실린(garbenicillin), 겐타미신(gentamicin), 블라스티시딘(blasticidin), 마이코페놀릭산(mycophenolic acid), 퓨로마이신(puromycin), 제오신(zeocin), 보렐리딘(borrelidin), 이오노마이신(ionomycin), 다우노루비신(daunorubicin), 독소루비신(doxorubicin), 이버멕틴(ivermectin), 에버멕틴(avermectin), 미트라마이신(mithramycin), 미토마이신(mitomycin), 나리딕식산(nalidixic acid), 노보비오신(novobiocin), 니스타틴(nystatin), 옥시테트라라시클린(oxytetracycline), 팩리택셀(paclitaxel), 폴리마이신(polymyxin), 리팜피신(rifampicin), 살리노마이신(salinomycin), 타일로신(tylosin), 발리노마이신(valinomycin), 밴코마이신(vancomycin), 빈블라스틴(vinblastine), 및 빈크리스틴(vincristine) 으로 구성된 군에서 선택되고,상기복제원점은 CloDF13(CDF), pBBR1, ColA, ColE1, pUC, pBR322, SC101, RSF1030(RSF), 및 RK2로 구성된 군에서 선택되며,상기합성 sRNA 암호화 영역은 프로모터; MicC, SgrS 및 MicF 중 어느 하나의 sRNA 유래의 Hfq 결합 부위(Hfq binding site); 표적 유전자 mRNA와 상보적 결합을 형성하는 영역; 및 터미네이터를 포함하는 것을 특징으로 하는 동시다중 표적 유전자 발현 억제 시스템이 숙주세포에 도입되어 있는 재조합 미생물.

다음의 단계를 포함하는 유용물질 생산균주의 개량방법:(a) 20~50bp 크기를 가지는 임의의 염기서열을 제조하는 단계;(b) 상기 염기서열을 제1항생제 내성 유전자; 제1복제원점; 제1 표적유전자 발현을 억제하는 합성 sRNA 암호화 영역을 포함하는 제1벡터의 표적유전자 mRNA와 상보적으로 결합하는 영역에 삽입하여 제1 sRNA 라이브러리를 포함하는 제1벡터 라이브러리를 제조하는 단계;(c) 상기 제1벡터 라이브러리를 유용물질을 생산하고자 하는 대상 균주에 도입하여, 유용물질 생산량이 향상되는 경우, 발현이 억제된 유전자 후보군을 동정하여, 2 내지 500개의 발현억제 대상 유전자로 결정하는 단계;(d) 상기 결정된 2 내지 500개의 발현억제 대상 유전자를 제2항생제 내성 유전자; 제2복제원점; 상기 2 내지 500개의 발현억제 대상 유전자 발현을 억제하는 합성 sRNA 암호화영역을 포함하는 제2 벡터에 각각 삽입하는 단계; 및(e) 상기 발현억제 대상 유전자를 포함하는 2개의 벡터가 도입된 재조합 균주를 제조하는 단계,여기서, 상기 제1항생제 내성 유전자와 제2항생제 내성 유전자, 제1복제원점과 제2복제원점 및 제1표적유전자와 2 내지 500개의 발현억제 대상 유전자는 서로 각각 상이한 것을 특징으로 함.

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제1항에 있어서, 상기 원핵생물은 대장균, 리조비움(Rhizobium), 비피도박테리움 (Bifidobacterium), 로도코커스 (Rhodococcus), 칸디다 (Candida), 에르위니아(Erwinia), 엔테로박터 (Enterobacter), 파스테렐라(Pasteurella), 맨하이미아 (Mannheimia), 액티노바실러스 (Actinobacillus), 아그레가티박터(Aggregatibacter), 잔토모나스(Xanthomonas), 비브리오(Vibrio), 슈도모나스(Pseudomonas), 아조토박터(Azotobacter), 애시네토박터(Acinetobacter), 랄스토니아(Ralstonia), 아그로박테리움(Agrobacterium), 로도박터(Rhodobacter), 자이모모나스(Zymomonas), 바실러스(Bacillus), 스테필로코커스(Staphylococcus), 락토코커스(Lactococcus), 스트렙토코커스(Streptococcus), 락토바실러스(Lactobacillus), 클로스트리디움(Clostridium), 코리네박테리움(Corynebacterium), 스트렙토마이세스(Streptomyces), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 사이아노박테리움(cyanobacterium) 및 사이클로박테리움(Cyclobacterium)로 구성되는 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 동시다중 표적유전자 발현억제 시스템이 숙주세포에 도입되어 있는 재조합 미생물.

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제1항에 있어서, 상기 프로모터는 tac, trc, T7, BAD, λPR 및 앤더슨 합성 프로모터로 구성된 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 동시다중 표적유전자 발현억제 시스템이 숙주세포에 도입되어 있는 재조합 미생물.

제7항에 있어서, 상기 프로모터는 서열번호 7의 염기서열로 표시되는 것을 특징으로 하는 동시다중 표적유전자 발현억제 시스템이 숙주세포에 도입되어 있는 재조합 미생물.

제1항에 있어서, 상기 Hfq 결합부위는 서열번호 8의 염기서열로 표시되는 것을 특징으로 하는 동시다중 표적유전자 발현억제 시스템이 숙주세포에 도입되어 있는 재조합 미생물.

제1항에 있어서, 상기 터미네이터는 서열번호 9의 염기서열로 표시되는 것을 특징으로 하는 동시다중 표적유전자 발현억제 시스템이 숙주세포에 도입되어 있는 재조합 미생물.

