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김석희 연구실
서울대학교 화학부 김석희 교수
RiPP 생합성
펩타이드 천연물
지놈마이닝
연구 영역
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김석희 연구실

서울대학교 화학부 김석희 교수

김석희 연구실은 RiPP(ribosomally synthesized and post-translationally modified peptides) 계열에서 효소 촉매 반응과 유전자군 기반 생합성 논리를 결합하여 펩타이드 천연물의 구조와 변형 경로를 규명합니다. cytochrome P450 매개 결합 형성, methyltransferase의 인식 및 trans-acting 작동 방식, Fe(II)/2-oxoglutarate-dependent 산화 효소와 HD domain 효소의 2단계 캐스케이드 같은 반응 메커니즘을 이종 발현과 구조 분석으로 검증합니다. 또한 세포 내 gene-specific hypermutation 시스템을 개발하여 단백질 진화용 변이 스펙트럼과 타깃 구간을 제어하는 접근을 수행합니다.

RiPP 생합성펩타이드 천연물지놈마이닝Cytochrome P450 매개 변형Methyltransferase 변형효소
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P450 기반 RiPP 거대고리화 및 항균 펩타이드 구조생합성 연구 thumbnail
P450 기반 RiPP 거대고리화 및 항균 펩타이드 구조생합성 연구
P450-mediated RiPP macrocyclization and antibacterial peptide biosynthesis
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주요 논문
5
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1
Article
|
인용수 0
·
2025
Continuous targeted hypermutation with a tunable mutation window
Chanwoo Lee, Seokhee Kim
IF 15.7 (2025)
Nature Communications
표적화된 생체 내 하이퍼뮤테이션은 살아있는 세포에서 특정 DNA 영역 내로의 빠른 서열 다양화를 유도하여, 향상된 기능을 위한 생체분자의 지속적 진화를 가능하게 한다. 생체 내에서는 항체 친화도 성숙 과정에서 상보성-결정 부위(complementarity-determining regions)에 대해 체세포 하이퍼뮤테이션이 우선적으로 일어나는 현상으로 이 과정이 두드러지게 나타난다. 이러한 특정 표적 전략은 미리 정해진 기능적으로 중요한 유전자 내(intragenic) 영역에서의 집중 변이유발을 활용하며, 이상적으로는 더 폭넓은 응용을 지원하기 위해 표적 범위를 조정할 수 있어야 한다. 그러나 이러한 특징을 포함하는 분자 도구는 여전히 제한적이다. 본 연구에서는 미리 정해진 경계를 갖는 약 ~200 bp까지의 내인성 및 이종(heterologous) 영역에 대한 집중 하이퍼뮤테이션 시스템인 RESPECTevo를 제시한다. Escherichia coli Cascade 복합체의 특정 표적화 능력, 스페이서 길이 유연성, 불일치(mismatch) 허용성을 활용함으로써, RESPECTevo는 고도로 특이적인 표적 하이퍼뮤테이션, 표적 범위 조절, 그리고 이중 영역에서의 연속적 하이퍼뮤테이션을 가능하게 한다. 종합적으로, RESPECTevo는 살아있는 세포에서 사용자가 정의한 표적 영역을 하이퍼뮤테이션하기 위한 효율적인 플랫폼으로서, 생명공학적 응용을 위한 지속적 단백질 진화를 촉진한다.
https://doi.org/10.1038/s41467-025-66736-2
Somatic hypermutation
Mutagenesis
Saturated mutagenesis
Mutation
Directed evolution
Penetrance
Escherichia coli
Directed Molecular Evolution
2
Article
|
·
인용수 0
·
2025
Integrating two contrasting biosynthetic pathways for peptide natural products
Kijeong Yang, Seokhee Kim
IF 19.6 (2025)
Chem
https://doi.org/10.1016/j.chempr.2025.102626
Natural (archaeology)
Peptide
Computational biology
Biology
Chemistry
Biochemistry
