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김창배 연구실
상명대학교 생명공학과
김창배 교수
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김창배 연구실

상명대학교 생명공학과 김창배 교수

김창배 연구실은 생물정보학을 중심으로 유전체·전사체 분석, DNA 바코딩과 생물다양성 정보학, 수서생물의 환경 적응 및 독성 반응 해석, 그리고 인공지능 기반 생물 이미지·환경 DNA 분석을 수행하며, 분류학·진화학·생태학·데이터과학을 융합해 생물자원 관리와 생태계 모니터링에 기여하는 연구를 전개하고 있다.

대표 연구 분야
연구 영역 전체보기
생물정보학 기반 유전체·전사체 분석 thumbnail
생물정보학 기반 유전체·전사체 분석
주요 논문
5
논문 전체보기
1
article
|
인용수 5
·
2025
Comparative impacts of fragmented versus spherical microplastics on the marine rotifer Brachionus koreanus: Multigenerational chronic toxicity and multi-omics perspective
Je-Won Yoo, Tae-June Choi, Jong Seok Park, Youn-Ha Lee, Youn-Ha Lee, Dah‐Ren Hwang, Chang-Bae Kim, Tae‐Yong Jeong, Young-Mi Lee, Young-Mi Lee
IF 11.3
Journal of Hazardous Materials
https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2025.139094
Rotifer
Toxicity
Biology
Brachionus
Microplastics
Fecundity
Transcriptome
Zoology
Ecology
Gene
2
article
|
인용수 13
·
2024
Toxic effects of fragmented polyethylene terephthalate particles on the marine rotifer Brachionus koreanus: Based on ingestion and egestion assay, in vivo toxicity test, and multi-omics analysis
Je-Won Yoo, Jong Seok Park, Youn-Ha Lee, Youn-Ha Lee, Tae-June Choi, Chang-Bae Kim, Tae‐Yong Jeong, Chae Hwa Kim, Tae Hee Kim, Young‐Mi Lee, Young‐Mi Lee
IF 11.3
Journal of Hazardous Materials
https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2024.134448
Brachionus
Rotifer
Toxicity
Biology
Ingestion
Microplastics
In vivo
Bioavailability
Immune system
Microbiology
3
article
|
인용수 17
·
2023
Pathway-dependent toxic interaction between polystyrene microbeads and methylmercury on the brackish water flea Diaphanosoma celebensis: Based on mercury bioaccumulation, cytotoxicity, and transcriptomic analysis
Je-Won Yoo, Tae-June Choi, Jong Seok Park, Jihee Kim, Seunghee Han, Chang-Bae Kim, Young‐Mi Lee
IF 11.3
Journal of Hazardous Materials
https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2023.132055
Methylmercury
Bioaccumulation
Chemistry
Cytotoxicity
Environmental chemistry
Toxicity
Transcriptome
Microplastics
Mercury (programming language)
Biochemistry
정부 과제
20
과제 전체보기
1
주관|
2022년 2월-2025년 2월
|304,500,000