제1항에 있어서, 상기 표적유전자는 DsRed2, LuxR, AraC, KanR (kanamycin resistance gene), tyrR(tyrosine regulator), ppc (phosphoenolpyruvate carboxylase), csrA (carbon storage regulator), pgi (glucose-6-phosphate isomerase), glt (citrate synthase), accA (acetyl-CoA carboxyltransferase, alpha-subunit), accB (biotinylated biotin-carboxyl carrier protein), accC (acetyl-CoA carboxylase), accD (acetyl-CoA carboxyltransferase, beta-subunit), aceE (subunit of E1p component of pyruvate dehydrogenase complex), aceF (pyruvate dehydrogenase), ackA (propionate kinase / acetate kinase activity), adiY (AdiY is a positive DNA-binding transcriptional regulator that controls the arginine) decarboxylase (adi) system), argB (acetylglutamate kinase), argC (N-acetylglutamylphosphate reductase), argG (argininosuccinate synthase), argH (argininosuccinate lyase), asnC (transcriptional regulator that activates the expression of asnA, a gene involved in the synthesis of asparagine), aspA (aspartate ammonia-lyase), crp (CRP transcriptional dual regulator), csiD (predicted protein. CsiD is the product of a gene induced by carbon starvation), csiR (DNA-binding transcriptional repressor), cytR (transcription factor required for transport and utilization of ribonucleosides and deoxyribonucleosides), dcuA (The DcuA transporter is one of three transporters known to be responsible for the uptake of C4-dicarboxylates such as fumarate under anaerobic conditions), deoB (phosphopentomutase), deoC (deoxyribose-phosphate aldolase), deoR (The transcriptional repressor DeoR, for "Deoxyribose Regulator," is involved in the negative expression of genes related to transport and catabolism of deoxyribonucleoside nucleotides), fabH (KASIII, -ketoacyl-ACP synthases), fadD (fatty acyl-CoA synthetase), fadR (FadR Fatty acid degradation Regulon, is a multifunctional dual regulator that exerts negative control over the fatty acid degradative regulon [Simons80, Simons80a] and acetate metabolism), fbp (fructose-1,6-bisphosphatase), fnr (FNR is the primary transcriptional regulator that mediates the transition from aerobic to anaerobic growth), fruR (FruR is a dual transcriptional regulator that plays a pleiotropic role to modulate the direction of carbon flow through the different metabolic pathways of energy metabolism, but independently of the CRP regulator) , ftsL (essential cell division protein FtsL), ftsQ (essential cell division protein FtsQ), ftsW (essential cell division protein FtsW), ftsZ (essential cell division protein FtsZ), fur (Fur-Fe+2 DNA-binding transcriptional dual regulator), gabD (succinate semialdehyde dehydrogenase, NADP+-dependent), gabP (APC transporter), gabT (4-aminobutyrate aminotransferase), gadA (glutamate decarboxylase A subunit), gadB (glutamate decarboxylase B subunit), gadC (GABA APC transporter), glcC (GntR family transcriptional regulator, glc operon transcriptional activator), glpK (glycerol kinase), glpR (sn-Glycerol-3-phosphate repressor), glpX (fructose 1,6-bisphosphatase II), gltA (citrate synthase), hflD (lysogenization regulator), ihfA (IHF, Integration host factor, is a global regulatory protein), ihfB (IHF, Integration host factor, is a global regulatory protein), ilvB (acetohydroxybutanoate synthase/acetolactate synthase), ilvC (acetohydroxy acid isomeroreductase), ilvD (dihydroxy acid dehydratase), ilvG_1 (acetolactate synthase II, large subunit, N-ter fragment (pseudogene)), ilvG_2 (acetolactate synthase II, large subunit, C-ter fragment (pseudogene)), ilvH (acetolactate synthase/acetohydroxybutanoate synthase), ilvL (ilvGEDA operon leader peptide), ilvM (acetohydroxybutanoate synthase/acetolactate synthase), ilvN (acetohydroxybutanoate synthase / acetolactate synthase), ilvX (Predicted small protein), lexA (LexA represses the transcription of several genes involved in the cellular response to DNA damage), lpxC (UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase), marA (MarA participates in controlling several genes involved in resistance to antibiotics, oxidative stress, organic solvents and heavy metals.), metJ (MetJ transcriptional repressor), modE (ModE is the principal regulator that controls the transcription of operons involved in the transport of molybdenum and synthesis of molybdoenzymes and molybdate-related functions), nadB (L-aspartate oxidase), narL(nitrate/nitrite response regulator), pck (phosphoenolpyruvate carboxykinase), PdhR (PdhR, "pyruvate dehydrogenase complex regulator," regulates genes involved in the pyruvate dehydrogenase complex), phoP (PhoP-Phosphorylated DNA-binding transcriptional dual regulator. Member of the two-component regulatory system phoQ/phoP involved in adaptation to low Mg2+ environments and the control of acid resistance genes), pnuC (PnuC NMN transporter), ppsA (phosphoenolpyruvate synthetase), pta (Phosphate acetyltransferase), purA (adenylosuccinate synthetase), purB (adenylosuccinate lyase), purR (PurR Hypoxanthine DNA-binding transcriptional repressor. PurR dimer controls several genes involved in purine nucleotide biosynthesis and its own synthesis), puuE (4-aminobutyrate aminotransferase), rbsA (ribose ABC transporter), rbsB (ribose ABC transporter), rbsD (ribose pyranase), rbsK (ribokinase), rbsR (The transcription factor RbsR, for "Ribose Repressor," is negatively autoregulated and controls the transcription of the operon involved in ribose catabolism and transport), rcsB (RcsB-BglJ DNAbinding transcriptional activator. RcsB protein for "Regulator capsule synthesis B," is a response regulator that belongs to the multicomponent RcsF/RcsC/RcsD/RcsA-RcsB phosphorelay system and is involved in the regulation of the synthesis of colanic acid capsule, cell division, periplasmic proteins, motility, and a small RNA) , rutR (RutR regulates genes directly or indirectly involved in the complex pathway of pyrimidine metabolism), serA (alpha-ketoglutarate reductase / D-3-phosphoglycerate dehydrogenase), serC (phosphohydroxythreonine aminotransferase / 3-phosphoserine aminotransferase), soxS (dual transcriptional activator and participates in the removal of superoxide and nitric oxide), sroD (SroD small RNA), zwf (glucose 6-phosphate-1-dehydrogenase), asnA (asparagine synthetase A), asnB (asparagine synthetase B), carA (carbamoyl phosphate synthetase), carB (carbamoyl phosphate synthetase), ddlB (D-alanine-D-alanine ligase B), deoA (thymidine phosphorylase / uracil phosphorylase), deoD (purine nucleoside phosphorylase deoD-type), dpiA (dual transcriptional regulator involved in anaerobic citrate catabolism), fis (Fis, "factor for inversion stimulation", is a small DNA-binding and bending protein whose main role appears to be the organization and maintenance of nucleoid structure), gadE (GadE controls the transcription of genes involved in glutamate dependent system), gadW (GadW controls the transcription of genes involved in glutamate dependent system), gadX (GadX controls the transcription of genes involved in glutamate dependent system), glpF (GlpF glycerol MIP channel), ilvY (IlvY DNA-binding transcriptional dual regulator), ivbL (The ilvB operon leader peptide (IvbL)), lhgO (L-2-hydroxyglutarate oxidase), lpd (Lipoamide dehydrogenase), lrp (Lrp is a dual transcriptional regulator for at least 10% of the genes in Escherichia coli. These genes are involved in amino acid biosynthesis and catabolism, nutrient) transport, pili synthesis, and other cellular functions, including 1-carbon metabolism), metB (O-succinylhomoserine lyase / Osuccinylhomoserine(thiol)-lyase), metL (aspartate kinase / homoserine dehydrogenase), mraY (phospho-Nacetylmuramoyl-pentapeptide transferase), mraZ (Unknown function), murE (UDP-N-acetylmuramoylalanyl-Dglutamate 2,6-diaminopimelate ligase), murF (D-alanyl-D-alanine-adding enzyme), murG (Nacetylglucosaminyl transferase), nac (Nacregulates, without a coeffector, genes involved in nitrogen metabolism under nitrogen-limiting conditions), nadA (quinolinate synthase), nsrR (NsrR, the "nitritesensitive repressor" regulates genes involved in cell protection against nitric oxide (NO) ), panC (pantothenate synthetase), panD (Aspartate 1-decarboxylase), pgl (6-phosphogluconolactonase), pyrB (aspartate carbamoyltransferase, PyrB subunit), pyrC (dihydroorotase), pyrL (aspartate carbamoyltransferase, PyrI subunit), rob (Rob is a transcriptional dual regulator. Its N-terminal domain shares 49% identity with MarA and SoxS. These proteins activate a common set of about 50 target genes, the marA/soxS/rob regulon, involved in antibiotic resistance, superoxide resistance, and tolerance to organic solvents and heavy metals.) , rpe (ribulose phosphate 3-epimerase), talA (transaldolase A), thrA (aspartate kinase / homoserine dehydrogenase), thrB (homoserine kinase), thrC (threonine synthase), thrL (thr operon leader peptide), tktA (transketolase I), tktB (transketolase II), torR (two-component system, OmpR family, torCAD operon response regulator TorR), aroF (3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase, tyrosine-repressible), aroA (5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthetase), aroC (Chorismate synthase), pheA (chorismate mutase and prephenate dehydratase, P-protein), trpD (fused glutamine amidotransferase (component II) of anthranilate synthase/anthranilate phosphoribosyl transferase), dapA (4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase), ilvE (Branched-chain-amino-acid aminotransferase), lysA (Diaminopimelate decarboxylase), gltA (cistrate synthase), fumA (Fumarate hydratase class I, aerobic), glnA (glutamine synthetase), mdh (malate dehydrogenase), gdhA (NADP-specific glutamate dehydrogenase), argA (amino acid N-acetyltransferase and inactive acetylglutamate kinase), metA (Homoserine O-succinyltransferase), tdh (L-threonine dehydrogenase), livJ (branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic binding protein), rhtC (Threonine efflux protein), yohJ (UPF0299 membrane protein), chpA (antitoxin of the ChpA-ChpR toxin-antitoxin system), aspC (aspartate aminotransferase), pfkA (ATP-dependent 6-phosphofructokinase isozyme 1), parE (DNA topoisomerase 4 subunit B), ytfR (predicted sugar transporter subunit), ilvA (L-threonine dehydratase, biosynthetic; also known as threonine deaminase), ilvG(Acetolactate synthase), minD (inhibitor of FtsZ ring polymerization; chromosome-membrane tethering protein; membrane ATPase of the MinCDEE system), hisJ(histidine transport system substrate-binding protein), yneH(Glutaminase), napG(Ferredoxin-type protein NapG), kdsA(2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase), ygfA(5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase), ftsI(cell division protein FtsI (penicillin-binding protein 3)), ostB(trehalose 6-phosphate phosphatase), hybG(hydrogenase expression/formation protein HypC), ampG(MFS transporter, PAT family, beta-lactamase induction signal transducer AmpG), potG(spermidine/putrescine transport system permease protein), caiF(transcriptional activator CaiF), yfbR(5'-deoxynucleotidase YfbR), rfe(UDP-GlcNAc:undecaprenyl-phosphate/decaprenyl-phosphate GlcNAc-1-phosphate transferase), atpH(F-type H+-transporting ATPase subunit delta), tiaE(glyoxylate/hydroxypyruvate/2-ketogluconate reductase) 및 murI(Glutamate racemase)로 구성된 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 동시다중 표적유전자 발현억제 시스템이 숙주세포에 도입되어 있는 재조합 미생물.

