대체로 상업적 중요성이 큰 복어 종인 Takifugu rubripes는 동아시아 요리에 널리 사용되며, 테트로도톡신(TTX) 무첨가 제품 생산을 위해 통제된 양식 조건에서 광범위하게 사육된다. 식품 안전을 보장하고, 잠재적으로 야생 개체군에 존재할 수 있는 TTX를 고려할 때 규제 준수를 용이하게 하기 위해서는, 양식 개체와 야생 개체를 정확히 구별하는 것이 필수적이다. 본 연구에서는 구조적 유전체 변이를 기반으로 한 분자 진단 방법을 개발하여, 양식 T. rubripes의 신속하고 신뢰할 수 있는 인증을 가능하게 하였다. 비교 유전체 분석을 통해 T. rubripes 기준 유전체에 비해 T. pseudommus에서 226개의 대형 결실( > 1 kb)을 확인하였다. 그중 6개의 결실은 한국과 일본에서의 양식 표본( n = 68)에서만 일관되게 증폭되는 반면, 야생의 T. rubripes, T. pseudommus, T. chinensis( n = 29)는 증폭에 실패하거나 불일치한 결과를 보였다. 이러한 결실 마커를 다중(multiplex) 초고속(one ultrafast) 실시간 PCR 분석에 통합하였으며, 이 분석은 30분 이내에 양식 개체를 구별할 수 있었다. 또한 TP7-1 단순염기서열반복(GenBank accession no. PP949280) 유전자좌를 분석한 결과, 양식 집단에서 대립유전자 다양성이 감소되어 야생 개체와의 추가적인 구별이 용이함을 확인하였다. 개발된 진단 분석법은 TTX 무첨가 양식 T. rubripes를 정확하게 고처리량으로 식별하고, 야생 및 밀접한 관련 독성 종과 구별할 수 있는 플랫폼을 제공함으로써, 글로벌 복어 유통에서의 추적성(traceability)과 식품 안전성 확보를 강화한다.

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