해양양식 산업은 전 세계의 수산물 수요 증가로 인해 최근 수년간 급속한 확장을 보이고 있다. 그러나 이 산업은 기후변화와 병원체 압력의 증가로 인한 도전에 직면해 있다. 또한 양식 생산성을 향상시키기 위해 사용하는 화학물질은 해양 생태계를 변화시키고 있다. 본 연구는 한국 남부 지역의 홍합, 굴, 가리비, 새우 양식장에서 얻은 표층수 메타게놈 36개를 분석하여, 양식업의 미생물 유전 자원과 이러한 인위적 투입이 미칠 잠재적 영향을 이해하는 데 기여하고자 하였다. 우리는 240개의 비중복(non-redundant) 종 수준 메타게놈 조립 게놈(metagenome-assembled genomes, MAGs)을 복원하였으며, 이들로 구성된 MAGs는 224개 세균, 13개 고세균, 그리고 3개 진핵생물을 포함하였다. 대부분의 MAGs는 Proteobacteria, Bacteroidota, Actinobacteriota에 할당되었고, 종 수준에서 40.7%는 분류되지 않은 상태로 남아 있었다. 세 개의 진핵생물 MAGs 중 하나는 녹조류(green algae)의 새로운 계통으로 확인되어, 해양양식 환경에서 아직 특성 규명이 충분하지 않은 유전적 다양성이 있음을 보여주었다. 또한 22개의 원핵성 MAGs에는 26개의 항생제 및 금속 내성 유전자가 포함되어 있었으며, 대부분의 양식장에서 beta-lactamases를 보유한 MAGs가 특히 두드러지게 나타났다. 해양양식 환경에서 얻어진 이 미생물군집 데이터는 향후 연구에서 건강하고 지속가능한 해양양식 관행을 촉진하는 데 활용될 수 있다.