제11항에 있어서, 상기 표적유전자는 zwf (glucose 6-phosphate-1-dehydrogenase), tktA (transketolase I), tktB (transketolase II), pgi (glucose-6-phosphate isomerase, fbp (fructose-1,6-bisphosphatase), serC (phosphohydroxythreonine aminotransferase / 3-phosphoserine aminotransferase), murE (UDP-N-acetylmuramoylalanyl-Dglutamate 2,6-diaminopimelate ligase), pps (phosphoenolpyruvate synthetase), aceE (subunit of E1p component of pyruvate dehydrogenase complex), pta (Phosphate acetyltransferase), purA (adenylosuccinate synthetase), ackA (propionate kinase / acetate kinase activity), pck (phosphoenolpyruvate carboxykinase), ppc (phosphoenolpyruvate carboxylase), accA (acetyl-CoA carboxyltransferase, alpha-subunit), fadD (fatty acyl-CoA synthetase), fabH (KASIII, -ketoacyl-ACP synthases), aspA (aspartate ammonia-lyase), carB (carbamoyl phosphate synthetase), ilvH (acetolactate synthase/acetohydroxybutanoate synthase), ilvM (acetohydroxybutanoate synthase/acetolactate synthase), ilvN (acetohydroxybutanoate synthase / acetolactate synthase), ilvC (acetohydroxy acid isomeroreductase), asnA (asparagine synthetase A), asnB (asparagine synthetase B), argH (argininosuccinate lyase), deoA (thymidine phosphorylase / uracil phosphorylase), thrA (aspartate kinase / homoserine dehydrogenase), metB (O-succinylhomoserine lyase / Osuccinylhomoserine(thiol)-lyase), metA, tdh, ilvL (ilvGEDA operon leader peptide), crp (CRP transcriptional dual regulator), fadR (FadR Fatty acid degradation Regulon, is a multifunctional dual regulator that exerts negative control over the fatty acid degradative regulon [Simons80, Simons80a] and acetate metabolism), fur (Fur-Fe+2 DNA-binding transcriptional dual regulator), lrp (Lrp is a dual transcriptional regulator for at least 10% of the genes in Escherichia coli. These genes are involved in amino acid biosynthesis and catabolism, nutrient) transport, pili synthesis, and other cellular functions, including 1-carbon metabolism), gltA (citrate synthase), pdhR (PdhR, "pyruvate dehydrogenase complex regulator," regulates genes involved in the pyruvate dehydrogenase complex), tyrR(tyrosine regulator), csrA (carbon storage regulator), lexA (LexA represses the transcription of several genes involved in the cellular response to DNA damage), aroF (3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase, tyrosine-repressible), aroA (5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthetase), aroC (Chorismate synthase), pheA (chorismate mutase and prephenate dehydratase, P-protein), trpD (fused glutamine amidotransferase (component II) of anthranilate synthase/anthranilate phosphoribosyl transferase), dapA (4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase), ilvE (Branched-chain-amino-acid aminotransferase), lysA (Diaminopimelate decarboxylase), gltA (cistrate synthase), fumA (Fumarate hydratase class I, aerobic), glnA (glutamine synthetase), mdh (malate dehydrogenase), gdhA (NADP-specific glutamate dehydrogenase), argA (amino acid N-acetyltransferase and inactive acetylglutamate kinase), metA (Homoserine O-succinyltransferase), tdh (L-threonine dehydrogenase), livJ (branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic binding protein), rhtC (Threonine efflux protein), yohJ (UPF0299 membrane protein), chpA (antitoxin of the ChpA-ChpR toxin-antitoxin system), aspC (aspartate aminotransferase), pfkA (ATP-dependent 6-phosphofructokinase isozyme 1), parE (DNA topoisomerase 4 subunit B), ytfR (predicted sugar transporter subunit), ilvA (L-threonine dehydratase, biosynthetic; also known as threonine deaminase), ilvG(Acetolactate synthase), minD (inhibitor of FtsZ ring polymerization; chromosome-membrane tethering protein; membrane ATPase of the MinCDEE system), hisJ(histidine transport system substrate-binding protein), yneH(Glutaminase), napG(Ferredoxin-type protein NapG), kdsA(2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase), ygfA(5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase), ftsI(cell division protein FtsI (penicillin-binding protein 3)), ostB(trehalose 6-phosphate phosphatase), hybG(hydrogenase expression/formation protein HypC), ampG(MFS transporter, PAT family, beta-lactamase induction signal transducer AmpG), potG(spermidine/putrescine transport system permease protein), caiF(transcriptional activator CaiF), yfbR(5'-deoxynucleotidase YfbR), rfe(UDP-GlcNAc:undecaprenyl-phosphate/decaprenyl-phosphate GlcNAc-1-phosphate transferase), atpH(F-type H+-transporting ATPase subunit delta), tiaE(glyoxylate/hydroxypyruvate/2-ketogluconate reductase) 및 murI(Glutamate racemase)로 구성된 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 동시다중 표적유전자 발현억제 시스템이 숙주세포에 도입되어 있는 재조합 미생물.

