손원근 연구실은 수의미생물학을 기반으로 가축에서 발생하는 다양한 전염병의 원인 규명과 예방, 진단, 방역 전략 개발에 중점을 두고 있습니다. 연구실은 특히 소, 말, 닭 등 주요 가축에서 발생하는 바이러스, 박테리아, 기생충 등 다양한 병원체의 분포와 특성, 감염 경로를 체계적으로 분석하고 있습니다. 이를 통해 지역사회와 국가의 축산업 발전에 기여하고, 공중보건 향상에도 중요한 역할을 하고 있습니다. 연구실은 제주도 및 국내외 가축농장에서 발생하는 주요 전염병에 대한 실태조사와 감염원 분석, 그리고 방역대책 수립을 위한 연구를 활발히 수행하고 있습니다. 최근에는 구제역, 우결핵, 말전염성 자궁염 등 경제적 피해가 큰 질병에 대한 방역대책 연구와 더불어, 기후변화에 따른 매개체 감시 및 신종 감염병 대응 연구도 병행하고 있습니다. 이러한 연구는 정부 및 지자체, 농림축산식품부 등 다양한 기관과의 협력을 통해 이루어지고 있습니다. 또한, 연구실은 최신 분자생물학적 진단기법(PCR 등)을 활용하여 병원체의 신속 진단 및 감염경로 추적, 약제 내성 분석 등 실질적인 방역현장에 적용 가능한 기술 개발에 주력하고 있습니다. 이를 통해 가축질병의 조기 발견과 효과적인 통제, 그리고 안전한 축산물 생산에 기여하고 있습니다.

손원근 연구실은 동물유래 식품 및 환경에서의 미생물 오염 실태와 안전성 평가에도 많은 연구를 수행하고 있습니다. 연구실은 우유, 육류, 계란 등 축산식품에서 Listeria monocytogenes, Salmonella, Staphylococcus aureus 등 식중독균의 분포와 특성, 그리고 이들 병원균의 신속 진단법 개발에 집중하고 있습니다. 이를 통해 식품의 안전성을 높이고, 소비자 건강 보호에 이바지하고 있습니다. 특히, 연구실은 식품 및 환경 시료에서 병원성 미생물의 분리 및 동정, 약제 내성 평가, 오염 경로 분석 등 다양한 실험적 접근을 통해 미생물 안전성 확보에 필요한 과학적 근거를 마련하고 있습니다. 또한, UV 및 젖산 처리 등 다양한 살균 및 위생관리 기법의 효과를 검증하여 실제 축산 및 식품산업 현장에 적용할 수 있는 실용적인 방안을 제시하고 있습니다. 이와 더불어, 연구실은 도축장, 사육장, 작업장 등 다양한 환경에서의 미생물 오염 실태를 조사하고, 환경위생 개선을 위한 정책적 제언도 활발히 하고 있습니다. 이러한 연구는 축산업의 지속가능성과 국민 건강 증진에 중요한 역할을 하고 있습니다.