손요환 연구실은 산림생태와 생태계생태학을 기반으로 산림 토양의 탄소·질소 순환, 산림 탄소저장 및 흡수량 평가, 기후변화와 산림경영이 생태계에 미치는 영향, 그리고 LiDAR·항공영상·모델링을 활용한 스마트 산림경영 시스템 개발을 수행하며, 산림의 기후위기 대응 기능을 정량적으로 이해하고 예측하는 융합 연구를 추진하고 있다.