트레오닌 생합성 경로를 가지는 숙주세포에, 제1항생제 내성 유전자; 제1복제원점; 제1 표적유전자 발현을 억제하는 합성 sRNA 암호화 영역을 포함하는 제1벡터; 및 제2항생제 내성 유전자; 제2복제원점; 제2 표적유전자 발현을 억제하는 합성 sRNA 암호화영역을 포함하는 제2벡터;를 포함하는 원핵생물의 동시다중 표적유전자 발현억제 시스템이 도입되어 있는 재조합 미생물로,상기 제1항생제 내성 유전자와 제2항생제 내성 유전자, 제1복제원점과 제2복제원점 및 제1표적유전자와 제2표적유전자는 서로 각각 상이하며, 상기항생제는앰피실린(ampicillin), 카나마이신(Kanamycin), 클로로암페니콜(chloramphenicol), 아프라마이신(apramycin), 스트렙토마이신(streptomycin), 스펙티도마이신(spectinomycin), 테트라사이클린(tetracyclin), 에리트로마이신(erythromycin), 네오마이신(neomycin), 페니실린(penicillin), 액시노마이신(actinomycin), 가베니실린(garbenicillin), 겐타미신(gentamicin), 블라스티시딘(blasticidin), 마이코페놀릭산(mycophenolic acid), 퓨로마이신(puromycin), 제오신(zeocin), 보렐리딘(borrelidin), 이오노마이신(ionomycin), 다우노루비신(daunorubicin), 독소루비신(doxorubicin), 이버멕틴(ivermectin), 에버멕틴(avermectin), 미트라마이신(mithramycin), 미토마이신(mitomycin), 나리딕식산(nalidixic acid), 노보비오신(novobiocin), 니스타틴(nystatin), 옥시테트라라시클린(oxytetracycline), 팩리택셀(paclitaxel), 폴리마이신(polymyxin), 리팜피신(rifampicin), 살리노마이신(salinomycin), 타일로신(tylosin), 발리노마이신(valinomycin), 밴코마이신(vancomycin), 빈블라스틴(vinblastine), 및 빈크리스틴(vincristine) 으로 구성된 군에서 선택되고,상기 복제원점은 CloDF13(CDF), pBBR1, ColA, ColE1, pUC, pBR322, SC101, RSF1030(RSF), 및 RK2로 구성된 군에서 선택되며,상기 합성 sRNA 암호화 영역은 프로모터; MicC, SgrS 및 MicF 중 어느 하나의 sRNA 유래의 Hfq 결합 부위(Hfq binding site); 표적 유전자 mRNA와 상보적 결합을 형성하는 영역; 및 터미네이터를 포함하고, 상기 제1 내지 제2벡터의 표적유전자의 mRNA와 상보적으로 결합하는 영역에 tktA, aroF, pta, ilvH, ilvE, glnA, fur 또는 chpA 유전자의 mRNA와 상보적으로 결합하는 서열을 삽입하여 제조된 벡터가 도입되어 있어, tktA, aroF, pta, ilvH, ilvE, glnA fur 및 chpA로 구성된 군에서 선택되는 2개 이상의 유전자의 발현이 억제되어 있어 트레오닌 생산능력이 향상된 것을 특징으로 하는 재조합 미생물.

