Genome-centric metagenomics로 항생제 내성과 DNA methylation 생태학 해석

Genome-centric metagenomics for resistome and DNA methylation ecology

연구 내용

미생물 군집의 항생제 내성(resistome)과 DNA methylation 패턴을 genome-centric metagenomics로 재구성하고, 환경·숙주 조건과의 연동성을 밝히는 생태학적 해석 연구

메타지놈 자료에서 prokaryotic 및 eukaryotic MAG를 genome-centric 관점으로 정제·회수하여 군집 구조와 기능을 해석합니다. 특히 항생제 내성은 동물 농업 배출수에서 수계로 이동하는 양상을 유전체 중심 메타지놈으로 추적하고, mobile genetic elements를 포함한 resistome 특성을 파악합니다. 또한 SMRT sequencing 기반으로 prokaryote DNA methylation을 검출해 DNA methylation 표지와 virus-host dynamics 및 집단 분화의 연관을 분석합니다. MAG 품질 향상 도구와 컨소시움형 정도관리로 재현성 있는 데이터 처리 체계를 구축합니다.

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6건

연구 흐름

초기에는 메타지놈 기반으로 미생물 생태를 해석하기 위한 데이터 품질과 분석 일관성을 확보하기 위해 염기서열 분석 컨소시움 및 정도관리 체계를 구축했습니다. 이후 저품질 MAG를 정제하는 ACR 같은 알고리즘을 개발해 genome 회수율과 순도를 개선하는 방향으로 확장했습니다. 동시에 항생제 내성 통합감시 과제를 통해 배출-수계 연결을 추적했고, DNA methylation에 의한 군집 dynamics를 생태학 이론 관점에서 해석하며 virus-host 공진까지 분석하는 흐름을 이어갔습니다.

활용 가능성

활용 가능성은 알앤디써클 특화 AI 에이전트가 생성한 내용으로, 실제 연구 가능 여부는 연구실과의 논의가 필요합니다.

수계 항생제 내성 확산 모니터링
환경-군집 유전체 지도 구축
MAG 정제 자동화 파이프라인
DNA methylation 기반 생태 지표
virus-host 상호작용 예측 단서
전장유전체 기반 감시 체계
정도관리 표준화된 분석 프로토콜
메타지놈 품질 메트릭 개선
원핵 및 바이러스 공동 특성화
정책 지원용 내성 위험도 산출