한국 유리물벼룩의 포식자 유도 적응 이해를 위한 유전체 연구
1. 1차년도 ◯ 국내 주요 수계를 포함한 한강, 금강, 영산강, 낙동강과 팔당호, 소양호 등 환경요인이 다양한 국내 6개 지점에서 시료 수집 ◯ 포식자 유도에 따른 집단별 몸길이, 성장률, 첫 생식 일자, 자손 수 등 적응형질 관찰 및 비교 ◯ 포식자 유도에 따른 집단별 특이발현전사체를 발굴 및 Single Nucleotide Polymorphism(SNP)를 탐색하고 Ka/Ks 비율을 계산하여 positive selection (Ka/Ks>1)된 특이발현전사체 탐색 ◯ 특이발현전사체별로 전사시작지점 영역의 서열을 발굴하고 전사 조절 부위 변이 탐색 ◯ SCI(E) 논문 게재 1편 2. 2차년도 ◯ 대청호, 청평호, 영산호, 금강호 등 환경요인이 다양한 4개 지점에서 시료 수집 ◯ 포식자 유도에 따른 집단별 몸길이, 성장률, 첫 생식 일자, 자손 수 등 적응형질 관찰 및 비교 ◯ 포식자 유도에 따른 집단별 특이발현전사체를 발굴 및 SNP를 탐색하고 Ka/Ks 비율을 계산하여 positive selection (Ka/Ks>1)된 특이발현전사체 탐색 ◯ 집단별 특이발현전사체별로 전사시작지점 영역의 서열을 발굴하고 전사 조절 부위 변이 탐색 ◯ 집단별 특이발현전사체와 전사시작지점 영역을 연관 분석하기 위해 확보한 10개 집단 중 대표 한 집단을 선별하여 특이발현전사체의 mRNA 전장 서열을 확보함 ◯ 1차년도에 발굴한 특이발현전사체 및 전사시작지점 데이터의 통합 및 집단별 비교분석 ◯ SCI(E) 논문 게재 2편 3. 3차년도 ◯ 집단별 특이발현전사체와 전사시작지점 영역을 연관 분석하기 위해 확보한 10개 집단 중 대표 한 집단을 선별하여 특이발현전사체의 mRNA 전장 서열을 확보함 ◯ 확보한 mRNA 전장 서열을 기반으로 집단별 특이발현전사체의 전사시작지점 영역을 연관 분석하여, 각 특이발현전사체의 전사시작지점 영역의 서열을 분석함 ◯ 각 집단의 포식자 유도에 의한 후성유전학적 적응을 분석하기 위해 특이발현전사체의 promoter 서열을 확보하고 메틸화 양상을 비교함 ◯ 발굴한 전사체 및 유전체 데이터의 통합 비교분석을 통해 포식자 유도에 대한 집단별 지역적응을 이해하고자 함 ◯ SCI(E) 논문 게재 2편
유리물벼룩
어류 카이로몬
포식자 유도 반응
적응
표현형 가소성
생물정보학
유전체학
전사체학
2
2022년 2월-2025년 2월
|262,350,000
한국 유리물벼룩의 포식자 유도 적응 이해를 위한 유전체 연구
1. 최종목표한국 유리물벼룩의 포식자 유도에 대한 집단별 적응 차이를 전사체 및 유전체 수준에서 이해하고자 함2. 세부목표○ 집단별 시료 수집 및 포식자 유도- 환경요인이 다양한 국내 10지점에서 유리물벼룩 시료 수집- 포식자 유도에 따른 적응형질 관찰 및 확인○ 집단별 포식자 유도에 따른 전사체 및 유전체 데이터 발굴 및 비교분석- 포식자 유도에 따른 특...
유리물벼룩
어류 카이로몬
포식자 유도 반응
적응
표현형 가소성
생물정보학
유전체학
전사체학
3
협동|
2018년 7월-2020년 12월
|420,000,000
멸종위기종 모니터링 및 지능형 객체 인식 기술 개발
본 과제는 모바일에서 영상·사진과 유전정보로 멸종위기종을 식별해 모니터링을 위한 지능형 객체 인식 기술 개발임. 연구목표는 모바일 객체 인식 기술 개발 및 유전정보 기반 멸종위기종 인식 시스템 개발임. 핵심 연구내용은 앵무새류의 형태분류학적 특징 추출 후 딥러닝에 적용하고 단일영상 객체 영역 검출, 실시간 움직임 객체 영역 검출과 Heat map 특징 시각화 기반 인식 SW 개발 수행임. 또한 깃털·분변 DNA로 확률적 종판별 근거를 확보하고 미토콘드리아 유전체 서열 확인, 유전자 판별 마커 발굴 및 잡종 판별 분석 수행임. 형태분류 불가 종은 DNA 바코드 정보와 DNA 염기서열 비교로 종·집단·개체 판별 기법 제시임. 기대효과는 불법행위 감시와 보전 감시 기술 제공, 비전문가 활용 가능한 절차 확립으로 분석시간 단축 및 정확한 판단 시간 절감, 유전거리 기준 확립과 분류체계 정보 확보 효과임.
멸종위기종
모니터링
기계학습
인식기술
DNA
최신 특허
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상태출원연도과제명출원번호상세정보
소멸2007조류 종 판별용 프로브 및 DNA 칩1020070134729-
전체 특허

조류 종 판별용 프로브 및 DNA 칩

상태
소멸
출원연도
2007
출원번호
1020070134729