제16항에 있어서, lacI(Lactose-inducible lac operon transcriptional repressor), metA(Homoserine O-succinyltransferase/O-acetyltransferase), lysA(Diaminopimelate decarboxylase), tdh(L-threonine dehydrogenase), iclR(AceBAK operon repressor) 및 tdcC(Threonine/serine transporter)로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자가 추가로 결실된 것을 특징으로 하는 재조합 미생물.

제17항에 있어서, thrA(Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 1)의 1034번째 염기 서열이 C에서 T로 바뀐 돌연변이, lysC(lysine-sensitive aspartokinase 3)의 1055번째 염기 서열이 C에서 T로 바뀐 돌연변이, ilvA(l-threonine dehydratase, biosynthetic; also known as threonine deaminase)의 290번째 염기 서열이 C에서 T로 바뀐 돌연변이로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자가 조작된 것을 특징으로 하고, thrABC 오페론, ppc(phosphoenolpyruvate carboxylase), acs(acetyl-CoA synthetase)로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자의 프로모터가 trc 프로모터로 치환된 것을 특징으로 하며, rhtA(threonine and homoserine efflux system), rhtB(homoserine, homoserine lactone and S-methyl-methionine efflux pump), rhtC(threonine efflux pump), thrAC1034T, thrB(homoserine kinase), thrC(L-threonine synthase)로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자가 플라스미드 기반 과발현된 것을 특징으로 하는 재조합 미생물.

제16항에 있어서, 상기 숙주세포는 대장균, 리조비움(Rhizobium), 비피도박테리움 (Bifidobacterium), 로도코커스 (Rhodococcus), 칸디다 (Candida), 에르위니아(Erwinia), 엔테로박터 (Enterobacter), 파스테렐라(Pasteurella), 맨하이미아 (Mannheimia), 액티노바실러스 (Actinobacillus), 아그레가티박터(Aggregatibacter), 잔토모나스(Xanthomonas), 비브리오(Vibrio), 슈도모나스(Pseudomonas), 아조토박터(Azotobacter), 애시네토박터(Acinetobacter), 랄스토니아(Ralstonia), 아그로박테리움(Agrobacterium), 로도박터(Rhodobacter), 자이모모나스(Zymomonas), 바실러스(Bacillus), 스테필로코커스(Staphylococcus), 락토코커스(Lactococcus), 스트렙토코커스(Streptococcus), 락토바실러스(Lactobacillus), 클로스트리디움(Clostridium), 코리네박테리움(Corynebacterium), 스트렙토마이세스(Streptomyces), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 사이아노박테리움(cyanobacterium) 및 사이클로박테리움(Cyclobacterium)로 구성되는 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 재조합 미생물.

프롤린(proline) 생합성 경로를 가지는 숙주세포에,제1항생제 내성 유전자; 제1복제원점; 제1 표적유전자 발현을 억제하는 합성 sRNA 암호화 영역을 포함하는 제1벡터; 및 제2항생제 내성 유전자; 제2복제원점; 제2 표적유전자 발현을 억제하는 합성 sRNA 암호화영역을 포함하는 제2벡터;를 포함하는 원핵생물의 동시다중 표적유전자 발현억제 시스템이 도입되어 있는 재조합 미생물로, 상기 제1항생제 내성 유전자와 제2항생제 내성 유전자, 제1복제원점과 제2복제원점 및 제1 표적유전자와 제2 표적유전자는 서로 각각 상이하며, 상기 항생제는 앰피실린(ampicillin), 카나마이신(Kanamycin), 클로로암페니콜(chloramphenicol), 아프라마이신(apramycin), 스트렙토마이신(streptomycin), 스펙티도마이신(spectinomycin), 테트라사이클린(tetracyclin), 에리트로마이신(erythromycin), 네오마이신(neomycin), 페니실린(penicillin), 액시노마이신(actinomycin), 가베니실린(garbenicillin), 겐타미신(gentamicin), 블라스티시딘(blasticidin), 마이코페놀릭산(mycophenolic acid), 퓨로마이신(puromycin), 제오신(zeocin), 보렐리딘(borrelidin), 이오노마이신(ionomycin), 다우노루비신(daunorubicin), 독소루비신(doxorubicin), 이버멕틴(ivermectin), 에버멕틴(avermectin), 미트라마이신(mithramycin), 미토마이신(mitomycin), 나리딕식산(nalidixic acid), 노보비오신(novobiocin), 니스타틴(nystatin), 옥시테트라라시클린(oxytetracycline), 팩리택셀(paclitaxel), 폴리마이신(polymyxin), 리팜피신(rifampicin), 살리노마이신(salinomycin), 타일로신(tylosin), 발리노마이신(valinomycin), 밴코마이신(vancomycin), 빈블라스틴(vinblastine), 및 빈크리스틴(vincristine) 으로 구성된 군에서 선택되고,상기 복제원점은 CloDF13(CDF), pBBR1, ColA, ColE1, pUC, pBR322, SC101, RSF1030(RSF), 및 RK2로 구성된 군에서 선택되며,상기 합성 sRNA 암호화 영역은 프로모터; MicC, SgrS 및 MicF 중 어느 하나의 sRNA 유래의 Hfq 결합 부위(Hfq binding site); 표적 유전자 mRNA와 상보적 결합을 형성하는 영역; 및 터미네이터를 포함하고,상기 제1 내지 제2 벡터의 표적유전자의 mRNA와 상보적으로 결합하는 영역에 serC, murE, aspC, metB, fadR, fur 또는 chpA 유전자의 mRNA와 상보적으로 결합하는 서열을 삽입하여 제조된 벡터가 도입되어 있어, serC, murE, aspC, metB, fadR, fur 및 chpA 로 구성된 군에서 선택되는 2개 이상의 유전자의 발현이 억제되어 있어 프롤린 생산능력이 향상된 것을 특징으로 하는 재조합 미생물.