3
Article
|
인용수 4
·
2025
Discovery of a Two-Step Enzyme Cascade Converting Aspartate to Aminomalonate in Peptide Natural Product Biosynthesis
Hye Won Kim, Sangwook Kang, Sihyeon Kim, Sihyeon Kim, Hyunbin Lee, Yegang Hur, Woon Ju Song, Dong‐Chan Oh, Seokhee Kim, Seokhee Kim
IF 15.6 (2025)
Journal of the American Chemical Society
아미노말로닉산(Aminomalonic acid, Ama)은 다양한 천연물과 여러 생물의 단백질 가수분해물에서 발견되지만, 그 생합성 기원에 대한 이해는 여전히 크게 제한되어 있다. 새로운 효소 화학의 풍부한 원천인 리보좀에 의해 합성되고 번역 후 변형을 거치는 펩타이드(RiPPs)에 대한 생합성 유전자 클러스터를 활용함으로써, 우리는 Ama 생합성을 위한 새롭고 2효소로 이루어진 경로를 확인하였다. Fe(II)/2-옥소글루타르산(2-oxoglutarate) 의존성 산소화효소(Fe(II)/2OG)인 SmaO와, 비전형적인 Fe(II) 의존성 히스티딘-아스파트(HD) 도메인 효소인 SmaX가 매개하는 이 생합성 경로는 아스파트(Asp)를 β-하이드록시아스파트산(Hya) 중간체로 전환시키고, 궁극적으로 Ama로 전환시킨다. 이러한 연속 효소 반응—산 기능기(산성 작용기)와 인접한 탄소의 수산화와 이어지는 α-하이드록시 산에서의 4전자 산화적 결합 절단—은 다른 알려진 HD 도메인 산소화효소인 PhnZ 및 TmpB와 관련된 반응과 유사하다. 그러나 SmaX는 PhnZ와 TmpB에서의 혼합가(混合價) 디철(cofactor)에서의 C-P 결합 절단과 달리, 단일 Fe 보조인자를 사용하여 α-하이드록시카복실레이트에서 C-C 결합 절단을 수행하는 등 독특한 특성도 보인다. 생물정보학적 분석 결과, 이 2효소 연쇄 반응은 RiPPs 및 비리보좀 유래 펩타이드(NRPs)를 포함하여 펩타이드 천연물의 다양한 생합성 경로에 존재할 수 있음을 시사한다. 종합하면, 본 연구는 새로운 Ama 생합성 경로의 존재를 보여주며, 펩타이드 천연물 생합성에서의 광범위한 분포 가능성을 제안한다.
https://doi.org/10.1021/jacs.5c05071
Chemistry
Biosynthesis
Natural product
Cascade
Enzyme
Peptide
Biochemistry
Product (mathematics)
Peptide synthesis
Chromatography
최신 정부 과제
18
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1
2025년 7월-2030년 7월
|70,000,000
A3 합성생물학 기반 천연물 연구 및 허브 가속화
12대 국가전략 기술 내 첨단바이오의 핵심적인 연구대상으로 선정된 '혁신적 합성생물학 기반 고부가가치 유용물질 개발'을 위하여, 인공지능 기반 유전자 탐색 및 발굴 시스템을 활용한 1) 합성생물학 기반 암호화된 생합성 유전자 발굴 및 효소 공학 엔지니어링, 2) 대사유전체적 표적화 및 유전자 발현 활성화를 통한 논리적 고부가가치 신약후보물질 발굴 및 구조 ...
합성생물학
천연물
허브
미생물
국제협력
2
2025년 3월-2029년 12월
|1,600,000,000
첨단 미생물 플랫폼 기반 고부가·필수 의약 소재 생산 원천기술 개발
본 연구는 천연물/화합물계 의약 바이오 소재를 대상으로 미생물 기반 합성생물학과 정밀발효 기술을 활용한 대량 생산의 혁신적 접근법을 제안함. 이를 통해 첨단 의약 바이오 소재의 국산화를 실현하고, 미생물 기반 생산 최적화 기술을 개발하여 안정적인 원료의약품 공급망을 구축하는 것을 목표로 함. 이를 위해, 서로 다른 5가지 계열의 고부가·필수 의약 소재 6종...
고부가·필수 의약 소재
첨단 미생물 플랫폼
합성생물학
정밀발효
대량 생산 기술
3
2025년 3월-2029년 12월
|1,200,000,000
첨단 미생물 플랫폼 기반 고부가·필수 의약 소재 생산 원천기술 개발
본 연구는 천연물/화합물계 의약 바이오 소재를 대상으로 미생물 기반 합성생물학과 정밀발효 기술을 활용한 대량 생산의 혁신적 접근법을 제안함. 이를 통해 첨단 의약 바이오 소재의 국산화를 실현하고, 미생물 기반 생산 최적화 기술을 개발하여 안정적인 원료의약품 공급망을 구축하는 것을 목표로 함. 이를 위해, 서로 다른 5가지 계열의 고부가·필수 의약 소재 6종...
고부가·필수 의약 소재
첨단 미생물 플랫폼
합성생물학
정밀발효
대량 생산 기술