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Article|
·
인용수 6
·2023
ACR: metagenome-assembled prokaryotic and eukaryotic genome refinement tool
Hoon Je Seong, Jin Ju Kim, Woo Jun Sul
IF 6.8 (2023) Briefings in Bioinformatics
초록

메타게놈으로부터 미생물 게놈을 회수하는 과정은 미생물 생태계의 구조, 기능, 동역학을 더 잘 설명하는 데 기여할 수 있다. 이에 본 연구는 고순도의 원핵 및 진핵 메타게놈 조립 게놈(metagenome-assembled genomes, MAGs) 회수를 향상시키기 위해 추가 클러스터링 정련기(Additional Clustering Refiner, ACR)를 개발하였다. ACR은 컨티그 풍부도(contig abundance)에 근거한 반복적 k-평균 클러스터링을 적용하고, 검증된 보편적 마커 유전자를 통해 빈(pun) 순도를 향상시킴으로써 저품질 MAG를 정련한다. ACR의 효과는 단일 및 장기(롱 리드, long-read) 서열을 포함한 합성 및 실제 메타게놈 데이터셋으로 평가하였다. 그 결과 MAG 순도가 향상되었으며, 고품질 및 중간품질 MAG 회수율이 유의하게 증가하는 것으로 나타났다. 또한 ACR은 다양한 빈닝(binning) 알고리즘과 원활하게 통합되어 핵심 기능을 변경하지 않으면서도 각 알고리즘의 강점을 증대시킨다. 더불어 다중 시퀀싱 기술 호환성은 적용 범위를 확장한다. 고품질의 원핵 및 진핵 유전체를 효율적으로 회수함으로써, ACR은 유전체 중심 메타게놈학을 통해 미생물 군집에 대한 이해를 심화하는 데 유망한 도구이다.

*본 초록은 AI를 통해 원문을 번역한 내용입니다. 정확한 내용은 하기 원문에서 확인해주세요.

키워드
MetagenomicsGenomeContigComputational biologyComputer scienceCluster analysisSequence assemblyBiologyGeneGenetics
타입
Article
IF / 인용수
6.8 / 6
게재 연도
2023