제20항에 있어서, lacI, speE, speG, argI, puuP, puuA, putA, putP, proP, speC, potE, 및 speF로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자가 추가로 결실된 것을 특징으로 하는 재조합 미생물.

제20항에 있어서, PP3533 유전자가 도입 또는 증폭되어 있는 것을 특징으로 하는 재조합 미생물.

제20항에 있어서, argF 및 glnA 유전자의 발현이 추가로 억제되어 있는 것을 특징으로 하는 재조합 미생물.

제20항에 있어서, argECBH 오페론, speF-potE, 및 argD로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자의 프로모터가 trc 프로모터로 치환된 것을 특징으로 하는 재조합 미생물.

제20항의 재조합 미생물을 트레이스 메탈 용액(trace metal solution)을 포함하는 배지에서 유가식 발효를 통해 배양하는 단계를 포함하는 프롤린 생산 방법.

제30항의 재조합 미생물을 트레이스 메탈 용액(trace metal solution)을 포함하는 배지에서 유가식 발효를 통해 배양하는 단계를 포함하는 비올라세인/디옥시비올라세인 생산 방법.

제20항에 있어서, 상기 숙주세포는 대장균, 리조비움(Rhizobium), 비피도박테리움 (Bifidobacterium), 로도코커스 (Rhodococcus), 칸디다 (Candida), 에르위니아(Erwinia), 엔테로박터 (Enterobacter), 파스테렐라(Pasteurella), 맨하이미아 (Mannheimia), 액티노바실러스 (Actinobacillus), 아그레가티박터(Aggregatibacter), 잔토모나스(Xanthomonas), 비브리오(Vibrio), 슈도모나스(Pseudomonas), 아조토박터(Azotobacter), 애시네토박터(Acinetobacter), 랄스토니아(Ralstonia), 아그로박테리움(Agrobacterium), 로도박터(Rhodobacter), 자이모모나스(Zymomonas), 바실러스(Bacillus), 스테필로코커스(Staphylococcus), 락토코커스(Lactococcus), 스트렙토코커스(Streptococcus), 락토바실러스(Lactobacillus), 클로스트리디움(Clostridium), 코리네박테리움(Corynebacterium), 스트렙토마이세스(Streptomyces), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 사이아노박테리움(cyanobacterium) 및 사이클로박테리움(Cyclobacterium)로 구성되는 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 재조합 미생물.

인디고(indigo) 생합성 경로를 가지는 숙주세포에,제1항생제 내성 유전자; 제1복제원점; 제1 표적유전자 발현을 억제하는 합성 sRNA 암호화 영역을 포함하는 제1벡터; 및 제2항생제 내성 유전자; 제2복제원점; 제2 표적유전자 발현을 억제하는 합성 sRNA 암호화영역을 포함하는 제2벡터;를 포함하는 원핵생물의 동시다중 표적유전자 발현억제 시스템이 도입되어 있는 재조합 미생물로, 상기 제1항생제 내성 유전자와 제2항생제 내성 유전자, 제1복제원점과 제2복제원점 및 제2 표적유전자와 제2 표적유전자는 서로 각각 상이하며, 상기 항생제는 앰피실린(ampicillin), 카나마이신(Kanamycin), 클로로암페니콜(chloramphenicol), 아프라마이신(apramycin), 스트렙토마이신(streptomycin), 스펙티도마이신(spectinomycin), 테트라사이클린(tetracyclin), 에리트로마이신(erythromycin), 네오마이신(neomycin), 페니실린(penicillin), 액시노마이신(actinomycin), 가베니실린(garbenicillin), 겐타미신(gentamicin), 블라스티시딘(blasticidin), 마이코페놀릭산(mycophenolic acid), 퓨로마이신(puromycin), 제오신(zeocin), 보렐리딘(borrelidin), 이오노마이신(ionomycin), 다우노루비신(daunorubicin), 독소루비신(doxorubicin), 이버멕틴(ivermectin), 에버멕틴(avermectin), 미트라마이신(mithramycin), 미토마이신(mitomycin), 나리딕식산(nalidixic acid), 노보비오신(novobiocin), 니스타틴(nystatin), 옥시테트라라시클린(oxytetracycline), 팩리택셀(paclitaxel), 폴리마이신(polymyxin), 리팜피신(rifampicin), 살리노마이신(salinomycin), 타일로신(tylosin), 발리노마이신(valinomycin), 밴코마이신(vancomycin), 빈블라스틴(vinblastine), 및 빈크리스틴(vincristine) 으로 구성된 군에서 선택되고,상기 복제원점은 CloDF13(CDF), pBBR1, ColA, ColE1, pUC, pBR322, SC101, RSF1030(RSF), 및 RK2로 구성된 군에서 선택되며,상기 합성 sRNA 암호화 영역은 프로모터; MicC, SgrS 및 MicF 중 어느 하나의 sRNA 유래의 Hfq 결합 부위(Hfq binding site); 표적 유전자 mRNA와 상보적 결합을 형성하는 영역; 및 터미네이터를 포함하고,상기 제1 내지 제2벡터의 표적유전자의 mRNA와 상보적으로 결합하는 영역에 asnA, hisJ, yneH, napG, kdsA, ygfA, ftsl, aceF 또는 ostB 유전자의 mRNA와 상보적으로 결합하는 서열을 삽입하여 제조된 벡터가 도입되어 있어, asnA, hisJ, yneH, napG, kdsA, ygfA, ftsl, aceF 및 ostB 로 구성된 군에서 선택되는 2개 이상의 유전자의 발현이 억제되어 있어 인디고 생산능력이 향상된 것을 특징으로 하는 재조합 미생물.

제27항에 있어서, trpR, pykF 및 pykA로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자가 추가로 결실되고, tktA의 프로모터가 trc 프로모터로 치환되어 있으며, tnaA, fmo, aroGfbr, trpEfbr, 및 aroL로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자가 도입 또는 증폭되어 있는 것을 특징으로 하는 재조합 미생물.

