미생물은 수중에서 질소 수준을 조절하는 데 있어 바이오플록 기술에서 필수적이다. 바이오플록 시스템에서의 미생물 조성과 기능은 보고되었으나, 박테리아 이외의 미생물(질소 순환에서 필수적인 조류와 박테리아 및 조류의 포식자인 동물플랑크톤 등)에 대한 자료는 여전히 제한적이다. 본 연구에서는 바이오플록 기술을 이용한 새우 양식장에서 미생물 군집(박테리아, 조류, 동물플랑크톤, 곰팡이를 포함)을 조사하였다. Illumina MiSeq 염기서열 분석을 사용하여 진핵 미생물 군집과 원핵 미생물 군집의 분석에는 각각 18S rRNA의 V4 영역과 16S rRNA의 V3–V4 영역을 활용하였다. 그 결과, 새우 양식장에서의 바이오플록은 진핵 생물이 48.73%-73.04%, 원핵 생물이 26.96%-51.27%를 차지하는 것으로 확인되었다. 이들 새우 양식장에서는 원핵 미생물 군집이 진핵 미생물 군집보다 종 풍부도와 다양성이 더 높았다. 그러나 진핵 미생물 군집은 그에 상응하는 원핵 미생물 군집보다 더 풍부하였으며, 조류와 동물플랑크톤이 이를 지배하였다. 새우 양식장에서의 미생물 군집의 구조는 동물플랑크톤 및 기타 관련 생물에 의한 포식 효과에 의해 좌우되는 것으로 보인다는 점이 밝혀졌다. 이러한 결과는 미생물 군집 내 조류 및 박테리아 집단이 바이오플록 시스템의 질소 순환을 제공한다는 점을 제시하였다.

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