본 연구는 고율 연속 생물학적 수소 생산을 위한 모니터링 및 의사결정 지원 도구로서 정량적 실시간 중합효소연쇄반응(quantitative real‐time polymerase chain reaction, qPCR)의 타당성을 조사하였다. 동일한 실험실 규모의 동적 막(dynamic membrane, DM) 생물반응기 3대를 운전 교란 하에서 가동하였고, Clostridium pasteurianum 및 Streptococcus equinus를 포함한 주요 세균 균주의 qPCR 분석과 범용 세균 프라이머(universal bacterial primer)를 사용하여 미생물 동태를 모니터링하였다. 교란 이후 수소 생산의 성능과 대사 플럭스가 유사하였음에도 불구하고, 표적 균주의 qPCR 복제수(copy number)에는 유의한 차이가 나타났다. 범용 프라이머에 대한 C. pasteurianum의 정규화된 풍부도가 2.6 copies/copies 이상인 경우 공정 성능은 결국 회복되었으나, 정규화된 풍부도가 2.6 copies/copies 미만이면 공정 성능이 저하되었다. 또한 S. equinus의 풍부 증가 역시 공정 성능 저하와 연관되었다. 이러한 결과는 핵심 균주에 대한 qPCR 모니터링이 연속 생물학적 수소 생산을 위한 유용한 의사결정 도구임을 시사한다.
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