제27항에 있어서, 상기 숙주세포는 대장균, 리조비움(Rhizobium), 비피도박테리움 (Bifidobacterium), 로도코커스 (Rhodococcus), 칸디다 (Candida), 에르위니아(Erwinia), 엔테로박터 (Enterobacter), 파스테렐라(Pasteurella), 맨하이미아 (Mannheimia), 액티노바실러스 (Actinobacillus), 아그레가티박터(Aggregatibacter), 잔토모나스(Xanthomonas), 비브리오(Vibrio), 슈도모나스(Pseudomonas), 아조토박터(Azotobacter), 애시네토박터(Acinetobacter), 랄스토니아(Ralstonia), 아그로박테리움(Agrobacterium), 로도박터(Rhodobacter), 자이모모나스(Zymomonas), 바실러스(Bacillus), 스테필로코커스(Staphylococcus), 락토코커스(Lactococcus), 스트렙토코커스(Streptococcus), 락토바실러스(Lactobacillus), 클로스트리디움(Clostridium), 코리네박테리움(Corynebacterium), 스트렙토마이세스(Streptomyces), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 사이아노박테리움(cyanobacterium) 및 사이클로박테리움(Cyclobacterium)로 구성되는 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 재조합 미생물.

제1항생제 내성 유전자; 제1복제원점; 제1 표적유전자 발현을 억제하는 합성 sRNA 암호화 영역을 포함하는 제1벡터; 및 제2항생제 내성 유전자; 제2복제원점; 제2 표적유전자 발현을 억제하는 합성 sRNA 암호화영역을 포함하는 제2벡터;를 포함하는 원핵생물의 동시다중 표적유전자 발현억제 시스템으로, 상기 제1항생제 내성 유전자와 제2항생제 내성 유전자, 제1복제원점과 제2복제원점 및 제1표적유전자와 제2표적유전자는 서로 각각 상이하며, 상기 항생제는 앰피실린(ampicillin), 카나마이신(Kanamycin), 클로로암페니콜(chloramphenicol), 아프라마이신(apramycin), 스트렙토마이신(streptomycin), 스펙티도마이신(spectinomycin), 테트라사이클린(tetracyclin), 에리트로마이신(erythromycin), 네오마이신(neomycin), 페니실린(penicillin), 액시노마이신(actinomycin), 가베니실린(garbenicillin), 겐타미신(gentamicin), 블라스티시딘(blasticidin), 마이코페놀릭산(mycophenolic acid), 퓨로마이신(puromycin), 제오신(zeocin), 보렐리딘(borrelidin), 이오노마이신(ionomycin), 다우노루비신(daunorubicin), 독소루비신(doxorubicin), 이버멕틴(ivermectin), 에버멕틴(avermectin), 미트라마이신(mithramycin), 미토마이신(mitomycin), 나리딕식산(nalidixic acid), 노보비오신(novobiocin), 니스타틴(nystatin), 옥시테트라라시클린(oxytetracycline), 팩리택셀(paclitaxel), 폴리마이신(polymyxin), 리팜피신(rifampicin), 살리노마이신(salinomycin), 타일로신(tylosin), 발리노마이신(valinomycin), 밴코마이신(vancomycin), 빈블라스틴(vinblastine), 및 빈크리스틴(vincristine) 으로 구성된 군에서 선택되고,상기복제원점은 CloDF13(CDF), pBBR1, ColA, ColE1, pUC, pBR322, SC101, RSF1030(RSF), 및 RK2로 구성된 군에서 선택되며,상기 합성 sRNA 암호화 영역은 프로모터; MicC, SgrS 및 MicF 중 어느 하나의 sRNA 유래의 Hfq 결합 부위(Hfq binding site); 표적 유전자 mRNA와 상보적 결합을 형성하는 영역; 및 터미네이터를 포함하는 것을 특징으로 하는 동시다중 표적 유전자 발현억제 시스템이 숙주세포에 도입되어 있는 재조합 미생물에서,상기 숙주세포는 비올라세인(violacein) 생합성 경로를 가지고, 상기 제1 내지 제2벡터의 표적유전자의 mRNA와 상보적으로 결합하는 영역에 ytfR, hybG, ampG, potG, caiF, minD, ilvM, yfbR, rfe, atpH, tiaE 또는 murI 유전자의 mRNA와 상보적으로 결합하는 서열을 삽입하여 제조된 벡터가 도입되어 있어, ytfR, hybG, ampG, potG, caiF, minD, ilvM, yfbR, rfe, atpH, tiaE 및 murI로 구성된 군에서 선택되는 2개 이상의 유전자의 발현이 억제되어 있는 것을 특징으로 하는 비올라세인/디옥시비올라세인 생산능력이 향상된 재조합 미생물.

제30항에 있어서, vioA, vioB, vioC, vioD 및 vioE로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자가 도입 또는 증폭되어 있는 것을 특징으로 하는 재조합 미생물.

제30항에 있어서, 상기 숙주세포는 대장균, 리조비움(Rhizobium), 비피도박테리움 (Bifidobacterium), 로도코커스 (Rhodococcus), 칸디다 (Candida), 에르위니아(Erwinia), 엔테로박터 (Enterobacter), 파스테렐라(Pasteurella), 맨하이미아 (Mannheimia), 액티노바실러스 (Actinobacillus), 아그레가티박터(Aggregatibacter), 잔토모나스(Xanthomonas), 비브리오(Vibrio), 슈도모나스(Pseudomonas), 아조토박터(Azotobacter), 애시네토박터(Acinetobacter), 랄스토니아(Ralstonia), 아그로박테리움(Agrobacterium), 로도박터(Rhodobacter), 자이모모나스(Zymomonas), 바실러스(Bacillus), 스테필로코커스(Staphylococcus), 락토코커스(Lactococcus), 스트렙토코커스(Streptococcus), 락토바실러스(Lactobacillus), 클로스트리디움(Clostridium), 코리네박테리움(Corynebacterium), 스트렙토마이세스(Streptomyces), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 사이아노박테리움(cyanobacterium) 및 사이클로박테리움(Cyclobacterium)로 구성되는 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 재조합 미생물.

다음의 단계를 포함하는 다중억제 유전자 조합의 스크리닝 방법:(a) 20 ~ 50bp 크기를 가지는 임의의 염기서열을 제조하는 단계;(b) 상기 염기서열을 제1항생제 내성 유전자; 제1복제원점; 제1 표적유전자 발현을 억제하는 합성 sRNA 암호화 영역을 포함하는 제1벡터; 내지 제2항생제 내성 유전자; 제2복제원점; 제2 표적유전자 발현을 억제하는 합성 sRNA 암호화영역을 포함하는 제2벡터;의 표적유전자 mRNA와 상보적으로 결합하는 영역에 삽입하여 제1 내지 제2 sRNA 라이브러리를 포함하는 제1 내지 제2 벡터 라이브러리를 제조하는 단계; 및(c) 상기 제1 내지 제2 벡터 라이브러리를 유용물질을 생산하고자 하는 대상 균주에 도입하여, 유용물질 생산량이 향상되는 경우, 발현이 억제된 유전자 후보군을 동정하여, 2개의 발현억제 대상 유전자 조합을 결정하는 단계;여기서, 상기 제1항생제 내성 유전자와 제2항생제 내성 유전자, 제1복제원점과 제2복제원점 및 제1 표적유전자와 제2 표적유전자는 서로 각각 상이한 것을 특징으로 함.

제1항에 있어서, 제1항생제 내성유전자 및 제2항생제 내성유전자와 상이한 제3항생제 내성 유전자; 제1복제원점 및 제2복제원점과 상이한 제3복제원점; 제1표적유전자 및 제2표적유전자와 상이한 제3표적유전자 발현을 억제하는 합성 sRNA 암호화 영역을 포함하는 제3벡터가 숙주세포에 추가로 도입되어 있는 것을 특징으로 하는 재조합 미생물.

제2항에 있어서, (f) 상기 결정된 2 내지 500개의 발현억제 대상 유전자를 제1항생제 내성유전자 및 제2항생제 내성유전자와 상이한 제3항생제 내성 유전자; 제1복제원점 및 제2복제원점과 상이한 제3복제원점; 제1표적유전자 및 제2표적유전자와 상이한 제3표적유전자 발현을 억제하는 합성 sRNA 암호화 영역을 포함하는 제3벡터에 각각 삽입하는 단계; 및(g) 상기 제3벡터가 추가로 도입된 재조합 균주를 제조하는 단계를 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는 유용물질 생산균주의 개량방법.

제16항에 있어서, 제1항생제 내성유전자 및 제2항생제 내성유전자와 상이한 제3항생제 내성 유전자; 제1복제원점 및 제2복제원점과 상이한 제3복제원점; 제1표적유전자 및 제2표적유전자와 상이한 제3표적유전자 발현을 억제하는 합성 sRNA 암호화 영역을 포함하는 제3벡터가 숙주세포에 추가로 도입되어 있는 재조합 미생물로,상기 표적 유전자는 tktA, aroF, pta, ilvH, ilvE, glnA fur 및 chpA로 구성된 군에서 선택되는 트레오닌 생산능력이 향상된 것을 특징으로 하는 재조합 미생물.

제20항에 있어서, 제1항생제 내성유전자 및 제2항생제 내성유전자와 상이한 제3항생제 내성 유전자; 제1복제원점 및 제2복제원점과 상이한 제3복제원점; 제1표적유전자 및 제2표적유전자와 상이한 제3표적유전자 발현을 억제하는 합성 sRNA 암호화 영역을 포함하는 제3벡터가 숙주세포에 추가로 도입되어 있는 재조합 미생물로,상기 표적 유전자는 serC, murE, aspC, metB, fadR, fur 및 chpA로 구성된 군에서 선택되는 프롤린생산능력이 향상된 것을 특징으로 하는 재조합 미생물.

제27항에 있어서, 제1항생제 내성유전자 및 제2항생제 내성유전자와 상이한 제3항생제 내성 유전자; 제1복제원점 및 제2복제원점과 상이한 제3복제원점; 제1표적유전자 및 제2표적유전자와 상이한 제3표적유전자 발현을 억제하는 합성 sRNA 암호화 영역을 포함하는 제3벡터가 숙주세포에 추가로 도입되어 있는 재조합 미생물로,상기 표적 유전자는 asnA, hisJ, yneH, napG, kdsA, ygfA, ftsl, aceF 및 ostB로 구성된 군에서 선택되는 인디고 생산능력이 향상된 것을 특징으로 하는 재조합 미생물.

제30항에 있어서, 제1항생제 내성유전자 및 제2항생제 내성유전자와 상이한 제3항생제 내성 유전자; 제1복제원점 및 제2복제원점과 상이한 제3복제원점; 제1표적유전자 및 제2표적유전자와 상이한 제3표적유전자 발현을 억제하는 합성 sRNA 암호화 영역을 포함하는 제3벡터가 숙주세포에 추가로 도입되어 있는 재조합 미생물로,상기 표적 유전자는 , ytfR, hybG, ampG, potG, caiF, minD, ilvM, yfbR, rfe, atpH, tiaE 및 murI로 구성된 군에서 선택되는 비올라세인 생산능력이 향상된 것을 특징으로 하는 재조합 미생물.

제34항에 있어서, 상기 (b) 단계는상기 염기서열을 제1항생제 내성유전자 및 제2항생제 내성유전자와 상이한 제3항생제 내성 유전자; 제1복제원점 및 제2복제원점과 상이한 제3복제원점; 제1표적유전자 및 제2표적유전자와 상이한 제3표적유전자 발현을 억제하는 합성 sRNA 암호화 영역을 포함하는 제3벡터;의 표적유전자 mRNA와 상보적으로 결합하는 영역에 삽입하여 제3 sRNA 라이브러리를 포함하는 제3 벡터 라이브러리를 제조하는 단계를 추가로 포함하며,상기 (c) 단계는상기 제3 벡터 라이브러리를 유용물질을 생산하고자 하는 대상 균주에 추가로 도입하여, 유용물질 생산량이 향상되는 경우, 발현이 억제된 유전자 후보군을 동정하여, 3개의 발현억제 대상 유전자 조합을 결정하는 단계를 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는 다중억제 유전자 조합의 스크리닝 방법.